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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20592 | |||||||||
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タイトル | Rotavirus, transcriptionally inactiveロタウイルス | |||||||||
マップデータ | Rotavirus not actively transcribing | |||||||||
試料 |
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生物種 | Simian rotavirus A/SA11-4F (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kelly DF / Hauser M | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Reveals Architectural Diversity in Active Rotavirus Particles. 著者: Mary Hauser / William J Dearnaley / A Cameron Varano / Michael Casasanta / Sarah M McDonald / Deborah F Kelly / 要旨: Rotavirus is a well-studied RNA virus that causes severe gastroenteritis in children. During viral entry, the outer layer of the virion is shed, creating a double-layered particle (DLP) that is ...Rotavirus is a well-studied RNA virus that causes severe gastroenteritis in children. During viral entry, the outer layer of the virion is shed, creating a double-layered particle (DLP) that is competent to perform viral transcription (i.e., mRNA synthesis) and launch infection. While inactive forms of rotavirus DLPs have been structurally characterized in detail, information about the transcriptionally-active DLP remains limited. Here, we used cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) and 3D image reconstructions to compare the structures of internal protein components in transcriptionally-active versus inactive DLPs. Our findings showed that transcriptionally-active DLPs gained internal order as mRNA synthesis unfolded, while inactive DLPs remained dynamically disordered. Regions of viral protein/RNA constituents were analyzed across two different axes of symmetry to provide a more comprehensive view of moving components. Taken together, our results bring forth a new view of active DLPs, which may enable future pharmacological strategies aimed at obliterating rotavirus transcription as a therapeutic approach. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20592.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20592-v30.xml emd-20592.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20592.png | 69.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20592 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20592 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Rotavirus not actively transcribing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Simian rotavirus A/SA11-4F
全体 | 名称: Simian rotavirus A/SA11-4F (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Simian rotavirus A/SA11-4F
超分子 | 名称: Simian rotavirus A/SA11-4F / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Simian Rotavirus double-layered particle assemblies purified using isopycnic centrifugation in cesium chloride NCBI-ID: 36436 / 生物種: Simian rotavirus A/SA11-4F / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Simian rotavirus A/SA11-4F (ウイルス) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: VP6 / 直径: 800.0 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50mM HEPES, pH7.5, 150mM NaCl, 10mM MgCl2 and 10mM CaCl2 |
グリッド | 詳細: Functionalized with Nickel-nitrilotriacetic acide (Ni-NTA) monolayers composed of 25% Ni-NTA lipids and 75% 1,2-dilaurylphosphatidylchlorine filler lipids (Avanti Polar lipids). |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Sample was frozen on C-flat holey carbon grids. |
詳細 | sample was monodispersed |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm / 倍率(公称値): 68000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 5.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 452 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: DLP density map deposited on the Grigorieff website |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 詳細: RELION software package |
最終 3次元分類 | クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: RELION software package |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 452 |