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- EMDB-20592: Rotavirus, transcriptionally inactive -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20592
タイトルRotavirus, transcriptionally inactiveロタウイルス
マップデータロタウイルス
試料Simian rotavirus A/SA11-4F (ロタウイルス):
virusウイルス
生物種Simian rotavirus A/SA11-4F (ロタウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å
データ登録者Kelly DF / Hauser M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Cancer InstituteR01CA193578 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR01AI116815 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / : 2019
タイトル: Cryo-EM Reveals Architectural Diversity in Active Rotavirus Particles.
著者: Mary Hauser / William J Dearnaley / A Cameron Varano / Michael Casasanta / Sarah M McDonald / Deborah F Kelly /
要旨: Rotavirus is a well-studied RNA virus that causes severe gastroenteritis in children. During viral entry, the outer layer of the virion is shed, creating a double-layered particle (DLP) that is ...Rotavirus is a well-studied RNA virus that causes severe gastroenteritis in children. During viral entry, the outer layer of the virion is shed, creating a double-layered particle (DLP) that is competent to perform viral transcription (i.e., mRNA synthesis) and launch infection. While inactive forms of rotavirus DLPs have been structurally characterized in detail, information about the transcriptionally-active DLP remains limited. Here, we used cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) and 3D image reconstructions to compare the structures of internal protein components in transcriptionally-active versus inactive DLPs. Our findings showed that transcriptionally-active DLPs gained internal order as mRNA synthesis unfolded, while inactive DLPs remained dynamically disordered. Regions of viral protein/RNA constituents were analyzed across two different axes of symmetry to provide a more comprehensive view of moving components. Taken together, our results bring forth a new view of active DLPs, which may enable future pharmacological strategies aimed at obliterating rotavirus transcription as a therapeutic approach.
履歴
登録2019年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年9月11日-
現状2019年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.4 Å/pix.
x 100 pix.
= 440. Å
4.4 Å/pix.
x 100 pix.
= 440. Å
4.4 Å/pix.
x 100 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.05317041 - 0.18961222
平均 (標準偏差)0.0474684 (±0.06571136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.44.44.4
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0530.1900.047

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Simian rotavirus A/SA11-4F

全体名称: Simian rotavirus A/SA11-4F (ロタウイルス)
詳細: Simian Rotavirus double-layered particle assemblies purified using isopycnic centrifugation in cesium chloride
構成要素数: 1

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構成要素 #1: ウイルス, Simian rotavirus A/SA11-4F

ウイルス名称: Simian rotavirus A/SA11-4F / クラス: VIRION
詳細: Simian Rotavirus double-layered particle assemblies purified using isopycnic centrifugation in cesium chloride
中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: STRAIN
生物種生物種: Simian rotavirus A/SA11-4F (ロタウイルス)
由来(天然)宿主: Simian rotavirus A/SA11-4F (ロタウイルス)
殻 #1要素名: VP6 / 直径: 800.0 Å

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1 mg/mL
緩衝液: 50mM HEPES, pH7.5, 150mM NaCl, 10mM MgCl2 and 10mM CaCl2
pH: 7.5
支持膜Functionalized with Nickel-nitrilotriacetic acide (Ni-NTA) monolayers composed of 25% Ni-NTA lipids and 75% 1,2-dilaurylphosphatidylchlorine filler lipids (Avanti Polar lipids).
凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K / 湿度: 90 % / 詳細: Sample was frozen on C-flat holey carbon grids.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI SPIRIT
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 5 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 68000.0 X (nominal) / Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: -1500.0 - nm
試料ホルダモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
カメラ検出器: FEI EAGLE (2k x 2k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 452
3次元再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア: RELION / 解像度: 10 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / オイラー角: RELION software package

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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