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万見
- EMDB-2039: negative stain Electron Microscopy of the N-Ethylmaleimide Sensit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2039
タイトルnegative stain Electron Microscopy of the N-Ethylmaleimide Sensitive Factor (NSF)
マップデータNSF-AMP-PNP
試料
  • 試料: NSF-AMP-PNP
  • タンパク質・ペプチド: N-Ethylmaleimide Sensitive Factor
キーワードNSF / N-Ethylmaleimide Sensitive Factor
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Moeller A / Zhao C / Fried MG / Wilson-Kubalek EM / Carragher B / Whiteheart SW
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2012
タイトル: Nucleotide-dependent conformational changes in the N-Ethylmaleimide Sensitive Factor (NSF) and their potential role in SNARE complex disassembly.
著者: Arne Moeller / Chunxia Zhao / Michael G Fried / Elizabeth M Wilson-Kubalek / Bridget Carragher / Sidney W Whiteheart /
要旨: Homohexameric, N-Ethylmaleimide Sensitive Factor (NSF) disassembles Soluble NSF Attachment Protein Receptor (SNARE) complexes after membrane fusion, an essential step in vesicular trafficking. NSF ...Homohexameric, N-Ethylmaleimide Sensitive Factor (NSF) disassembles Soluble NSF Attachment Protein Receptor (SNARE) complexes after membrane fusion, an essential step in vesicular trafficking. NSF contains three domains (NSF-N, NSF-D1, and NSF-D2), each contributing to activity. We combined electron microscopic (EM) analysis, analytical ultracentrifugation (AU) and functional mutagenesis to visualize NSF's ATPase cycle. 3D density maps show that NSF-D2 remains stable, whereas NSF-N undergoes large conformational changes. NSF-Ns splay out perpendicular to the ADP-bound hexamer and twist upwards upon ATP binding, producing a more compact structure. These conformations were confirmed by hydrodynamic, AU measurements: NSF-ATP sediments faster with a lower frictional ratio (f/f(0)). Hydrodynamic analyses of NSF mutants, with specific functional defects, define the structures underlying these conformational changes. Mapping mutations onto our 3D models allows interpretation of the domain movement and suggests a mechanism for NSF binding to and disassembly of SNARE complexes.
履歴
登録2012年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年2月15日-
マップ公開2012年2月15日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2039.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2039.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NSF-AMP-PNP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.74 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.02587483 - 0.09419183
平均 (標準偏差)0.00251314 (±0.00791607)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 219.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.742.742.74
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z219.200219.200219.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0260.0940.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NSF-AMP-PNP

全体名称: NSF-AMP-PNP
要素
  • 試料: NSF-AMP-PNP
  • タンパク質・ペプチド: N-Ethylmaleimide Sensitive Factor

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超分子 #1000: NSF-AMP-PNP

超分子名称: NSF-AMP-PNP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 1

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分子 #1: N-Ethylmaleimide Sensitive Factor

分子名称: N-Ethylmaleimide Sensitive Factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NSF / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
別称: Chinese hamster

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.2 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
日付2011年5月20日
撮影実像数: 858 / 平均電子線量: 25 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: whole image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp, Appion, Imagic / 使用した粒子像数: 12978

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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