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万見
- EMDB-19119: CgsiGP3 sample in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19119
タイトルCgsiGP3 sample in nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase
  • リガンド: water水
キーワードcgs / cyclic glucan / ANTIBIOTIC (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


セロビオースホスホリラーゼ / cellobiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / 生体膜
類似検索 - 分子機能
NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain ...NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic beta 1-2 glucan synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Sedzicki J / Ni D / Lehmann F / Stahlberg H / Dehio C
資金援助 スイス, 4件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030B_201273 スイス
Swiss National Science FoundationNCCR AntiResist grant 180541 スイス
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationSino-Swiss Science and Technology Cooperation SSSTC grant スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure-function analysis of the cyclic β-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Jaroslaw Sedzicki / Dongchun Ni / Frank Lehmann / Henning Stahlberg / Christoph Dehio /
要旨: The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major ...The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major pathogens of humans (Brucella) and plants (Agrobacterium). CβG is produced by the cyclic glucan synthase (Cgs), a multi-domain membrane protein. So far, its structure as well as the mechanism underlining the synthesis have not been clarified. Here we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) and functional approaches to study Cgs from A. tumefaciens. We determine the structure of this complex protein machinery and clarify key aspects of CβG synthesis, revealing a distinct mechanism that uses a tyrosine-linked oligosaccharide intermediate in cycles of polymerization and processing of the glucan chain. Our research opens possibilities for combating pathogens that rely on polysaccharide virulence factors and may lead to synthetic biology approaches for producing complex cyclic sugars.
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.28 Å/pix.
x 320 pix.
= 409.984 Å		1.28 Å/pix.
x 320 pix.
= 409.984 Å		1.28 Å/pix.
x 320 pix.
= 409.984 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2812 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.375
最小 - 最大-1.608448 - 3.615556
平均 (標準偏差)0.0021277424 (±0.08637462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 409.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19119_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19119_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens

全体名称: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
要素
  • 複合体: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase
  • リガンド: water水

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超分子 #1: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens

超分子名称: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

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分子 #1: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase

分子名称: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: セロビオースホスホリラーゼ
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
分子量理論値: 313.358656 KDa
配列文字列: DHNDSIRASY MTIEELHDAG AALSRDGADS LPGFMEFDFF ERHRENEKEI LRVYRTTAVD AENGATITPA AEWLLDNHYV IEEAIQEVR RDFPRKFYRQ LPTMTVGGVT IPRVMALGWL YVAHTHSTVS RENMTALVDG YQTSQTLQIG ELWALPSIIR F VLIENLRR ...文字列:
DHNDSIRASY MTIEELHDAG AALSRDGADS LPGFMEFDFF ERHRENEKEI LRVYRTTAVD AENGATITPA AEWLLDNHYV IEEAIQEVR RDFPRKFYRQ LPTMTVGGVT IPRVMALGWL YVAHTHSTVS RENMTALVDG YQTSQTLQIG ELWALPSIIR F VLIENLRR ISIRVERSRR MRQKANEVVD EIIRLNDAEA SAALLKQVDS LVDDPTFATQ FLYRLRNGSQ TSGFAVAWLE ER LHAAGTD AENVMMSEHN RLASGNVTMG NIVKSLREID DTEWSVWFEE VSHIDKVLRE ETDYEILDFG SRNTYRNTIE LLA RRSPRT EVEVARAAVE MARSDLPAGA DENHRVNVGS VLVGQRRFEL EKALGYRPLA SQHIVRSMRK FNWLAIAAPV LLIT AVAML AVGWFLAKAG MPWYVVTAFL LMFALPASEG ATGLFNTLVT FFVKPFRLVG YEFKNGIPED ARTLVAVPCM LTSRD SVDE MMRNIEVHYL ANPHGEIYFS LVSDWRDAPY EQSDEDLEIL DYAKRELAAL NSRYAFDGKT RFYLLHRRRI YNSAEE CWM GWERKRGKLH ELNMLLRGDK DTTFLGGSNI VPADVKYVMT LDADTRLMRD AVTKLVGKMH HPINRPKIDP VSGRVVE GY GLLQPRVTPS LTTGKDASVF QRVFSINRGI DPYVFTVSDV YQDLTSEGTF TGKGLYDVDA FEAALKGRIE ENSILSHD L LEGSFARCAL VTDVELVEDF PTRYEVEVSR QHRWARGDWQ LLPFIIDRAR GVTAIGRWKM VDNLRRSLTP IAWFFASIL GWYFMDPLGA LIWQILLIFS LFVAPTLSLL SGLVPRSTDI VPQAHFFTIW SEIRATNAQV ALRIVFIADA ACMMTDAIVR SLYRLLVSH KLMLEWRTAA SMQSSAQGSI VDYYRQMWHA PVVAMLGLLF AALPGDNAFL IGIPFTLLWV LSPAVAWYVS Q SAETEDRL FVSEHVSFEL RKIARRTWRY YEAFVTPQEN HLPPDNFQET PEPIVASRTS PTNIGVYLLS VISARQFGWI SF ADTLERI ENTIQTVEKM EKHRGHLYNW YHTDTLQTLG PRYVSAVDSG NLAGHLIAVS SACRDWAEAP SAHLQGNLDG IGD VAGILR ETLKALPDNR KTLRPLHRRL EERIIGFSNA LASVKREHEF ASIRVINLAV LARDIQKLAT NVDHEVKSAQ SAEV TRWAQ LLVESCEAHI SDSAIDLTNM EPLRQRLASL RDRSRNLAFS MDFTFLYRKD RRLLSIGYRV ESKELDEACY DLLAS ECRL TSLFAIAKGD LPTEHWYRLG RQVVPIGAQG ALVSWSGSMF EYLMPPLVMQ ERQGGILNQT NNLIVKEQMN HGRRLG TPW GISEAAFNAR DHNMNYQYTN FGVPTLGLKR GLGQNAVIAP YASILASQYD PDGALENLDK LRKLGALGQY GFHDAVD FT PTRVPDGKVC AVVYNYYAHH HGMSIAAVAN VAFDGVLREL FHSDPVIEAA ELLLQEKAPR EVPVMSAKYE PETPGKEQ A DLLRAEVRSI ADPAVRDREV VFLSNGHYST MLTSTGAGYS KWNGQAISRW KADPTDDRWG TFIFLRDTTN GQWWSATAE PRVIEGEKTK TIFTDDKAEF HKTIGDLQSV VECIVATEHD AEGRRITLLN VGSEDRYIEV TSYMEPVIAS EDDDNAHPLF SRMFVQTEI GRRGDVIRAW RNRRSQNEPG TVIAHLAADN AGPSRPTEFE TDRAKFIGRG RSLREAAAFD AGATLSSSDG F TLDPILSL RRTVRVPAGK KVSVIFWTIA APSREEVDKA IDRYRHPDAF AHELVHAWTR TQVQMRHVGV TSQQAAAFQH LG RYLTYPD MHLRADSETL KTGLASQRAL WPLAISGDFP IFSLRINDDM DMDIAREALS AHEYLRSRGV IFDLVIVNER AAS YAQDMQ HALDHISETQ RRINPADGGR PHVFSVRRDL MDEETWSALL AASRVVLHVR NGKIVDQINR AVSLFAANRG PDGS SDAAQ ARLPVPAFPV AEPVEDAGDL DFWNGFGGFA KNGQEYVVRL NGGQSTPHPW INVISNENFG FHISAEGAGF SWSRN SRDY QLTPWTNDPV INRPGEAFYV ADVETGKLYT PCAALSRDPE AMFETRHGLG YSILTGVADT LEVELTQTVD REKPVK FSQ VIVRNKGSKS RRLKVYAYVE WVLGNNGQKS APFILSRHDA GSNAIFASNP YSIDYSARTS FLTLDSEASG FTTSRRE FI GRFGSAQAPQ GIVAGAALSG TTEVDGDPCA ALMQEIHLKP GEERHMTFIL GDADNAEEAE ALVKDVRQAD FLSVLEES K KFWTGFTGQL QVSTPDAGFN HMVNNWLPYQ ALACRILART AFYQSSGAFG FRDQLQDTLA FLLYQPDLAR TQILRAAGR QFPEGDVQHW WLPLTGAGVR TTISDDVVWL AYAINQYVSA TGDAAILDES IPFLKGPALM PGQHDAFFQP ETSERSATLY EHAALALDL AIHRTGENGL PLILGGDWND GMNRVGVGGK GTSVWLGWFL AGALRDFIEI AEKRGDTDRV GKWASHREKL R HVLETAGW DGSYYRRGYF DDGTPLGSAS SEECQIDSLG QSWSVLSGEG EEGRSRQAMD AVMEHLVDEK TGIIRLFTPP FS RASHDPG YIKGYPPGVR ENGGQYTHAA TWVVLALAKQ GRAQEAWNCF KLLNPVNHAL DAASSETYRV EPYVVTADVY GEG AYAGRG GWSWYTGSAG WLYRAAVEGI LGITRTDGKL HVSPSLPEDW SGFSIRITLD GKARDIAVSR KAGTADVSVS VDG

UniProtKB: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98115
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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