+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1903 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The HSV-1 UL17 protein is the second constituent of the capsid vertex specific component (CVSC) required for DNA packaging and retention. | |||||||||
マップデータ | Surface rendered view of a HSV-1 C-capsid where protein UL17 has been genetically tagged with GFP at its C-terminus | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | HSV-1 (単純ヘルペスウイルス) / UL17 / UL25 / CVSC / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / virus structure (ウイルス) | |||||||||
生物種 | Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Toropova K / Huffman JB / Homa FL / Conway JF | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2011 タイトル: The herpes simplex virus 1 UL17 protein is the second constituent of the capsid vertex-specific component required for DNA packaging and retention. 著者: Katerina Toropova / Jamie B Huffman / Fred L Homa / James F Conway / 要旨: The herpes simplex virus (HSV) UL17 and UL25 minor capsid proteins are essential for DNA packaging. They are thought to comprise a molecule arrayed in five copies around each of the capsid vertices. ...The herpes simplex virus (HSV) UL17 and UL25 minor capsid proteins are essential for DNA packaging. They are thought to comprise a molecule arrayed in five copies around each of the capsid vertices. This molecule was initially termed the "C-capsid-specific component" (CCSC) (B. L. Trus et al., Mol. Cell 26:479-489, 2007), but as we have subsequently observed this feature on reconstructions of A, B, and C capsids, we now refer to it more generally as the "capsid vertex-specific component" (CVSC) (S. K. Cockrell et al., J. Virol. 85:4875-4887, 2011). We previously confirmed that UL25 occupies the vertex-distal region of the CVSC density by visualizing a large UL25-specific tag in reconstructions calculated from cryo-electron microscopy (cryo-EM) images. We have pursued the same strategy to determine the capsid location of the UL17 protein. Recombinant viruses were generated that contained either a small tandem affinity purification (TAP) tag or the green fluorescent protein (GFP) attached to the C terminus of UL17. Purification of the TAP-tagged UL17 or a similarly TAP-tagged UL25 protein clearly demonstrated that the two proteins interact. A cryo-EM reconstruction of capsids containing the UL17-GFP protein reveals that UL17 is the second component of the CVSC and suggests that UL17 interfaces with the other CVSC component, UL25, through its C terminus. The portion of UL17 nearest the vertex appears to be poorly constrained, which may provide flexibility in interacting with tegument proteins or the DNA-packaging machinery at the portal vertex. The exposed locations of the UL17 and UL25 proteins on the HSV-1 capsid exterior suggest that they may be attractive targets for highly specific antivirals. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1903.map.gz | 547.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1903-v30.xml emd-1903.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1903.png | 216.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1903 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1903 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 985.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Surface rendered view of a HSV-1 C-capsid where protein UL17 has been genetically tagged with GFP at its C-terminus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HSV-1 C-capsid with UL17 protein labeled with GFP at its C terminus.
全体 | 名称: HSV-1 C-capsid with UL17 protein labeled with GFP at its C terminus. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: HSV-1 C-capsid with UL17 protein labeled with GFP at its C terminus.
超分子 | 名称: HSV-1 C-capsid with UL17 protein labeled with GFP at its C terminus. タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: Human herpesvirus 1 strain KOS
超分子 | 名称: Human herpesvirus 1 strain KOS / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HSV-1 / NCBI-ID: 10306 / 生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HSV-1 |
---|---|
宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 500 mM NaCl, 10 mM Tris, 1 mM EDTA |
---|---|
凍結 | 凍結剤: OTHER / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot mark III. Cryogen was an equal mix of ethane - propane 手法: 7 second blot before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.06 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.65 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2010年9月3日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 134 / ビット/ピクセル: 8 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flip each particle |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 3984 |