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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18636 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SLC15A4 monomer in outward open state in LMNG | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Solute carrier / transporter (運搬体タンパク質) / SLC / MFS / major facilitator superfamily / lysosome (リソソーム) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway ...L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / dipeptide import across plasma membrane / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / specific granule membrane / monoatomic ion transport / protein transport / early endosome membrane / lysosomal membrane / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å | |||||||||
データ登録者 | Rehan S / Matsuoka R / Jazayeri A / Duerr KL | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human SLC15A4 monomer in outward open state in LMNG 著者: Rehan S / Matsuoka R / Jazayeri A / Duerr KL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18636.map.gz | 26.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18636-v30.xml emd-18636.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18636_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18636.png | 198.7 KB | ||
マスクデータ | emd_18636_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18636.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_18636_additional_1.map.gz emd_18636_half_map_1.map.gz emd_18636_half_map_2.map.gz | 51 MB 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18636 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18636 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qsmMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18636_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_18636_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18636_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18636_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SLC15A4
全体 | 名称: SLC15A4 |
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要素 |
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-超分子 #1: SLC15A4
超分子 | 名称: SLC15A4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 15 member 4
分子 | 名称: Solute carrier family 15 member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 62.004035 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEGSGGGAGE RAPAAGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ...文字列: MEGSGGGAGE RAPAAGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ATVKANITPF GADQVKDRGP EATRRFFNWF YWSINLGAIL SLGGIAYIQQ NVSFVTGYAI PTVCVGLAFV VF LCGQSVF ITKPPDGSAF TDMFKILTYS CCSQKRSGER QSNGEGIGVF QQSSKQSLFD SCKMSHGGPF TEEKVEDVKA LVK IVPVFL ALIPYWTVYF QMQTTYVLQS LHLRIPEISN ITTTPHTLPA AWLTMFDAVL ILLLIPLKDK LVDPILRRHG LLPS SLKRI AVGMFFVMCS AFAAGILESK RLNLVKEKTI NQTIGNVVYH AADLSLWWQV PQYLLIGISE IFASIAGLEF AYSAA PKSM QSAIMGLFFF FSGVGSFVGS GLLALVSIKA IGWMSSHTDF GNINGCYLNY YFFLLAAIQG ATLLLFLIIS VKYDHH RDH QRSRANGVPT SRRA UniProtKB: Solute carrier family 15 member 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: 20mM MES pH6.5/ 150mM NaCl, |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |