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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17796 | |||||||||
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タイトル | human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome | |||||||||
マップデータ | Focused refine post-processing map | |||||||||
試料 |
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キーワード | ncPRC1 / RYBP-PRC1 / nucleosome (ヌクレオソーム) / H2A / histones (ヒストン) / RYBP / Ubiquitin (ユビキチン) / K119 / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development / 多糸染色体 / PcG protein complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 ...E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development / 多糸染色体 / PcG protein complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coregulator activity / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / ヌクレオソーム / 染色体 / chromatin organization / nucleic acid binding / クロマチンリモデリング / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apoptotic process / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Ciapponi M / Benda C / Mueller J | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of the histone ubiquitination read-write mechanism of RYBP-PRC1. 著者: Maria Ciapponi / Elena Karlukova / Sven Schkölziger / Christian Benda / Jürg Müller / 要旨: Histone H2A monoubiquitination (H2Aub1) by the PRC1 subunit RING1B entails a positive feedback loop, mediated by the RING1B-interacting protein RYBP. We uncover that human RYBP-PRC1 binds unmodified ...Histone H2A monoubiquitination (H2Aub1) by the PRC1 subunit RING1B entails a positive feedback loop, mediated by the RING1B-interacting protein RYBP. We uncover that human RYBP-PRC1 binds unmodified nucleosomes via RING1B but H2Aub1-modified nucleosomes via RYBP. RYBP interactions with both ubiquitin and the nucleosome acidic patch create the high binding affinity that favors RYBP- over RING1B-directed PRC1 binding to H2Aub1-modified nucleosomes; this enables RING1B to monoubiquitinate H2A in neighboring unmodified nucleosomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17796.map.gz | 39.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17796-v30.xml emd-17796.xml | 27.9 KB 27.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17796.png | 112.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17796.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_17796_additional_1.map.gz emd_17796_half_map_1.map.gz emd_17796_half_map_2.map.gz | 33.1 MB 33.1 MB 33.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17796 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17796 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pp6MC 8pp7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused refine post-processing map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.094 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: non focused refine post-processing map
ファイル | emd_17796_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | non focused refine post-processing map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focus refine half map
ファイル | emd_17796_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focus refine half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focus refine half map
ファイル | emd_17796_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focus refine half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome
+超分子 #1: human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome
+超分子 #2: human RYBP
+超分子 #3: Drosophila octamer
+超分子 #4: DNA
+超分子 #5: Human Ubiquitin
+分子 #1: Histone H3 (Fragment)
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A
+分子 #4: Histone H2B
+分子 #7: RING1 and YY1-binding protein
+分子 #8: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a (Fragment)
+分子 #5: DNA (215-MER)
+分子 #6: DNA (215-MER)
+分子 #9: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: 3D initial model |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12150042 |