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万見
- EMDB-16126: SsoCsm -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16126
タイトルSsoCsm
マップデータcombined EM map
試料
  • 複合体: SsoCsm
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • RNA: RNA (48-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D)
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated RAMP TM1809 / Uncharacterised conserved protein UCP032748 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Spagnolo L / White MF
資金援助 英国, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J005673/1 英国
European Research Council (ERC)101018608European Union
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of the type III-D CRISPR effector.
著者: Giuseppe Cannone / Dmytro Kompaniiets / Shirley Graham / Malcolm F White / Laura Spagnolo /
要旨: CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system, classified into six different types, each characterised by a signature protein. Type III systems, classified based on the presence of a Cas10 ...CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system, classified into six different types, each characterised by a signature protein. Type III systems, classified based on the presence of a Cas10 subunit, are rather diverse multi-subunit assemblies with a range of enzymatic activities and downstream ancillary effectors. The broad array of current biotechnological CRISPR applications is mainly based on proteins classified as Type II, however recent developments established the feasibility and efficacy of multi-protein Type III CRISPR-Cas effector complexes as RNA-targeting tools in eukaryotes. The crenarchaeon has two type III system subtypes (III-B and III-D). Here, we report the cryo-EM structure of the Csm Type III-D complex from (SsoCsm), which uses CRISPR RNA to bind target RNA molecules, activating the Cas10 subunit for antiviral defence. The structure reveals the complex organisation, subunit/subunit connectivity and protein/guide RNA interactions of the SsoCsm complex, one of the largest CRISPR effectors known.
履歴
登録2022年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16126.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈combined EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.8 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.8 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.046 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.0036102654 - 0.06897931
平均 (標準偏差)0.000310444 (±0.0018546397)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 313.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SsoCsm

全体名称: SsoCsm
要素
  • 複合体: SsoCsm
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • RNA: RNA (48-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D)

+
超分子 #1: SsoCsm

超分子名称: SsoCsm / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9 / 詳細: Type III-D CRISPR system
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)

+
分子 #1: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 15.971459 KDa
配列文字列:
MRVKHYIQRE FNYSVSSQDL LDIATRIAIS AIKPKPKSNK PEPYVDSSTI NSLLSFLQSR RNVNELLLYI MRQAGRDEID EETGKLLLA SLKDRELKDA VNLLGYVKWV YDTLTGLKVN YNNVKGVKTF KELVNILSKV

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分子 #2: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 30.536256 KDa
配列文字列: RSPIRRSNYT PRNEKGLEGV IELQLNVVSD YLHVGSGKYD VEVMRSVSDV KRLVEDYLSG GNKRIPNNVD QYFSMVAFLM VRNKDNVVI PGSTIKGMVR SRLELSVPGS CYIVTGHSTS SSAVYKRIFN PDPNRGSDRF DVNKFPQVCP VCDLLGNMGL A SRVSLSDF ...文字列:
RSPIRRSNYT PRNEKGLEGV IELQLNVVSD YLHVGSGKYD VEVMRSVSDV KRLVEDYLSG GNKRIPNNVD QYFSMVAFLM VRNKDNVVI PGSTIKGMVR SRLELSVPGS CYIVTGHSTS SSAVYKRIFN PDPNRGSDRF DVNKFPQVCP VCDLLGNMGL A SRVSLSDF VMTSGKVDYV NVKGRDYEVV TKGSIFAGKV LYKSLKPVEI GMLLYGFGFV KDCNGSKVML LGRFKFSDKR FG RVKFSLK TPIADCNKLV SDFVKQFNPR YINEE

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分子 #3: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 22.781088 KDa
配列文字列: MIPIKVSMRN LSSLTIAGGS TISSIDIPLN PLGVPPSTIK GTMRTAVHNL LPNGYTSCGE VEPESIREAH KNGVCDVCKL FGYPDSLTG CFTIDVSKTD YRTSYITRVS IDDKTQRAKE GSLFTQQIIL PNSDISFTVY YNCNDERLFK LLLYSILDLR Y WRLGRNTM ...文字列:
MIPIKVSMRN LSSLTIAGGS TISSIDIPLN PLGVPPSTIK GTMRTAVHNL LPNGYTSCGE VEPESIREAH KNGVCDVCKL FGYPDSLTG CFTIDVSKTD YRTSYITRVS IDDKTQRAKE GSLFTQQIIL PNSDISFTVY YNCNDERLFK LLLYSILDLR Y WRLGRNTM IDVKVNNVEE ICKSVKCDEE INGILNQLSR YLWE

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分子 #4: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 28.961107 KDa
配列文字列: MVIQVFRLNF RLRTGFRVGG GQEVGDNVIR QLRIGVEGVM IPASSWKGMF RRVSEIVLNS EDHFEEHSKK EVDTRTINAL LKSDEKFRR IAISKVGKEV ITQNGINVDK LDSESLSDLR RIYNEYNCPI ERLYGSNYFA GGITISDSVI PNASIMERTH V TIERKSKK ...文字列:
MVIQVFRLNF RLRTGFRVGG GQEVGDNVIR QLRIGVEGVM IPASSWKGMF RRVSEIVLNS EDHFEEHSKK EVDTRTINAL LKSDEKFRR IAISKVGKEV ITQNGINVDK LDSESLSDLR RIYNEYNCPI ERLYGSNYFA GGITISDSVI PNASIMERTH V TIERKSKK ASEKHLFSEE IIDAEKIEVK VIVRNEFELW KNSLKLLREI GYFIGGSKSR GIGYIVLDEK ESEYAVINNF SE TPKFSEL KRYLS

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分子 #6: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 27.715232 KDa
配列文字列: MSCMDLDVIT TVVKIEGKLR NETLLRVGKG KTQDFAEATD NPIIKYRDRP LIPGSSLKGA FRSLVESYTK SLNDSKYYVC DLDDNSCVS CEEKKKDNGI VEGRYCIPCI LFGFKDLASR VYILDAIAEK YSISQRTMVA INRVFGGQMP GHLYTLDYVD P GSEFSFMM ...文字列:
MSCMDLDVIT TVVKIEGKLR NETLLRVGKG KTQDFAEATD NPIIKYRDRP LIPGSSLKGA FRSLVESYTK SLNDSKYYVC DLDDNSCVS CEEKKKDNGI VEGRYCIPCI LFGFKDLASR VYILDAIAEK YSISQRTMVA INRVFGGQMP GHLYTLDYVD P GSEFSFMM MIYNLNLIEG EKDWKAKSVE ALKFLLATLV REGIFVGARK SVGYGLIKLV DAKVSLYKAP DHLVSPVIVK KL EEVIGTN G

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分子 #7: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 31.226941 KDa
配列文字列: MVNYTFIDKR VIKRTTMIEG DVETVSPLKI GGGKDNFDPS SLAKDSILKD VEGRPIIPGS SWKGIFRSTG ERILRLRNIE VCSGIGKDY CLNNNRKERD FNSALKENVD QALEIFWDYT CLNCKVFGTM SVIGAVRFLD SLPISYSLNT RSMIAISRTE G AVARRALV ...文字列:
MVNYTFIDKR VIKRTTMIEG DVETVSPLKI GGGKDNFDPS SLAKDSILKD VEGRPIIPGS SWKGIFRSTG ERILRLRNIE VCSGIGKDY CLNNNRKERD FNSALKENVD QALEIFWDYT CLNCKVFGTM SVIGAVRFLD SLPISYSLNT RSMIAISRTE G AVARRALV TVEYVDVGSK FSFKMMGYNL PNYAIGYLIT IMKNIHDGFT QVGGHKSRGF GFVKFGKVKF TDLGEKRIGD ED IQVKDVG DLVEGNGDEF FGRMKPFMEA FNNAKIPYPK K

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分子 #8: CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 94.935594 KDa
配列文字列: MIRGKLLLPE KKVVFINESE VQSLRKDVVD ALKVFSSLAC ELADNNETKA TNIFADLISM IYKLPMLISY VPSDKLSTPH EYFFAYIVF RHLVEDSMPS NDIAKLLEIL EEKKRDEIKE VLDYARTLRK IYEKLLYVPA DTRPGYNFTS LASHLQLSSI L VWLLQKGS ...文字列:
MIRGKLLLPE KKVVFINESE VQSLRKDVVD ALKVFSSLAC ELADNNETKA TNIFADLISM IYKLPMLISY VPSDKLSTPH EYFFAYIVF RHLVEDSMPS NDIAKLLEIL EEKKRDEIKE VLDYARTLRK IYEKLLYVPA DTRPGYNFTS LASHLQLSSI L VWLLQKGS VDLNYLRISA LLHDIGKLFN PTNHVSESIK ILDEVIEGSE CLKTNLSRVK SLVEQHHAPL ETILNDADRL AA STDRFSE IVKGALNNTK IGECYSLCYG RDVRTKECME CLEEYGEETY SEESKRLYDV ISNSVVSQKV EGNAIGYLVY IDF PGIQRF ITSFPKLREM SFASFLVDFV TSIYSFIVLD QAYYERTGKK SRIPAEALLS GYGGHSYIIV RSDFGSKDEV KAWL ESVSS SALSKLGIRL DVKVADFAYE NYVRNYKEVY EDMMSKSYER YLIRDEGKVY SYGLHRVCDN CGIRPAVNRS DDGEY LCET CNLVRDLSKN RGFIAKYKSK YTLYEEQRIE ISPKEDIKFK LDKNQDPTSY AMEIIAGYRT TSDSRYIALI KADGNN AGK IFGNTVTFSE YVDKSFRLDF GVKKMFYDTL LDIMRASSDE SIKKDLVSRI LLGVLYLGGD DIMLLSPSAI AVPFAVK MF KRSLEYTGFT FKVGIISVKP DHPVQFAYGA VNALMEESKI HTGEKSSIGV LVFSSTLASE GVVKSDLKNY RKEKESFL V VSNDVDDVER LLNLMELDDF GKLMELYWNP EEGRKVIRDK IRSLERFVNY ADTHDFYNTL AYLIRSKAKS EENSLIKRI IDLTIKGRDD FVFPLYDYYF ILKSIRVGI

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分子 #9: CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D)

分子名称: CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 34.497805 KDa
配列文字列: MILIKLKVKG YITTQMRRIR NYYFSITNYI PSTTLRGAIL AEYYNQTGKI DENFYVSPAY PIKTAPAHYF SPAKERKGDE FIEVKRILE KKEKEFEANK PIEEIMKLEI DGKHPKPKIG SLITYEGETD KENKYREFSS KSIIQMHVAI DKTSISSYKG M LFAYEYKE ...文字列:
MILIKLKVKG YITTQMRRIR NYYFSITNYI PSTTLRGAIL AEYYNQTGKI DENFYVSPAY PIKTAPAHYF SPAKERKGDE FIEVKRILE KKEKEFEANK PIEEIMKLEI DGKHPKPKIG SLITYEGETD KENKYREFSS KSIIQMHVAI DKTSISSYKG M LFAYEYKE FDEMWAIASD SEVIDTVKRI KIGRGKNRGN KVVDVEKVRE VSLDQSKGLL YCLSPCIGSL FGKTFFKAKY II GDKSIYS GWFTVDSFSG QKPVFETLRE GSLVYVESFS NEKSLMPAGL NFMLRISDLS SIL

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分子 #5: RNA (48-MER)

分子名称: RNA (48-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 14.821234 KDa
配列文字列:
AUUGAAAGUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 34.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 192787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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