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- EMDB-14991: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14991
タイトルHuman PRPH2-ROM1 hetero-dimer
マップデータNon-sharpened map
試料
  • 複合体: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
    • 複合体: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
      • タンパク質・ペプチド: Peripherin-2
      • タンパク質・ペプチド: Rod outer segment membrane protein 1
    • 複合体: Nanobodyナノボディ
      • タンパク質・ペプチド: Nanobodyナノボディ
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to photoreceptor outer segment / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / response to low light intensity stimulus / photoreceptor cell outer segment organization / detection of light stimulus involved in visual perception / retina vasculature development in camera-type eye / protein heterooligomerization / photoreceptor outer segment membrane / plasma membrane => GO:0005886 / photoreceptor outer segment ...protein localization to photoreceptor outer segment / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / response to low light intensity stimulus / photoreceptor cell outer segment organization / detection of light stimulus involved in visual perception / retina vasculature development in camera-type eye / protein heterooligomerization / photoreceptor outer segment membrane / plasma membrane => GO:0005886 / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / 視覚 / protein homooligomerization / retina development in camera-type eye / 遺伝子発現の調節 / membrane => GO:0016020 / 細胞接着 / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Peripherin/rom-1 / Peripherin/rom-1, conserved site / Peripherin, extracellular domain / Peripherin / rom-1 signature. / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Peripherin-2 / Rod outer segment membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama (ラマ属)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者El Mazouni D / Gros P
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)BC.000795.1European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of peripherin-2 and ROM1 suggest multiple roles in photoreceptor membrane morphogenesis.
著者: Dounia El Mazouni / Piet Gros /
要旨: Mammalian peripherin-2 (PRPH2) and rod outer segment membrane protein 1 (ROM1) are retina-specific tetraspanins that partake in the constant renewal of stacked membrane discs of photoreceptor cells ...Mammalian peripherin-2 (PRPH2) and rod outer segment membrane protein 1 (ROM1) are retina-specific tetraspanins that partake in the constant renewal of stacked membrane discs of photoreceptor cells that enable vision. Here, we present single-particle cryo-electron microscopy structures of solubilized PRPH2-ROM1 heterodimers and higher-order oligomers. High-risk PRPH2 and ROM1 mutations causing blindness map to the protein-dimer interface. Cysteine bridges connect dimers forming positive-curved oligomers, whereas negative-curved oligomers were observed occasionally. Hexamers and octamers exhibit a secondary micelle that envelopes four carboxyl-terminal helices, supporting a potential role in membrane remodeling. Together, the data indicate multiple structures for PRPH2-ROM1 in creating and maintaining compartmentalization of photoreceptor cells.
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14991.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14991.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 432 pix.
= 283.392 Å		0.66 Å/pix.
x 432 pix.
= 283.392 Å		0.66 Å/pix.
x 432 pix.
= 283.392 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.656 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.076656096 - 0.22285856
平均 (標準偏差)9.954237e-06 (±0.00746569)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 283.392 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_14991_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14991_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14991_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer

全体名称: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
要素
  • 複合体: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
    • 複合体: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
      • タンパク質・ペプチド: Peripherin-2
      • タンパク質・ペプチド: Rod outer segment membrane protein 1
    • 複合体: Nanobodyナノボディ
      • タンパク質・ペプチド: Nanobodyナノボディ

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超分子 #1: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer

超分子名称: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 76 kDa/nm

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超分子 #2: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer

超分子名称: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Nanobody

超分子名称: Nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Lama (ラマ属)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Peripherin-2

分子名称: Peripherin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: HHHHHH = tag of purification Sequence of the protein starts at A-L-L (Aminoacids 2-3-4)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.054137 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HHHHHHGSAL LKVKFDQKKR VKLAQGLWLM NWFSVLAGII IFSLGLFLKI ELRKRSDVMN NSESHFVPNS LIGMGVLSCV FNSLAGKIC YDALDPAKYA RWKPWLKPYL AICVLFNIIL FLVALCCFLL RGSLENTLGQ GLKNGMKYYR DTDTPGRSFM K KTIDMLQI ...文字列:
HHHHHHGSAL LKVKFDQKKR VKLAQGLWLM NWFSVLAGII IFSLGLFLKI ELRKRSDVMN NSESHFVPNS LIGMGVLSCV FNSLAGKIC YDALDPAKYA RWKPWLKPYL AICVLFNIIL FLVALCCFLL RGSLENTLGQ GLKNGMKYYR DTDTPGRSFM K KTIDMLQI EFKCCGNNGF RDWFEIQWIS NRYLDFSSKE VKDRIKSNVD GRYLVDGVPF SCCNPSSPRP CIQYQITNNS AH YSYDHQT EELNLWVRGC RAALLSYYSS LMNSMGVVTL LIWLFEVTIT IGLRYLQTSL DGVSNPEESE SESEGWLLEK SVP ETWKAF LESVKKLGKG NQVEAEGAGA GQAPEAG

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分子 #2: Rod outer segment membrane protein 1

分子名称: Rod outer segment membrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The protein sequence starts at A-P-V-L, residues 2-3-4-5
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.249828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSAPVLPLVL PLQPRIRLAQ GLWLLSWLLA LAGGVILLCS GHLLVQLRHL GTFLAPSCQF PVLPQAALAA GAVALGTGLV GVGASRASL NAALYPPWRG VLGPLLVAGT AGGGGLLVVG LGLALALPGS LDEALEEGLV TALAHYKDTE VPGHCQAKRL V DELQLRYH ...文字列:
GSAPVLPLVL PLQPRIRLAQ GLWLLSWLLA LAGGVILLCS GHLLVQLRHL GTFLAPSCQF PVLPQAALAA GAVALGTGLV GVGASRASL NAALYPPWRG VLGPLLVAGT AGGGGLLVVG LGLALALPGS LDEALEEGLV TALAHYKDTE VPGHCQAKRL V DELQLRYH CCGRHGYKDW FGVQWVSSRY LDPGDRDVAD RIQSNVEGLY LTDGVPFSCC NPHSPRPCLQ NRLSDSYAHP LF DPRQPNQ NLWAQGCHEV LLEHLQDLAG TLGSMLAVTF LLQALVLLGL RYLQTALEGL GGVIDAGGET QGYLFPSGLK DML KTAWLQ GGVACRPAPE EAPPGEAPPK EDLSEA

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分子 #3: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama (ラマ属)
分子量理論値: 14.646134 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SQVQLQESGG GLVQAGGSLR LSCAASTRTT SRYTVGWFCQ APGKEREFVA AVHWSGGSTW YADSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMNSLKQ EDTAVYYCAA AEPRRYSYYM RPDEYNYWGQ GTQVTVSSAA PLE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.2)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 93727
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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