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- EMDB-1358: Atypical AAA+ subunit packing creates an expanded cavity for disa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1358
タイトルAtypical AAA+ subunit packing creates an expanded cavity for disaggregation by the protein-remodeling factor Hsp104.
マップデータYeast Hsp104 N728A 3D density map. ATPgammaS bound hexamer.
試料
  • 試料: Yeast Hsp104 N728A ATPgS
  • タンパク質・ペプチド: Hsp104 N728A
  • リガンド: ATPgammaS
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Wendler P / Shorter J / Plisson C / Cashikar AG / Lindquist S / Saibil HR
引用ジャーナル: Cell / 年: 2007
タイトル: Atypical AAA+ subunit packing creates an expanded cavity for disaggregation by the protein-remodeling factor Hsp104.
著者: Petra Wendler / James Shorter / Celia Plisson / Anil G Cashikar / Susan Lindquist / Helen R Saibil /
要旨: Hsp104, a yeast protein-remodeling factor of the AAA+ (ATPases associated with various cellular activities) superfamily, and its homologs in bacteria and plants mediate cell recovery after severe ...Hsp104, a yeast protein-remodeling factor of the AAA+ (ATPases associated with various cellular activities) superfamily, and its homologs in bacteria and plants mediate cell recovery after severe stress by disaggregating denatured proteins through a poorly understood mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy maps and domain fitting of Hsp104 hexamers, revealing an unusual arrangement of AAA+ modules with the prominent coiled-coil domain intercalated between the AAA+ domains. This packing results in a greatly expanded cavity, which is capped at either end by N- and C-terminal domains. The fitted structures as well as mutation of conserved coiled-coil arginines suggest that the coiled-coil domain plays a major role in the extraction of proteins from aggregates, providing conserved residues for key functions in ATP hydrolysis and potentially for substrate interaction. The large cavity could enable the uptake of polypeptide loops without a requirement for exposed N or C termini.
履歴
登録2007年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年5月16日-
マップ公開2008年1月3日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1358.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1358.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Yeast Hsp104 N728A 3D density map. ATPgammaS bound hexamer.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル1: 0.57 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.37277 - 9.965070000000001
平均 (標準偏差)0.0346584 (±0.356831)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-63-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-63-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-1.3739.9650.035

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Hsp104 N728A ATPgS

全体名称: Yeast Hsp104 N728A ATPgS
要素
  • 試料: Yeast Hsp104 N728A ATPgS
  • タンパク質・ペプチド: Hsp104 N728A
  • リガンド: ATPgammaS

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超分子 #1000: Yeast Hsp104 N728A ATPgS

超分子名称: Yeast Hsp104 N728A ATPgS / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 2
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 612 KDa / 手法: Gel filtration Glutaraldehyde cross-linking

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分子 #1: Hsp104 N728A

分子名称: Hsp104 N728A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Heat Shock Protein 104 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm, nucleus
分子量実験値: 102 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pNOTAG

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分子 #2: ATPgammaS

分子名称: ATPgammaS / タイプ: ligand / ID: 2 / 組換発現: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 20 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 2mM ATPgS
グリッド詳細: 300 mesh copper grid- holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home made
手法: The grids were blotted for 2-3 sec and immediately plunged into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: single tilt cryo / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 77 K / 最高: 85 K / 平均: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected for at
日付2005年3月17日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 35 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping, each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic, Spider / 使用した粒子像数: 7211

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原子モデル構築 1

詳細The domains were manually fitted as rigid bodies using Pymol. Automated fitting in Chimera optimised fit for NBD2.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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