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- EMDB-13576: Alpha-synuclein amyloid fibres incubated with DNAJB1, Hsc70, Hsp1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13576
タイトルAlpha-synuclein amyloid fibres incubated with DNAJB1, Hsc70, Hsp110 and ATP
マップデータAlpha-synuclein amyloid fibres incubated with Hsc70, DNAJB1, Apg2 and ATP show extended stretches of densely clustered chaperones.
試料
  • 複合体: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1, Hsc70 and Hsp110/Apg2 chaperones
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Monistrol J / Saibil HR
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Cooperative amyloid fibre binding and disassembly by the Hsp70 disaggregase.
著者: Joseph George Beton / Jim Monistrol / Anne Wentink / Erin C Johnston / Anthony John Roberts / Bernd Gerhard Bukau / Bart W Hoogenboom / Helen R Saibil /
要旨: Although amyloid fibres are highly stable protein aggregates, a specific combination of human Hsp70 system chaperones can disassemble them, including fibres formed of α-synuclein, huntingtin, or Tau. ...Although amyloid fibres are highly stable protein aggregates, a specific combination of human Hsp70 system chaperones can disassemble them, including fibres formed of α-synuclein, huntingtin, or Tau. Disaggregation requires the ATPase activity of the constitutively expressed Hsp70 family member, Hsc70, together with the J domain protein DNAJB1 and the nucleotide exchange factor Apg2. Clustering of Hsc70 on the fibrils appears to be necessary for disassembly. Here we use atomic force microscopy to show that segments of in vitro assembled α-synuclein fibrils are first coated with chaperones and then undergo bursts of rapid, unidirectional disassembly. Cryo-electron tomography and total internal reflection fluorescence microscopy reveal fibrils with regions of densely bound chaperones, preferentially at one end of the fibre. Sub-stoichiometric amounts of Apg2 relative to Hsc70 dramatically increase recruitment of Hsc70 to the fibres, creating localised active zones that then undergo rapid disassembly at a rate of ~ 4 subunits per second. The observed unidirectional bursts of Hsc70 loading and unravelling may be explained by differences between the two ends of the polar fibre structure.
履歴
登録2021年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2022年8月24日-
現状2022年8月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13576.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Alpha-synuclein amyloid fibres incubated with Hsc70, DNAJB1, Apg2 and ATP show extended stretches of densely clustered chaperones.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.52 Å
密度
最小 - 最大-7577.2314 - 4679.8257
平均 (標準偏差)102.27678 (±112.444145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin161-208140
サイズ13511024255
Spacing10241351255
セルA: 8724.48 Å / B: 11510.5205 Å / C: 2172.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1, Hsc70 and Hsp1...

全体名称: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1, Hsc70 and Hsp110/Apg2 chaperones
要素
  • 複合体: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1, Hsc70 and Hsp110/Apg2 chaperones

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超分子 #1: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1, Hsc70 and Hsp1...

超分子名称: Complex of alpha-synuclein amyloid fibres, DNAJB1, Hsc70 and Hsp110/Apg2 chaperones
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mmol/LHEPES
50.0 mmol/LKClpotassium chloride
5.0 mmol/LMgCl2magnesium chloride
2.0 mmol/LDTT1,4-Dithiothreitol
5.0 mmol/LATPアデノシン三リン酸adenosine 5'-triphosphate
6.0 mmol/LPEPphosphoenol-pyruvate
20.0 ng/uLpyruvate kinaseピルビン酸キナーゼ
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 42000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 150.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.0) / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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