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- EMDB-1195: TFIID(転写因子IID) - ヒト由来 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 1195
タイトルCryo-electron microscopy studies of human TFIID: conformational breathing in the integration of gene regulatory cues.
マップデータAverage 3D structure of human TFIID in solution (cryo-EM)
試料human TFIIDTranscription factor II D:
TFIIDTranscription factor II D
由来Homo sapiens (ヒト)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 32Å分解能
データ登録者Grob P / Cruse MJ / Inouye C / Peris M / Penczek PA / Tjian R / Nogales E
引用ジャーナル: Structure / : 2006
タイトル: Cryo-electron microscopy studies of human TFIID: conformational breathing in the integration of gene regulatory cues.
著者: Patricia Grob / Michael J Cruse / Carla Inouye / Marian Peris / Pawel A Penczek / Robert Tjian / Eva Nogales
日付登録: 2006年2月23日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2006年2月28日 / マップ公開: 2007年2月28日 / 最新の更新: 2011年8月31日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.009888
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.009888
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_1195.map.gz (map file in CCP4 format, 2077 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
81 pix
5.06 Å/pix.
= 409.86 Å
81 pix
5.06 Å/pix.
= 409.86 Å
81 pix
5.06 Å/pix.
= 409.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.06 Å
密度
表面のレベル:0.00701, 0.009888 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.0259656 - 0.0837595
平均 (標準偏差)0.000289196 (0.00447566)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions818181
Origin000
Limit808080
Spacing818181
セルA=B=C: 409.86 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.065.065.06
M x/y/z818181
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z409.860409.860409.860
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS818181
D min/max/mean-0.0260.0840.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 human TFIID

全体名称: human TFIID
詳細: The sample was prepared from a single preparation of TFIID, immunopurified from HeLa cell nuclear extrats (TAF130 antibody)
構成要素数: 1
分子量理論値: 1000 kDa / 実験値: 1000 kDa / 測定法: Chromatography, sequence

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構成要素 #1: タンパク質, TFIID

タンパク質名称: TFIIDTranscription factor II D / 組換発現: Yes
分子量理論値: 1000 kDa / 実験値: 1000 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: HeLa
由来(天然)細胞器官: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus / 細胞: HeLa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.025 mg/ml
緩衝液: 25mM HEPES, 0.1 mM EDTA, 12.5mM MgCl2, 200mM KCl, 0.03% NP 40
pH: 7.9
支持膜400 mesh copper grid with holey carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT / 凍結剤: ETHANE / 温度: 93 K / 湿度: 95 %
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. rince once with sample buffer before blotting

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 16 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 50000 X (公称値), 50200 X (実測値) / Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 2500 - 5000 nm
試料ホルダホルダ: side entry / モデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 90 K
カメラディテクター: KODAK SO-163 FILM

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 90 / スキャナ: OTHER / サンプリングサイズ: 12.7 microns / ビット深度: 14

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 8016 / 詳細: additional continuous thin carbon layer / 想定した対称性: C1 (非対称)
3次元再構成アルゴリズム: simultaneous iterative reconstruction technique
ソフトウェア: Spider, IMAGIC / CTF補正: whole micrograph / 分解能: 32 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5 / オイラー角: SPIDER, theta 90 degrees, phi 359.9
詳細: final reconstruction from 8016 single particles, refined by iterative projection matching

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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