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- EMDB-0289: Structure of a functional obligate respiratory supercomplex from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0289
タイトルStructure of a functional obligate respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis
マップデータRespiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatisSupercomplex
試料
  • 複合体: Respiratory Supercomplex from Mycobacterium smegmatisSupercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 7種
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 酸化的リン酸化 / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 酸化的リン酸化 / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like ...Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) / Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) / Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wiseman B / Nitharwal RG / Fedotovskaya O / Schafer J / Guo H / Kuang Q / Benlekbir S / Sjostrand D / Adelroth P / Rubinstein JL ...Wiseman B / Nitharwal RG / Fedotovskaya O / Schafer J / Guo H / Kuang Q / Benlekbir S / Sjostrand D / Adelroth P / Rubinstein JL / Brzezinski P / Hogbom M
資金援助 カナダ, スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health ResearchMOP 81294 カナダ
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of a functional obligate complex IIIIV respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis.
著者: Benjamin Wiseman / Ram Gopal Nitharwal / Olga Fedotovskaya / Jacob Schäfer / Hui Guo / Qie Kuang / Samir Benlekbir / Dan Sjöstrand / Pia Ädelroth / John L Rubinstein / Peter Brzezinski / Martin Högbom /
要旨: In the mycobacterial electron-transport chain, respiratory complex III passes electrons from menaquinol to complex IV, which in turn reduces oxygen, the terminal acceptor. Electron transfer is ...In the mycobacterial electron-transport chain, respiratory complex III passes electrons from menaquinol to complex IV, which in turn reduces oxygen, the terminal acceptor. Electron transfer is coupled to transmembrane proton translocation, thus establishing the electrochemical proton gradient that drives ATP synthesis. We isolated, biochemically characterized, and determined the structure of the obligate IIIIV supercomplex from Mycobacterium smegmatis, a model for Mycobacterium tuberculosis. The supercomplex has quinol:O oxidoreductase activity without exogenous cytochrome c and includes a superoxide dismutase subunit that may detoxify reactive oxygen species produced during respiration. We found menaquinone bound in both the Q and Q sites of complex III. The complex III-intrinsic diheme cytochrome cc subunit, which functionally replaces both cytochrome c and soluble cytochrome c in canonical electron-transport chains, displays two conformations: one in which it provides a direct electronic link to complex IV and another in which it serves as an electrical switch interrupting the connection.
履歴
登録2018年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2018年11月7日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.475
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6hwh
  • 表面レベル: 0.475
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0289.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0289.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.475 / ムービー #1: 0.475
最小 - 最大-3.9200296 - 5.8836565
平均 (標準偏差)0.009659335 (±0.12999378)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 402.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z402.800402.800402.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-3.9205.8840.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory Supercomplex from Mycobacterium smegmatis

全体名称: Respiratory Supercomplex from Mycobacterium smegmatisSupercomplex
要素
  • 複合体: Respiratory Supercomplex from Mycobacterium smegmatisSupercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
    • タンパク質・ペプチド: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
    • タンパク質・ペプチド: Co-purified unknown peptide built as polyALA
    • タンパク質・ペプチド: Co-purified unknown peptide built as polyALA
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: MSMEG_4693
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1シトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3シトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: MENAQUINONE-9メナキノン
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-AS
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
超分子 #1: Respiratory Supercomplex from Mycobacterium smegmatis

超分子名称: Respiratory Supercomplex from Mycobacterium smegmatis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: deletion of the complex III operon qcrCAB (qcrCAB::hyg)
細胞中の位置: membrane
分子量実験値: 770 KDa

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分子 #1: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 44.869395 KDa
配列文字列: MDRIASMSQD SPDIKGTDAP GQTGVPGQPT DAELAEMSRE ELVKLGGKID GVETIFKEPR WPVPGTKAEK RTERLVAYWL MLGGLSGLA LLLVFLFWPW EYQPFGSEGE FLYSLATPLY GLTFGLSILS IGIGAVLFQK KFIPEEISVQ DRHDGRSPEV H RKTVAANL ...文字列:
MDRIASMSQD SPDIKGTDAP GQTGVPGQPT DAELAEMSRE ELVKLGGKID GVETIFKEPR WPVPGTKAEK RTERLVAYWL MLGGLSGLA LLLVFLFWPW EYQPFGSEGE FLYSLATPLY GLTFGLSILS IGIGAVLFQK KFIPEEISVQ DRHDGRSPEV H RKTVAANL TDALEGSTLK RRKVIGLSLG IGLGAFGAGT LVAFIGGLIK NPWKPVVPTA EGKKAVLWTS GWTPRFKGET IY LARATGR PGESPFVKMR PEDIDAGGME TVFPWRESDG DGTTVESEHK LTEIAMGVRN PVMLIRIKPA DMHRVIKRKG QES FNFGEL FAYTKVCSHL GCPSSLYEQQ TYRILCPCHQ SQFDALEFAK PIFGPAARAL AQLPITIDED GYLVANGDFV EPVG PAFWE RKS

+
分子 #2: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA

分子名称: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.315777 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #3: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA

分子名称: Co-purified unknown transmembrane helices built as polyALA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 5.549833 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #4: Co-purified unknown peptide built as polyALA

分子名称: Co-purified unknown peptide built as polyALA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: chains M,K: transmembrane helix built and refined to density. chains i, j: homology model of soluble domain built as polyALA only rigid-body docked to density.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.720111 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #5: Co-purified unknown peptide built as polyALA

分子名称: Co-purified unknown peptide built as polyALA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 2.996685 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #6: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: chains M,K: transmembrane helix built and refined into density chains i,j: homology model of the periplasmic soluble domain built as polyALA and rigid-body docked into low resolution density
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 27.874547 KDa
配列文字列: MTSKSRRRLR RRLSAGLLLL IGLAVAGGVA ATLTPQPQVA VADESQSALL RTGKQLFETS CVSCHGANLQ GVPDRGPSLI GTGEAAVYF QVSTGRMPAM RGEAQAPSKP PHFDESQIDA LGAYVQANGG GPTVPRDDHG AVAQESLIGG DVARGGDLFR L NCASCHNF ...文字列:
MTSKSRRRLR RRLSAGLLLL IGLAVAGGVA ATLTPQPQVA VADESQSALL RTGKQLFETS CVSCHGANLQ GVPDRGPSLI GTGEAAVYF QVSTGRMPAM RGEAQAPSKP PHFDESQIDA LGAYVQANGG GPTVPRDDHG AVAQESLIGG DVARGGDLFR L NCASCHNF TGKGGALSSG KYAPDLGDAN PAQIYTAMLT GPQNMPKFSD RQLTPDEKRD IVAYVRESAE TPSYGGYGLG GF GPAPEGM AMWIIGMVAA IGVAMWIGSR A

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: シトクロムcオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 38.077465 KDa
配列文字列: MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT ...文字列:
MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT SRPEGKDEHG IEKVGPIRGM TPEDRTYLNF DKIETLGTSS EIPVLVLPAG KRIEFVLNSA DVIHGFWVPE FL FKRDVLP EPKANNSDNV FQVSEIQQTG AFVGRCTEMC GTFHAMMNFE VRVVEPNDFK AYIDQRNAGK TNAEALAAIN QPP LAITTE PFESRRGELV PQASK

+
分子 #8: MSMEG_4693

分子名称: MSMEG_4693 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 8.365549 KDa
配列文字列:
MSTALTHGLI GGVPLVLFAV LALIFLTRKG PHPDTYKMSD PWTHAPILWA AEEPREHGHG GHGHDSHGVV IGGGASGKW

+
分子 #9: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

分子名称: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 15.910971 KDa
配列文字列:
MASGDIATVA NAELDLPYGS ALTSSGRISA VTEPGELSVH YPFPTMDLVV LDDALKYGSR AAKARFAVYI GPLGADTAAT AREILANVP TPENAVLLAV SPDQRAIEVV YGADVKGRGI ESAAPLGVSA AAASFKEGNL IDGLISAVRV MSAGVSPA

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: シトクロムcオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 64.841637 KDa
配列文字列: MTTHAPSAGE LLARRPFPQR LGPRWTLLYK LVTTTDHKLI GMMYVVACFI FFFIGGLMAL LLRTELAVPG LQFLSNEQYN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVVPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGASIALGG FLAPGGPADF GWTAYTPLSN A MHSPGAGG ...文字列:
MTTHAPSAGE LLARRPFPQR LGPRWTLLYK LVTTTDHKLI GMMYVVACFI FFFIGGLMAL LLRTELAVPG LQFLSNEQYN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVVPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGASIALGG FLAPGGPADF GWTAYTPLSN A MHSPGAGG DLWIFGLIVG GLGTILGAVN MITTVVCMRA PGMIMFRMPI FTWNILVTSV IVLVAFPLLT SALFGLAADR NL GAHVFDP ANGGTMLWEH LFWFFGHPEV YIIALPFFGI VTEIFPVFSR KPVFGYTTLV YATISIGALS IAVWAHHLYA TGA VLLPFF SFMTFMIAVP TGIKFVNWIG TMWKGQLTFE TPMLFSVGFL VTFLLGGLTG VILASPPLDF HVTDSYFVVA HFHY VLFGT IVFATYAGVY FWFPKMTGRL LDDRLGKLHF WLTLIGFHTT FLVHHWLGAE GMPRRYADYL PTDGFTTLNI VSTIG SFIL GVSMLPFVWN VFKSWRYGEP VTVDDPWGYG NSLEWATSCP PPRHNFTELP RIRSERPAFE LHYPHMIERL RAESHP GRT QGGPGAVTLP QPQARSHPVE

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: シトクロムcオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 15.177424 KDa
配列文字列:
MHIEARLFEI LTAFFALAAV VYAVLTAMFA TGGVEWAGTT ALVLTTGLTL ITGTFFRFVA RRLDTRPEDY EDAEISDGAG ELGFFAPHS WWPILISLSF STAAVGAALW LPWLIAAGVA FVITSVCGLV FEYYWGPEKH

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: シトクロムcオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
分子量理論値: 22.196883 KDa
配列文字列: MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS ...文字列:
MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS KFTPAQATAA IVVSYYWHFV DIVWIALFAT IYFVR

+
分子 #13: Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB

分子名称: Ubiquinol-cytochrome C reductase QcrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 61.271945 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGFFGY S LPDDLLSG ...文字列:
MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGFFGY S LPDDLLSG TGIRAALSGI TMGIPVIGTW MHWALFGGDF PGEILIPRLY ALHILLIPGI ILALIGAHLA LVWFQKHTQF PG PGRTETN VVGVRVMPVF AVKSGAFFAM ITGVLGLMGG LLTINPIWNL GPYKPSQVSA GSQPDFYMMW TDGLIRLWPA WEF YPFGHT IPQGVWVAVG MGLVFALLIA YPFIEKKVTG DDAHHNLLQR PRDVPVRTAI GSMAIALYLL LTFACMNDII ALKF HISLN ATTWIGRIGM VVLPAIVYFV AYRWAISLQR SDREVLEHGV ETGIIKRLPH GAYVELHQPL GPVDEHGHPI PLEYA GAPL PKRMNKLGSG GAPGTGSFLF PDPAVEHEAL TEAAHASEHK SLTALKEHQD RIHGNGETNG HHDYKDDDDK

+
分子 #14: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 8 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

+
分子 #16: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9 / メナキノン

+
分子 #17: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION / 銅

+
分子 #18: HEME-AS

分子名称: HEME-AS / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: HAS
分子量理論値: 920.954 Da
Chemical component information

ChemComp-HAS:
HEME-AS

+
分子 #19: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

+
分子 #20: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 40 seconds at 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5316 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 751329
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 104198
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model was built de novo; except for chains i,j which are polyALA homology models rigid-body docked into low resolution density.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6hwh:
Structure of a functional obligate respiratory supercomplex from Mycobacterium smegmatis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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