+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0117 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subtomogram averaging of nucleosome particles decorating chromatin plates from metaphase chromosomes | |||||||||
マップデータ | Structure of decorative particles | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chicano A / Crosas E / Engel BD / Melero R / Oton J / Daban JR | |||||||||
資金援助 | スペイン, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2019 タイトル: Frozen-hydrated chromatin from metaphase chromosomes has an interdigitated multilayer structure. 著者: Andrea Chicano / Eva Crosas / Joaquín Otón / Roberto Melero / Benjamin D Engel / Joan-Ramon Daban / 要旨: Cryo-electron tomography and small-angle X-ray scattering were used to investigate the chromatin folding in metaphase chromosomes. The tomographic 3D reconstructions show that frozen-hydrated ...Cryo-electron tomography and small-angle X-ray scattering were used to investigate the chromatin folding in metaphase chromosomes. The tomographic 3D reconstructions show that frozen-hydrated chromatin emanated from chromosomes is planar and forms multilayered plates. The layer thickness was measured accounting for the contrast transfer function fringes at the plate edges, yielding a width of ~ 7.5 nm, which is compatible with the dimensions of a monolayer of nucleosomes slightly tilted with respect to the layer surface. Individual nucleosomes are visible decorating distorted plates, but typical plates are very dense and nucleosomes are not identifiable as individual units, indicating that they are tightly packed. Two layers in contact are ~ 13 nm thick, which is thinner than the sum of two independent layers, suggesting that nucleosomes in the layers interdigitate. X-ray scattering of whole chromosomes shows a main scattering peak at ~ 6 nm, which can be correlated with the distance between layers and between interdigitating nucleosomes interacting through their faces. These observations support a model where compact chromosomes are composed of many chromatin layers stacked along the chromosome axis. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0117.map.gz | 449.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-0117-v30.xml emd-0117.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0117.png | 78.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0117 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0117 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0117_validation.pdf.gz | 221.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_0117_full_validation.pdf.gz | 220.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0117_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0117 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0117 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0117.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 489.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Structure of decorative particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chromatin plates from metaphase chromosomes
全体 | 名称: Chromatin plates from metaphase chromosomes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Chromatin plates from metaphase chromosomes
超分子 | 名称: Chromatin plates from metaphase chromosomes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Nucleosome particles in the plates |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa / Organelle: Metaphase chromosomes |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 5 mM Pipes (pH 7.2), 5 mM NaCl, and 5 mM MgCl2 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | Chromatin emanated from soft-denatured metaphase chromosomes |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF 2002 |
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 1.8 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 1.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 33000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
Image recording ID | 1 |
---|---|
最終 再構成 | 使用したクラス数: 4 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: MonoRes / 使用したサブトモグラム数: 315 |
抽出 | トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 902 / 参照モデル: de novo / 手法: manually / ソフトウェア - 名称: EMAN2 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 2.4) |