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- EMDB-0009: The baseplate complex from the type VI secretion system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0009
タイトルThe baseplate complex from the type VI secretion system
マップデータ
試料
  • 複合体: Type VI secretion system baseplate complexType VI secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion proteinType VI secretion system
    • タンパク質・ペプチド: TssG
    • タンパク質・ペプチド: TssE
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VI secretion system protein TssE1-like / Type VI secretion system TssF / Type VI secretion system, TssF / Type VI secretion, TssG-like / Type VI secretion, TssG / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25
類似検索 - ドメイン・相同性
GPW_gp25 domain-containing protein / Type VI secretion system baseplate subunit TssG / Type VI secretion system baseplate subunit TssF / Type VI secretion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Rapisarda C / Fronzes R
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Biogenesis and structure of a type VI secretion baseplate.
著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi ...著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi Fronzes / Eric Durand /
要旨: To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among ...To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among these multiprotein complexes, the type VI secretion system (T6SS) is a contractile nanomachine that targets both prokaryotic and eukaryotic cells. The T6SS comprises two functional subcomplexes: a bacteriophage-related tail structure anchored to the cell envelope by a membrane complex. As in other contractile injection systems, the tail is composed of an inner tube wrapped by a sheath and built on the baseplate. In the T6SS, the baseplate is not only the tail assembly platform, but also docks the tail to the membrane complex and hence serves as an evolutionary adaptor. Here we define the biogenesis pathway and report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the wedge protein complex of the T6SS from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC). Using an integrative approach, we unveil the molecular architecture of the whole T6SS baseplate and its interaction with the tail sheath, offering detailed insights into its biogenesis and function. We discuss architectural and mechanistic similarities but also reveal key differences with the T4 phage and Mu phage baseplates.
履歴
登録2018年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gj1
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0009.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-9.079956 - 16.808065
平均 (標準偏差)-0.00000000000 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 220.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.000220.000220.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-9.08016.808-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type VI secretion system baseplate complex

全体名称: Type VI secretion system baseplate complexType VI secretion system
要素
  • 複合体: Type VI secretion system baseplate complexType VI secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion proteinType VI secretion system
    • タンパク質・ペプチド: TssG
    • タンパク質・ペプチド: TssE

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超分子 #1: Type VI secretion system baseplate complex

超分子名称: Type VI secretion system baseplate complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: Putative type VI secretion protein

分子名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 66.557125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW ...文字列:
MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW SQVDLHRLSL YLAAEAPVSS TLHLMMTKRL AALYLRLPGN DERIRIDGWF SPGGFAEEDR LWPKGDSAFS GY QLLLEYF TFREKFMFVH LNGLENVSLP AGISGFDLEV VLSQPWPADL PVTDDALCLH CVPVINLFTL EADPLIINGL ESE YLLRPK RLQDGYTEIY SVDAVTGSGR TGSAEYVPFT SFRHRGGMLR HDAPERYYHT RVKRGVTGMY DTWLILGGQR WEAD RMPER ETLSLRITGT NGQLPRRALQ STLLDRCEQV LQAPVSVRNL CKPTLPVYPP TEDRFHWRVM SHLGTGFLNM LSSAE VLRG TLALYNWRDD ELNHRRLDAI LAVQHHRIQR FEKGFLLRGL DVEVTLDGNG FAGEGDIHLF GEMLNRFLAL YADMNQ FNQ LTLIVQPEGK CIRWKENHNP RLPG

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分子 #2: TssG

分子名称: TssG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 41.216344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHPVERKSQS APARLITRYR KQLPYINFYR FCQLLEQSQP DQPPIGSGWQ ARQEAVRFCP YPGMGFPASE IKDAVIPEES HLPPIVHVT FMGLYGVTSP LPAHYISDIA QQREGHEAAA DFLDIFSHRL ITQYYRIWRK YSYPATFEAG GQDKTSQYLL G LARLGIPG ...文字列:
MHPVERKSQS APARLITRYR KQLPYINFYR FCQLLEQSQP DQPPIGSGWQ ARQEAVRFCP YPGMGFPASE IKDAVIPEES HLPPIVHVT FMGLYGVTSP LPAHYISDIA QQREGHEAAA DFLDIFSHRL ITQYYRIWRK YSYPATFEAG GQDKTSQYLL G LARLGIPG CAQNIATPVS RFLALLPLML LPGRTAEGLT SLVTLLAPGT QARVWHHDRR RIPLKTPLTM RVHHPVSLKS RP VMGDHAT DVNGQVLLQL STQTGSEVQG WLPGGHLYSD LLALLHVYLG SRLDVRLQLC VERSLLPDAR LSCRPAAGSP QLG RTAVMR TQAKIATSAA RVMTISLGRY QRVQEHYQRK ETQENGDYRW

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分子 #3: TssE

分子名称: TssE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.320783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPRPSLYEIL YGNFTGGLEL NQVGEEEQVI LSVLDNMQRI LNTRAGSLKH LPDYGLPDIT TILQGMPGTA HQLMRVLSDV LLKYEPRIK RVDVTMQEQT QPGELHYVID AELKDAGLVR YGTTFIPEGR VLLRHLKQQR YVQT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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