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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16799 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the NINJ1 filament | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Polymer (重合体) / Membrane protein (膜タンパク質) / Cell death (細胞死) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell adhesion mediator activity / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / membrane destabilizing activity / muscle cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / 再生 (生物学) / プログラム細胞死 / heterotypic cell-cell adhesion / pyroptotic inflammatory response / synaptic membrane ...cell adhesion mediator activity / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / membrane destabilizing activity / muscle cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / 再生 (生物学) / プログラム細胞死 / heterotypic cell-cell adhesion / pyroptotic inflammatory response / synaptic membrane / lipopolysaccharide binding / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / nervous system development / 血管新生 / killing of cells of another organism / 細胞接着 / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Degen MD / Hiller SH / Maier TM | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of NINJ1-mediated plasma membrane rupture in cell death. 著者: Morris Degen / José Carlos Santos / Kristyna Pluhackova / Gonzalo Cebrero / Saray Ramos / Gytis Jankevicius / Ella Hartenian / Undina Guillerm / Stefania A Mari / Bastian Kohl / Daniel J ...著者: Morris Degen / José Carlos Santos / Kristyna Pluhackova / Gonzalo Cebrero / Saray Ramos / Gytis Jankevicius / Ella Hartenian / Undina Guillerm / Stefania A Mari / Bastian Kohl / Daniel J Müller / Paul Schanda / Timm Maier / Camilo Perez / Christian Sieben / Petr Broz / Sebastian Hiller / 要旨: Eukaryotic cells can undergo different forms of programmed cell death, many of which culminate in plasma membrane rupture as the defining terminal event. Plasma membrane rupture was long thought to ...Eukaryotic cells can undergo different forms of programmed cell death, many of which culminate in plasma membrane rupture as the defining terminal event. Plasma membrane rupture was long thought to be driven by osmotic pressure, but it has recently been shown to be in many cases an active process, mediated by the protein ninjurin-1 (NINJ1). Here we resolve the structure of NINJ1 and the mechanism by which it ruptures membranes. Super-resolution microscopy reveals that NINJ1 clusters into structurally diverse assemblies in the membranes of dying cells, in particular large, filamentous assemblies with branched morphology. A cryo-electron microscopy structure of NINJ1 filaments shows a tightly packed fence-like array of transmembrane α-helices. Filament directionality and stability is defined by two amphipathic α-helices that interlink adjacent filament subunits. The NINJ1 filament features a hydrophilic side and a hydrophobic side, and molecular dynamics simulations show that it can stably cap membrane edges. The function of the resulting supramolecular arrangement was validated by site-directed mutagenesis. Our data thus suggest that, during lytic cell death, the extracellular α-helices of NINJ1 insert into the plasma membrane to polymerize NINJ1 monomers into amphipathic filaments that rupture the plasma membrane. The membrane protein NINJ1 is therefore an interactive component of the eukaryotic cell membrane that functions as an in-built breaking point in response to activation of cell death. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16799.map.gz | 97.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16799-v30.xml emd-16799.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16799_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16799.png | 45.4 KB | ||
その他 | emd_16799_half_map_1.map.gz emd_16799_half_map_2.map.gz | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16799 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cqrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16799_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16799_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NINJ1
全体 | 名称: NINJ1 |
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要素 |
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-超分子 #1: NINJ1
超分子 | 名称: NINJ1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Ninjurin-1
分子 | 名称: Ninjurin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 16.369932 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSDSGTEEYE LNGGLPPGTP GSPDASPARW GWRHGPINVN HYASKKSAAE SMLDIALLMA NASQLKAVVE QGPSFAFYVP LVVLISISL VLQIGVGVLL IFLVKYDLNN PAKHAKLDFL NNLATGLVFI IVVVNIFITA FGVQKPLMDM APQQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |