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万見
- EMDB-8157: Electron cryotomogram of a cryosectioned budding yeast S. cerevis... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8157
タイトルElectron cryotomogram of a cryosectioned budding yeast S. cerevisiae cell
マップデータNone
試料
  • 細胞: Saccharomyces cerevisiae cryosection
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Lu G
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2016
タイトル: Budding yeast chromatin is dispersed in a crowded nucleoplasm in vivo.
著者: Chen Chen / Hong Hwa Lim / Jian Shi / Sachiko Tamura / Kazuhiro Maeshima / Uttam Surana / Lu Gan /
要旨: Chromatin organization has an important role in the regulation of eukaryotic systems. Although recent studies have refined the three-dimensional models of chromatin organization with high resolution ...Chromatin organization has an important role in the regulation of eukaryotic systems. Although recent studies have refined the three-dimensional models of chromatin organization with high resolution at the genome sequence level, little is known about how the most fundamental units of chromatin-nucleosomes-are positioned in three dimensions in vivo. Here we use electron cryotomography to study chromatin organization in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae Direct visualization of yeast nuclear densities shows no evidence of 30-nm fibers. Aside from preribosomes and spindle microtubules, few nuclear structures are larger than a tetranucleosome. Yeast chromatin does not form compact structures in interphase or mitosis and is consistent with being in an "open" configuration that is conducive to high levels of transcription. From our study and those of others, we propose that yeast can regulate its transcription using local nucleosome-nucleosome associations.
履歴
登録2016年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月14日-
マップ公開2016年9月14日-
更新2016年11月16日-
現状2016年11月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8157.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.12 Å
密度
最小 - 最大-5209. - 3980.
平均 (標準偏差)200.080829999999992 (±165.495679999999993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-47708
サイズ36164096250
Spacing40963616250
セルA: 37355.52 Å / B: 32977.918 Å / C: 2280.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z9.129.11999944690279.12
M x/y/z40963616250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z37355.52032977.9182280.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ329329329
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0-4778
NC/NR/NS40963616250
D min/max/mean-5209.0003980.000200.081

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae cryosection

全体名称: Saccharomyces cerevisiae cryosection
要素
  • 細胞: Saccharomyces cerevisiae cryosection

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae cryosection

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae cryosection / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: US1375 / 器官: Saccharomyces cerevisiae

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Protochips CF200-Cu / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: NITROGEN
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is HPF Compact 01. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is HPF Compact 01. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica UC7/FC7 / ウルトラミクロトーム - 温度: 123 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 150
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 15.0 µm / 倍率（補正後）: 15678 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 8700
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 62 / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8)
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8) / 使用した粒子像数: 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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