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- EMDB-31839: Cryo-EM structure of Rat NTCP complexed with YN69202Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31839
タイトルCryo-EM structure of Rat NTCP complexed with YN69202Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of NTCP and Fab
    • 複合体: FabFragment antigen-binding
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN69202
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain from antibody IgG clone number YN69202
    • 複合体: NTCPSodium/bile acid cotransporter
      • タンパク質・ペプチド: Sodium/bile acid cotransporter
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Recycling of bile acids and salts / bile acid:sodium symporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / cellular response to xenobiotic stimulus ...: / Recycling of bile acids and salts / bile acid:sodium symporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / cellular response to xenobiotic stimulus / 遺伝子発現の調節 / basolateral plasma membrane / response to ethanol / membrane => GO:0016020 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 10 member 1 / Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/bile acid cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Asami J / Shimizu T / Ohto U
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H03164 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H00976 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the bile acid transporter and HBV receptor NTCP.
著者: Jinta Asami / Kanako Terakado Kimura / Yoko Fujita-Fujiharu / Hanako Ishida / Zhikuan Zhang / Yayoi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Yumi Sato / Masatsugu Ono / Masaki Yamamoto / Takeshi ...著者: Jinta Asami / Kanako Terakado Kimura / Yoko Fujita-Fujiharu / Hanako Ishida / Zhikuan Zhang / Yayoi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Yumi Sato / Masatsugu Ono / Masaki Yamamoto / Takeshi Noda / Hideki Shigematsu / David Drew / So Iwata / Toshiyuki Shimizu / Norimichi Nomura / Umeharu Ohto /
要旨: Chronic infection with hepatitis B virus (HBV) affects more than 290 million people worldwide, is a major cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma, and results in an estimated 820,000 deaths ...Chronic infection with hepatitis B virus (HBV) affects more than 290 million people worldwide, is a major cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma, and results in an estimated 820,000 deaths annually. For HBV infection to be established, a molecular interaction is required between the large glycoproteins of the virus envelope (known as LHBs) and the host entry receptor sodium taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP), a sodium-dependent bile acid transporter from the blood to hepatocytes. However, the molecular basis for the virus-transporter interaction is poorly understood. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human, bovine and rat NTCPs in the apo state, which reveal the presence of a tunnel across the membrane and a possible transport route for the substrate. Moreover, the cryo-electron microscopy structure of human NTCP in the presence of the myristoylated preS1 domain of LHBs, together with mutation and transport assays, suggest a binding mode in which preS1 and the substrate compete for the extracellular opening of the tunnel in NTCP. Our preS1 domain interaction analysis enables a mechanistic interpretation of naturally occurring HBV-insusceptible mutations in human NTCP. Together, our findings provide a structural framework for HBV recognition and a mechanistic understanding of sodium-dependent bile acid translocation by mammalian NTCPs.
履歴
登録2021年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年7月13日-
現状2022年7月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31839.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.06858949 - 0.11300365
平均 (標準偏差)1.8637309e-05 (±0.0023798638)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of NTCP and Fab

全体名称: Complex of NTCP and Fab
要素
  • 複合体: Complex of NTCP and Fab
    • 複合体: FabFragment antigen-binding
      • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN69202
      • タンパク質・ペプチド: Fab light chain from antibody IgG clone number YN69202
    • 複合体: NTCPSodium/bile acid cotransporter
      • タンパク質・ペプチド: Sodium/bile acid cotransporter

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超分子 #1: Complex of NTCP and Fab

超分子名称: Complex of NTCP and Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #2: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #3: NTCP

超分子名称: NTCP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

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分子 #1: Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN69202

分子名称: Fab heavy chain from antibody IgG clone number YN69202
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.574695 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYTFT SYIIHWVKQK PGQGLEWIGY INPYNDGTKY NEKFKGKGTL TSDKSSSTAY MELSSLTSE DSAVYYCARS YYDGIPHYFD YWGQGTTLTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPESVT V TWNSGSLS ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYTFT SYIIHWVKQK PGQGLEWIGY INPYNDGTKY NEKFKGKGTL TSDKSSSTAY MELSSLTSE DSAVYYCARS YYDGIPHYFD YWGQGTTLTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPESVT V TWNSGSLS SSVHTFPALL QSGLYTMSSS VTVPSSTWPS QTVTCSVAHP ASSTTVDKKL EPSGPISTIN PCPPCKECHK CP APNLEGG PS

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分子 #2: Fab light chain from antibody IgG clone number YN69202

分子名称: Fab light chain from antibody IgG clone number YN69202
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.32399 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMTQSPSS LAVSAGEKVT MSCKSSQSLF NSRTRRNYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVQAEDL AVYYCKQSYY LLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW ...文字列:
DIVMTQSPSS LAVSAGEKVT MSCKSSQSLF NSRTRRNYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVQAEDL AVYYCKQSYY LLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW TDQDSKDSTY SMSSTLTLTK DEYERHNSYT CEATHKTSTS PIVKSFNRNE C

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分子 #3: Sodium/bile acid cotransporter

分子名称: Sodium/bile acid cotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 38.03752 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEVHNVSAPF NFSLPPGFGH RATDKALSII LVLMLLLIML SLGCTMEFSK IKAHLWKPKG VIVALVAQFG IMPLAAFLLG KIFHLSNIE ALAILICGCS PGGNLSNLFT LAMKGDMNLS IVMTTCSSFS ALGMMPLLLY VYSKGIYDGD LKDKVPYKGI M ISLVIVLI ...文字列:
MEVHNVSAPF NFSLPPGFGH RATDKALSII LVLMLLLIML SLGCTMEFSK IKAHLWKPKG VIVALVAQFG IMPLAAFLLG KIFHLSNIE ALAILICGCS PGGNLSNLFT LAMKGDMNLS IVMTTCSSFS ALGMMPLLLY VYSKGIYDGD LKDKVPYKGI M ISLVIVLI PCTIGIVLKS KRPHYVPYIL KGGMIITFLL SVAVTALSVI NVGNSIMFVM TPHLLATSSL MPFSGFLMGY IL SALFQLN PSCRRTISME TGFANIQLCS TILNVTFPPE VIGPLFFFPL LYMIFQLAEG LLIIIIFRCY EKIKPPKDQT KIT ENLYFQ GDYKDDDDKH HHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 0.15 M NaCl, and 0.01% GDN
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142734

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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