EMDB-28742: 1.42 Angstrom Apoferritin structure determined using G1 Titan kri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-28742

タイトル

1.42 Angstrom Apoferritin structure determined using G1 Titan krios S-FEG operated at 300kV, zero loss imaging using Gatan BioQuantum energy filter operated at 10eV slit width and imaged using K2 camera.

マップデータ

Sharpened map

試料

複合体: Apoferritinフェリチン

キーワード

Apoferritin (フェリチン) / METAL BINDING PROTEIN

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

VENUGOPAL H / RAMM G

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apoferritin structure from G1 Titan krios S-FEG system operated at 300kV, zero loss imaging using BioQuantum energy filter operated at 10eV slit width and imaged using K2 camera.
著者: Venugopal H / Ramm G

履歴

登録	2022年10月31日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年11月23日	-
マップ公開	2022年11月23日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_28742.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_28742.map.gz	168.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-28742-v30.xml emd-28742.xml	16.4 KB 16.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_28742_fsc.xml	11.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_28742.png	75.9 KB
マスクデータ	emd_28742_msk_1.map emd_28742_msk_2.map	178 MB 178 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-28742.cif.gz	4.4 KB
その他	emd_28742_additional_1.map.gz emd_28742_half_map_1.map.gz emd_28742_half_map_2.map.gz	89.6 MB 164.8 MB 164.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28742 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28742	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_28742.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Sharpened map

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.65 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.5
最小 - 最大	-1.6731958 - 4.391198
平均 (標準偏差)	0.0021769856 (±0.12742297)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_28742_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイル

emd_28742_msk_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Raw map

ファイル

emd_28742_additional_1.map

注釈

Raw map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイル

emd_28742_half_map_1.map

注釈

half map 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイル

emd_28742_half_map_2.map

注釈

half map 2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Apoferritin

全体	名称: Apoferritinフェリチン
要素	複合体: Apoferritinフェリチン

-
超分子 #1: Apoferritin

超分子	名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量	理論値: 480 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	2 mg/mL
緩衝液	pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl
グリッド	モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3241 / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択	選択した数: 276084
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: generated using ab-initio reconstruction routine in cryoSPARC
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終再構成	想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 276084
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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