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万見
- EMDB-16430: Hantaan virus polymerase in replication elongation state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16430
タイトルHantaan virus polymerase in replication elongation state
マップデータHantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation state Local resolution filtered map
試料
  • 複合体: Hantaan virus polymerase in replication elongation state
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*UP*AP*CP*UP*A)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードPolymerase (ポリメラーゼ) / replication (DNA複製) / bunyavirus (ブニヤウイルス目) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / キャップスナッチング / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / RNA依存性RNAポリメラーゼ / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Durieux trouilleton Q / Arragain B / Malet H
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of active Hantaan virus polymerase uncover the mechanisms of Hantaviridae genome replication.
著者: Quentin Durieux Trouilleton / Sergio Barata-García / Benoît Arragain / Juan Reguera / Hélène Malet /
要旨: Hantaviruses are causing life-threatening zoonotic infections in humans. Their tripartite negative-stranded RNA genome is replicated by the multi-functional viral RNA-dependent RNA-polymerase. Here ...Hantaviruses are causing life-threatening zoonotic infections in humans. Their tripartite negative-stranded RNA genome is replicated by the multi-functional viral RNA-dependent RNA-polymerase. Here we describe the structure of the Hantaan virus polymerase core and establish conditions for in vitro replication activity. The apo structure adopts an inactive conformation that involves substantial folding rearrangement of polymerase motifs. Binding of the 5' viral RNA promoter triggers Hantaan virus polymerase reorganization and activation. It induces the recruitment of the 3' viral RNA towards the polymerase active site for prime-and-realign initiation. The elongation structure reveals the formation of a template/product duplex in the active site cavity concomitant with polymerase core widening and the opening of a 3' viral RNA secondary binding site. Altogether, these elements reveal the molecular specificities of Hantaviridae polymerase structure and uncover the mechanisms underlying replication. They provide a solid framework for future development of antivirals against this group of emerging pathogens.
履歴
登録2023年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16430.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation state Local resolution filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 260 pix.
= 286. Å		1.1 Å/pix.
x 260 pix.
= 286. Å		1.1 Å/pix.
x 260 pix.
= 286. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0271
最小 - 最大-0.18631348 - 0.28077945
平均 (標準偏差)0.00006250061 (±0.0049033165)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 286.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Hantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation...

ファイルemd_16430_additional_1.map
注釈Hantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation state Post-processed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation...

ファイルemd_16430_half_map_1.map
注釈Hantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation state Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation...

ファイルemd_16430_half_map_2.map
注釈Hantaan virus polymerase cryo-EM map in replication elongation state Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hantaan virus polymerase in replication elongation state

全体名称: Hantaan virus polymerase in replication elongation state
要素
  • 複合体: Hantaan virus polymerase in replication elongation state
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*UP*AP*CP*UP*A)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Hantaan virus polymerase in replication elongation state

超分子名称: Hantaan virus polymerase in replication elongation state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス) / 株: 76-118
分子量理論値: 246 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス) / 株: 76-118
分子量理論値: 249.432484 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDKYREIH NKLKEFSPGT LTAVECIDYL DRLYAVRHDI VDQMIKHDWS DNKDSEEAIG KVLLFAGVP SNIITALEKK IIPNHPTGKS LKAFFKMTPA NYKISGTTIE FVEVTVTADV DKGIREKKLK YEAGLTYIEQ E LHKFFLKG ...文字列:
MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDKYREIH NKLKEFSPGT LTAVECIDYL DRLYAVRHDI VDQMIKHDWS DNKDSEEAIG KVLLFAGVP SNIITALEKK IIPNHPTGKS LKAFFKMTPA NYKISGTTIE FVEVTVTADV DKGIREKKLK YEAGLTYIEQ E LHKFFLKG EIPQPYKITF NVVAVRTDGS NITTQWPSRR NDGVVQYMRL VQAEISYVRE HLIKTEERAA LEAMFNLKFN IS THKSQPY YIPDYKGMEP IGANIEDLVD YSKDWLSRAR NFSFFEVKGT AVFECFNSNE ANHCQRYPMS RKPRNFLLIQ CSL ITSYKP ATTLSDQIDS RRACSYILNL IPDTPASYLI HDMAYRYINL TREDMINYYA PRIQFKQTQN VREPGTFKLT SSML RAESK AMLDLLNNHK SGEKHGAQIE SLNIASHIVQ SESVSLITKI LSDLELNITE PSTQEYSTTK HTYVDTVLDK FFQNE TQKY LIDVLKKTTA WHIGHLIRDI TESLIAHSGL KRSKYWSLHS YNNGNVILFI LPSKSLEVAG SFIRFITVFR IGPGLV DKD NLDTILIDGD SQWGVSKVMS IDLNRLLALN IAFEKALIAT ATWFQYYTED QGQFPLQYAI RSVFANHFLL AICQKMK LC AIFDNLRYLI PAVTSLYSGF PSLIEKLFER PFKSSLEVYI YYNIKSLLVA LAQNNKARFY SKVKLLGLTV DQSTVGAS G VYPSFMSRIV YKHYRSLISE VTTCFFLFEK GLHGNMNEEA KIHLETVEWA LKFREKEEKY GESLVENGYM MWELRANAE LAEQQLYCQD AIELAAIELN KVLATKSSVV ANSILSKNWE EPYFSQTRNI SLKGMSGQVQ EDGHLSSSVT IIEAIRYLSN SRHNPSLLK LYEETREQKA MARIVRKYQR TEADRGFFIT TLPTRCRLEI IEDYYDAIAK NISEEYISYG GEKKILAIQG A LEKALRWA SGESFIELSN HKFIRMKRKL MYVSADATKW SPGDNSAKFR RFTSMLHNGL PNNKLKNCVI DALKQVYKTD FF MSRKLRN YIDSMESLDP HIKQFLDFFP DGHHGEVKGN WLQGNLNKCS SLFGVAMSLL FKQVWTNLFP ELDCFFEFAH HSD DALFIY GYLEPVDDGT DWFLFVSQQI QAGHLHWFSV NTEMWKSMFN LHEHILLLGS IKISPKKTTV SPTNAEFLST FFEG CAVSI PFVKILLGSL SDLPGLGYFD DLAAAQSRCV KALDLGASPQ VAQLAVALCT SKVERLYGTA PGMVNHPAAY LQVKH TDTP IPLGGNGAMS IMELATAGIG MSDKNLLKRA LLGYSHKRQK SMLYILGLFK FLMKLSDETF QHERLGQFSF IGKVQW KIF TPKSEFEFAD MYTSKFLELW SSQHVTYDYI IPKGRDNLLI YLVRKLNDPS IVTAMTMQSP LQLRFRMQAK QHMKVCR LD GEWVTFREVL AAANSFAENY SATSQDMDLF QTLTSCTFSK EYAWKDFLNG IHCDVIPTKQ VQRAKVARTF TVREKDQI I QNSIPAVIGY KFAVTVEEMS DVLDTAKFPD SLSVDLKTMK DGVYRELGLD ISLPDVMKRI APMLYKSSKS RVVIVQGNV EGTAEAICRY WLKSMSLVKT IRVKPHKEVL QAVSIFNRKE DIGQQKDLAA LKLCIEVWRW CKANSAPYRD WFQALWFEDK TFSEWLDRF CRVGVPPIDP EIQCAALMIA DIKGDYSVLQ LQANRRAYSG KQYDAYCVQT YNEVTKLYEG DLRVTFNFGL D CARLEIFW DKKAYILETS ITQKHVLKIM MDEVSKELIK CGMRFNTEQV QGVRHMVLFK TESGFEWGKP NIPCIVYKNC VL RTSLRTT QAINHKFMIT IKDDGLRAIA QHDEDSPRFL LAHAFHTIRD IRYQAVDAVS NVWFIHKGVK LYLNPIISSG LLE NFMKNL PAAIPPAAYS LIMNRAKISV DLFMFNDLLK LINPRNTLDL SGLETTGDEF STVSSMSSRL WSEEMSLVDD DEEL DDEFT IDLQDVDFEN IDIEADIEHF LQDESSYTGD LLISTEETES KKMRGIVKIL EPVRLIKSWV SRGLSIEKVY SPVNI ILMS RYISKTFNLS TKQVSLLDPY DLTELESIVR GWGECVIDQF ESLDREAQNM VVNKGICPED VIPDSLFSFR HTMVLL RRL FPQDSISSFY

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分子 #2: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP...

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*GP*AP*GP*UP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
分子量理論値: 6.429919 KDa
配列文字列:
UAGGAGUAUC CACCGCAAGA

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分子 #3: RNA (5'-R(P*AP*CP*UP*AP*CP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*CP*UP*AP*CP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 3
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
分子量理論値: 7.851604 KDa
配列文字列:
CUUUCUUUUG CGGAGUCUAC UACUA

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分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
分子量理論値: 8.092932 KDa
配列文字列:
UAGUAGUAGA CUCCGCAAAA GAAAG

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
250.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
5.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 倍率（補正後）: 45454 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3785 / 平均露光時間: 5.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1063763
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: Non homogeneous refinement
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 55000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: 3D classification
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: 3D auto-refine
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 159681
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 34.7
得られたモデル

PDB-8c4v:
Hantaan virus polymerase in replication elongation state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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