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- EMDB-15831: CryoEM structure of the pointy tip (proteins pIII/pVI/pVIII) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15831
タイトルCryoEM structure of the pointy tip (proteins pIII/pVI/pVIII) from the f1 filamentous bacteriophage
マップデータ
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage f1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein G8Pカプシド
    • タンパク質・ペプチド: Head virion protein G6P
    • タンパク質・ペプチド: Attachment protein G3P
機能・相同性
機能・相同性情報


: / viral extrusion / virion attachment to host cell pilus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / helical viral capsid / host cell membrane / virion component / カプシド / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5455 / Family of unknown function (DUF5455) / Bacteriophage, G3P, N2-domain superfamily / Attachment protein G3P, N-terminal / Attachment protein G3P, N-terminal domain superfamily / Phage Coat Protein A / Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P
類似検索 - ドメイン・相同性
Attachment protein G3P / Head virion protein G6P / Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage f1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Conners R / McLaren M / Gold VAM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust210363/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron microscopy of the f1 filamentous phage reveals insights into viral infection and assembly.
著者: Rebecca Conners / Rayén Ignacia León-Quezada / Mathew McLaren / Nicholas J Bennett / Bertram Daum / Jasna Rakonjac / Vicki A M Gold /
要旨: Phages are viruses that infect bacteria and dominate every ecosystem on our planet. As well as impacting microbial ecology, physiology and evolution, phages are exploited as tools in molecular ...Phages are viruses that infect bacteria and dominate every ecosystem on our planet. As well as impacting microbial ecology, physiology and evolution, phages are exploited as tools in molecular biology and biotechnology. This is particularly true for the Ff (f1, fd or M13) phages, which represent a widely distributed group of filamentous viruses. Over nearly five decades, Ffs have seen an extraordinary range of applications, yet the complete structure of the phage capsid and consequently the mechanisms of infection and assembly remain largely mysterious. In this work, we use cryo-electron microscopy and a highly efficient system for production of short Ff-derived nanorods to determine a structure of a filamentous virus including the tips. We show that structure combined with mutagenesis can identify phage domains that are important in bacterial attack and for release of new progeny, allowing new models to be proposed for the phage lifecycle.
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.861 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.861 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.861 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1012 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.222
最小 - 最大-0.22791488 - 0.8886775
平均 (標準偏差)-2.9006906e-05 (±0.020483384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 422.86078 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15831_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15831_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterobacteria phage f1

全体名称: Enterobacteria phage f1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage f1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein G8Pカプシド
    • タンパク質・ペプチド: Head virion protein G6P
    • タンパク質・ペプチド: Attachment protein G3P

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超分子 #1: Enterobacteria phage f1

超分子名称: Enterobacteria phage f1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10863 / 生物種: Enterobacteria phage f1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: F+ strains

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分子 #1: Capsid protein G8P

分子名称: Capsid protein G8P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 35 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage f1 (ファージ)
分子量理論値: 5.212021 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AEGDDPAKAA FDSLQASATE MIGYAWAMVV VIVGATIGIK LFKKFTSKAS

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分子 #2: Head virion protein G6P

分子名称: Head virion protein G6P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage f1 (ファージ)
分子量理論値: 12.357984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPVLLGIPLL LRFLGFLLVT LFGYLLTFLK KGFGKIAIAI SLFLALIIGL NSILVGYLSD ISAQLPSDFV QGVQLILPSN ALPCFYVIL SVKAAIFIFD VKQKIVSYLD WDK

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分子 #3: Attachment protein G3P

分子名称: Attachment protein G3P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage f1 (ファージ)
分子量理論値: 42.573766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AETVESCLAK PHTENSFTNV WKDDKTLDRY ANYEGCLWNA TGVVVCTGDE TQCYGTWVPI GLAIPENEGG GSEGGGSEGG GSEGGGTKP PEYGDTPIPG YTYINPLDGT YPPGTEQNPA NPNPSLEESQ PLNTFMFQNN RFRNRQGALT VYTGTVTQGT D PVKTYYQY ...文字列:
AETVESCLAK PHTENSFTNV WKDDKTLDRY ANYEGCLWNA TGVVVCTGDE TQCYGTWVPI GLAIPENEGG GSEGGGSEGG GSEGGGTKP PEYGDTPIPG YTYINPLDGT YPPGTEQNPA NPNPSLEESQ PLNTFMFQNN RFRNRQGALT VYTGTVTQGT D PVKTYYQY TPVSSKAMYD AYWNGKFRDC AFHSGFNEDP FVCEYQGQSS DLPQPPVNAG GGSGGGSGGG SEGGGSEGGG SE GGGSEGG GSGGGSGSGD FDYEKMANAN KGAMTENADE NALQSDAKGK LDSVATDYGA AIDGFIGDVS GLANGNGATG DFA GSNSQM AQVGDGDNSP LMNNFRQYLP SLPQSVECRP FVFGAGKPYE FSIDCDKINL FRGVFAFLLY VATFMYVFST FANI LRNKE S

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Wait time 5 sec., drain time 0 sec., blot force 0, blot time 4 sec..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 86242
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8b3o:
CryoEM structure of the pointy tip (proteins pIII/pVI/pVIII) from the f1 filamentous bacteriophage

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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