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万見
- EMDB-15715: Mouse heavy chain apoferritin in plunge-frozen vitreous ice -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15715
タイトルMouse heavy chain apoferritin in plunge-frozen vitreous ice
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse heavy-chain apoferritin
キーワードGlobular (球状星団) / storage / ferritin (フェリチン) / METAL BINDING PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Bongiovanni G / Harder OF / Voss JM / Drabbels M / Lorenz UJ
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Near-atomic resolution reconstructions from in situ revitrified cryo samples.
著者: Gabriele Bongiovanni / Oliver F Harder / Jonathan M Voss / Marcel Drabbels / Ulrich J Lorenz /
要旨: A microsecond time-resolved version of cryo-electron microscopy (cryo-EM) has recently been introduced to enable observation of the fast conformational motions of proteins. The technique involves ...A microsecond time-resolved version of cryo-electron microscopy (cryo-EM) has recently been introduced to enable observation of the fast conformational motions of proteins. The technique involves locally melting a cryo sample with a laser beam to allow the proteins to undergo dynamics in the liquid phase. When the laser is switched off, the sample cools within just a few microseconds and revitrifies, trapping particles in their transient configurations, in which they can subsequently be imaged. Two alternative implementations of the technique have previously been described, using either an optical microscope or performing revitrification experiments in situ. Here, it is shown that it is possible to obtain near-atomic resolution reconstructions from in situ revitrified cryo samples. Moreover, the resulting map is indistinguishable from that obtained from a conventional sample within the spatial resolution. Interestingly, it is observed that revitrification leads to a more homogeneous angular distribution of the particles, suggesting that revitrification may potentially be used to overcome issues of preferred particle orientation.
履歴
登録2022年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15715.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.46 Å/pix.
x 560 pix.
= 254.8 Å		0.46 Å/pix.
x 560 pix.
= 254.8 Å		0.46 Å/pix.
x 560 pix.
= 254.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.455 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.077
最小 - 最大-0.47373646 - 1.0337096
平均 (標準偏差)0.0000425851 (±0.029461728)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 254.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15715_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15715_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse heavy-chain apoferritin

全体名称: Mouse heavy-chain apoferritin
要素
  • 複合体: Mouse heavy-chain apoferritin

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超分子 #1: Mouse heavy-chain apoferritin

超分子名称: Mouse heavy-chain apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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