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- EMDB-14405: Subtomogram average of S. pombe 80S ribosomes close to mitochondr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14405
タイトルSubtomogram average of S. pombe 80S ribosomes close to mitochondria from tomograms acquired with a Volta potential phase plate on cryo-FIB-lamellae
マップデータSubtomogram average of 80S ribosomes close to mitochondria from tomograms acquired with a Volta potential phase plate on cryo-FIB-lamellae of S. pombe
試料
  • 複合体: 80S ribosome close to mitochondria in S. pombe cells
キーワード80S ribosome / mitochondria (ミトコンドリア) / RIBOSOME (リボソーム)
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å
データ登録者Mahamid J / Goetz SK
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067European Union
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023
タイトル: Convolutional networks for supervised mining of molecular patterns within cellular context.
著者: Irene de Teresa-Trueba / Sara K Goetz / Alexander Mattausch / Frosina Stojanovska / Christian E Zimmerli / Mauricio Toro-Nahuelpan / Dorothy W C Cheng / Fergus Tollervey / Constantin Pape / ...著者: Irene de Teresa-Trueba / Sara K Goetz / Alexander Mattausch / Frosina Stojanovska / Christian E Zimmerli / Mauricio Toro-Nahuelpan / Dorothy W C Cheng / Fergus Tollervey / Constantin Pape / Martin Beck / Alba Diz-Muñoz / Anna Kreshuk / Julia Mahamid / Judith B Zaugg /
要旨: Cryo-electron tomograms capture a wealth of structural information on the molecular constituents of cells and tissues. We present DeePiCt (deep picker in context), an open-source deep-learning ...Cryo-electron tomograms capture a wealth of structural information on the molecular constituents of cells and tissues. We present DeePiCt (deep picker in context), an open-source deep-learning framework for supervised segmentation and macromolecular complex localization in cryo-electron tomography. To train and benchmark DeePiCt on experimental data, we comprehensively annotated 20 tomograms of Schizosaccharomyces pombe for ribosomes, fatty acid synthases, membranes, nuclear pore complexes, organelles, and cytosol. By comparing DeePiCt to state-of-the-art approaches on this dataset, we show its unique ability to identify low-abundance and low-density complexes. We use DeePiCt to study compositionally distinct subpopulations of cellular ribosomes, with emphasis on their contextual association with mitochondria and the endoplasmic reticulum. Finally, applying pre-trained networks to a HeLa cell tomogram demonstrates that DeePiCt achieves high-quality predictions in unseen datasets from different biological species in a matter of minutes. The comprehensively annotated experimental data and pre-trained networks are provided for immediate use by the community.
履歴
登録2022年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14405.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of 80S ribosomes close to mitochondria from tomograms acquired with a Volta potential phase plate on cryo-FIB-lamellae of S. pombe
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.37 Å/pix.
x 140 pix.
= 471.828 Å		3.37 Å/pix.
x 140 pix.
= 471.828 Å		3.37 Å/pix.
x 140 pix.
= 471.828 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3702 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.49115744 - 0.67562616
平均 (標準偏差)0.014563123 (±0.07767046)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 471.828 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 80S ribosome close to mitochondria in S. pombe cells

全体名称: 80S ribosome close to mitochondria in S. pombe cells
要素
  • 複合体: 80S ribosome close to mitochondria in S. pombe cells

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超分子 #1: 80S ribosome close to mitochondria in S. pombe cells

超分子名称: 80S ribosome close to mitochondria in S. pombe cells
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 細胞中の位置: cytoplasm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 499 / ソフトウェア - 名称: Warp
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 168
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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