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- EMDB-0732: Cryo electron tomogram of cryo-lamella of rat skeleton muscle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0732
タイトルCryo electron tomogram of cryo-lamella of rat skeleton muscle
マップデータ
試料
  • 組織: cryo-lamella of rat skeleton muscle
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法
データ登録者Zhang J / Zhang D / Sun L / Sun F
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31830020 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0504702 中国
引用
ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen hydrated lamellae from tissue specimens for in situ cryo-electron tomography.
著者: Jianguo Zhang / Danyang Zhang / Lei Sun / Gang Ji / Xiaojun Huang / Tongxin Niu / Jiashu Xu / Chengying Ma / Yun Zhu / Ning Gao / Wei Xu / Fei Sun /
要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) provides a promising approach to study intact structures of macromolecules in situ, but the efficient preparation of high-quality cryosections represents a ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) provides a promising approach to study intact structures of macromolecules in situ, but the efficient preparation of high-quality cryosections represents a bottleneck. Although cryo-focused ion beam (cryo-FIB) milling has emerged for large and flat cryo-lamella preparation, its application to tissue specimens remains challenging. Here, we report an integrated workflow, VHUT-cryo-FIB, for efficiently preparing frozen hydrated tissue lamella that can be readily used in subsequent cryo-ET studies. The workflow includes vibratome slicing, high-pressure freezing, ultramicrotome cryo-trimming and cryo-FIB milling. Two strategies were developed for loading cryo-lamella via a side-entry cryo-holder or an FEI AutoGrid. The workflow was validated by using various tissue specimens, including rat skeletal muscle, rat liver and spinach leaf specimens, and in situ structures of ribosomes were obtained at nanometer resolution from the spinach and liver samples.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen-hydrated lamella 1of tissue specimen for in situcryo-electron tomography
著者: Zhang J / Zhang D / Sun L / Ji G / Huang X / Niu T / Sun F
履歴
登録2019年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月12日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2021年7月21日-
現状2021年7月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_0732.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0732.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 700 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 26.1 Å
密度
最小 - 最大-3.3304439 - 2.5546393
平均 (標準偏差)-0.054471496 (±0.4088539)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin512512-250
サイズ10241024175
Spacing10241024175
セルA: 26726.4 Å / B: 26726.4 Å / C: 4567.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z26.126.126.1
M x/y/z10241024175
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z26726.40026726.4004567.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS512512-250
NC/NR/NS10241024175
D min/max/mean-3.3302.555-0.054

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cryo-lamella of rat skeleton muscle

全体名称: cryo-lamella of rat skeleton muscle
要素
  • 組織: cryo-lamella of rat skeleton muscle

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超分子 #1: cryo-lamella of rat skeleton muscle

超分子名称: cryo-lamella of rat skeleton muscle / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: skeleton muscle

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実験情報

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構造解析

解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: phosphate buffered saline (PBS)
詳細Mice were sacrificed and muscle was removed and cut into small bulks with a razor blade. Then a bulk of muscle was fixed on the specimen holder of VT1200S vibrating blade microtome for slicing. The thickness of each slice was set to 80-100 um. The generated muscle slice was cut into appropriate size for high pressure freezing.
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: Muscle tissue slice was put in the recess of the carrier and cryoprotectant 1-hexadecene was added to fill the surrounding area. Then a sapphire disk was loaded on top of the carrier before ...詳細: Muscle tissue slice was put in the recess of the carrier and cryoprotectant 1-hexadecene was added to fill the surrounding area. Then a sapphire disk was loaded on top of the carrier before the whole composed sandwich was frozen.. The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is HPF COMPACT 01. This is not in a list of allowed values {'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant1-hexadecene
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.08 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 200 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 20 nm
集束イオンビーム - 詳細: Then the carrier was transfer with the cryo-transfer shuttle17 into the SEM chamber by using Quorum PP3000T cryotransfer system under -180 degree. To improve sample ...集束イオンビーム - 詳細: Then the carrier was transfer with the cryo-transfer shuttle17 into the SEM chamber by using Quorum PP3000T cryotransfer system under -180 degree. To improve sample conductivity and reduce curtaining artifacts, the samples were deposited with organometallic platinum using the in situ gas injection system (GIS) operated at 5 seconds gas injection time before milling. During the cryo-FIB milling process, the milling angle is nearly in parallel with the carrier, and the milling was performed parallel from both sides of the sample platform to produce lamella. Rough milling is produced with the accelerating voltage of the ion beam at 30 kV, and current at 0.79 nA-0.43 nA. The initial milling width is about 20 um and depth is about 20 um. To facilitate tomography data collection, ice at the notch above lamella was removed to get a trapezoid-shaped milling pattern. After rough milling, one side of the lamella is jagged from the main platform. When the thickness of lamella reaches about 1 um the ion current is reduced to 0.23 nA or 80 pA until thickness finally reaching 150 to 250 nm.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Helios NanoLab 600i. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 8.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 13500
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 82 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア - 名称: ICON (ver. 1.2.9)
詳細: ICON version 1.2.9 was used for the final reconstruction and the reconstruction algorithm is iterative compressed-sensing optimized NUFFT.
使用した粒子像数: 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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