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- EMDB-7340: Conformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7340
タイトルConformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination (PTC region)
マップデータConformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination
試料
  • 複合体: nonstop ribosomal complex with ArfA/RF2
    • 複合体: 50S subunitProkaryotic large ribosomal subunit
      • 細胞器官・細胞要素: 23S rRNA23SリボソームRNA
        • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L2
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L3
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L16
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L27
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • 細胞器官・細胞要素: P-site tRNA fMet
      • RNA: P-site tRNA fMet
    • 細胞器官・細胞要素: Peptide chain release factor 2
      • タンパク質・ペプチド: Peptide chain release factor RF2
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / ribosome binding ...translation release factor activity, codon specific / positive regulation of ribosome biogenesis / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / ribosome binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site ...Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / : / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 signature. / Translation protein SH3-like domain superfamily / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide chain release factor RF2 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zeng F / Jin H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM120552 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during Translation Termination.
著者: Fuxing Zeng / Hong Jin /
要旨: The universally conserved Gly-Gly-Gln (GGQ) tripeptide in release factors or release factor-like surveillance proteins is required to catalyze the release of nascent peptide in the ribosome. The ...The universally conserved Gly-Gly-Gln (GGQ) tripeptide in release factors or release factor-like surveillance proteins is required to catalyze the release of nascent peptide in the ribosome. The glutamine of the GGQ is methylated post-translationally at the N position in vivo; this covalent modification is essential for optimal cell growth and efficient translation termination. However, the precise conformation of the methylated-GGQ tripeptide in the ribosome remains unknown. Using cryoEM and X-ray crystallography, we report the conformation of methylated-GGQ in the peptidyl transferase center of the ribosome during canonical translational termination and co-translation quality control. It has been suggested that the GGQ motif arose independently through convergent evolution among otherwise unrelated proteins that catalyze peptide release. The requirement for this tripeptide in the highly conserved peptidyl transferase center suggests that the conformation reported here is likely shared during termination of protein synthesis in all domains of life.
履歴
登録2018年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月21日-
マップ公開2018年2月21日-
更新2020年1月8日-
現状2020年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-6c4h
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  • 原子モデルPDB-6c4h
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7340.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Conformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.2639116 - 0.39169636
平均 (標準偏差)0.0000735994 (±0.011791689)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 460.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21.21.2
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.800460.800460.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.2640.3920.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : nonstop ribosomal complex with ArfA/RF2

全体名称: nonstop ribosomal complex with ArfA/RF2
要素
  • 複合体: nonstop ribosomal complex with ArfA/RF2
    • 複合体: 50S subunitProkaryotic large ribosomal subunit
      • 細胞器官・細胞要素: 23S rRNA23SリボソームRNA
        • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L2
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L3
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L16
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal protein L27
        • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • 細胞器官・細胞要素: P-site tRNA fMet
      • RNA: P-site tRNA fMet
    • 細胞器官・細胞要素: Peptide chain release factor 2
      • タンパク質・ペプチド: Peptide chain release factor RF2
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: nonstop ribosomal complex with ArfA/RF2

超分子名称: nonstop ribosomal complex with ArfA/RF2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: nonstop termination complex with 70S, ArfA, RF2, tRNA and nonstop mRNA

+
超分子 #2: 50S subunit

超分子名称: 50S subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: P-site tRNA fMet

超分子名称: P-site tRNA fMet / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: Peptide chain release factor 2

超分子名称: Peptide chain release factor 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #5: 23S rRNA

超分子名称: 23S rRNA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 5 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #6: 50S ribosomal protein L2

超分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 6 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #7: 50S ribosomal protein L3

超分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 7 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #8: 50S ribosomal protein L16

超分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 8 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #9: 50S ribosomal protein L27

超分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 9 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 941.818625 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MU)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUCAACC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUG GGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCAC UG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUU G GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG G GGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AA AUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAU CAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACAC(6MZ)GG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA G CUGAAAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AU ACGGUGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCG GUAAACGGCG GCCG(PSU)AAC(3TD)A (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CGGGUAAGUU CCGA C(5MC)UGC ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUGAAGAUG C AGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(G7M)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGAUGUG U AGGAUAGGUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUUUGAU GUUCUAACGU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCCU CCUAAA GAG UAACGGAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUUGACU GC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUCAACG G AUAAAAGGUA CUCCG(2MG)GGAU AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU CGACGGCGGU GUUUGGCA (OMC) CUCG(2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUCGC CAU UUAAAG UGGUACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAGU(PSU)CG GUCCCUAUCU GCCGUGGGCG CUGGAG AAC UGAGGGGGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCCAA UGGCACU GC CCGGUAGCUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG AGAUGAGUUC UCCCUGAC C CUUUAAGGGU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CAGCGAUGCG UUGAGCUAA CCGGUACUAA UGAACCGUGA GGCUUAACCU U

+
分子 #6: P-site tRNA fMet

分子名称: P-site tRNA fMet / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.786785 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA

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分子 #2: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.923619 KDa
配列文字列: MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD ...文字列:
MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.277535 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.312269 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV RMGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.14654 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

+
分子 #7: Peptide chain release factor RF2

分子名称: Peptide chain release factor RF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 43.384945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AHHHHHHSAA LEVLFQGPGM FEINPVNNRI QDLTERSDVL RGYLDYDAKK ERLEEVNAEL EQPDVWNEPE RAQALGKERS SLEAVVDTL DQMKQGLEDV SGLLELAVEA DDEETFNEAV AELDALEEKL AQLEFRRMFS GEYDSADCYL DIQAGSGGTE A QDWASMLE ...文字列:
AHHHHHHSAA LEVLFQGPGM FEINPVNNRI QDLTERSDVL RGYLDYDAKK ERLEEVNAEL EQPDVWNEPE RAQALGKERS SLEAVVDTL DQMKQGLEDV SGLLELAVEA DDEETFNEAV AELDALEEKL AQLEFRRMFS GEYDSADCYL DIQAGSGGTE A QDWASMLE RMYLRWAESR GFKTEIIEES EGEVAGIKSV TIKISGDYAY GWLRTETGVH RLVRKSPFDS GGRRHTSFSS AF VYPEVDD DIDIEINPAD LRIDVYRTSG AGG(MEQ)HVNRTE SAVRITHIPT GIVTQCQNDR SQHKNKDQAM KQMKAKLYE LEMQKKNAEK QAMEDNKSDI GWGSQIRSYV LDDSRIKDLR TGVETRNTQA VLDGSLDQFI EASLKAGL

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 34 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
15.0 mMMg(CH3COO)2magnesium acetate
150.0 mMCH3CO2Kpotassium acetate
4.0 mMHOCH2CH2SHbeta-mercapthoethanol
2.0 mMC7H19N3spermidineスペルミジン
0.05 mMC10H26N4spermineスペルミン
グリッドモデル: C-flat-2/0.5 4C / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Grids were blotted for 3.5 seconds..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 83822 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 20.0 e/Å2

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8505

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 143372
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Average FSC
得られたモデル

PDB-6c4h:
Conformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination (PTC region)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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