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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j4x | ||||||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1A) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/RNA/DNA / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin (クロマチン) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DSIF complex / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor activity / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling ...regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DSIF complex / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor activity / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / : / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / chromosome, centromeric region / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / protein localization to CENP-A containing chromatin / transcription by RNA polymerase III / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II, core complex / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / translation initiation factor binding / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / SUMOylation of chromatin organization proteins / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / DNA-directed RNA polymerase complex / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / regulation of DNA-templated transcription elongation / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / ribonucleoside binding / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / nucleosome assembly / ポリメラーゼ / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / ヌクレオソーム / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / single-stranded DNA binding / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / antibacterial humoral response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Komagataella phaffii (菌類) Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Ehara, H. / Kujirai, T. / Fujino, Y. / Shirouzu, M. / Kurumizaka, H. / Sekine, S. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Structural insight into nucleosome transcription by RNA polymerase II with elongation factors. 著者: Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Yuka Fujino / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine / 要旨: RNA polymerase II (RNAPII) transcribes chromosomal DNA that contains multiple nucleosomes. The nucleosome forms transcriptional barriers, and nucleosomal transcription requires several additional ...RNA polymerase II (RNAPII) transcribes chromosomal DNA that contains multiple nucleosomes. The nucleosome forms transcriptional barriers, and nucleosomal transcription requires several additional factors in vivo. We demonstrate that the transcription elongation factors Elf1 and Spt4/5 cooperatively lower the barriers and increase the RNAPII processivity in the nucleosome. The cryo-electron microscopy structures of the nucleosome-transcribing RNAPII elongation complexes (ECs) reveal that Elf1 and Spt4/5 reshape the EC downstream edge and intervene between RNAPII and the nucleosome. They facilitate RNAPII progression through superhelical location SHL(-1) by adjusting the nucleosome in favor of the forward progression. They suppress pausing at SHL(-5) by preventing the stable RNAPII-nucleosome interaction. Thus, the EC overcomes the nucleosomal barriers while providing a platform for various chromatin functions. | ||||||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6j4x.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j4x.ent.gz | 845.1 KB | 表示 | PDB形式 |
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-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 0672MC 0671C 0673C 0674C 0675C 0676C 9713C 6ir9C 6j4wC 6j4yC 6j4zC 6j50C 6j51C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI
#1: タンパク質 | 分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, ポリメラーゼ |
#9: タンパク質 | 分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1) (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 参照: UniProt: F2QPE6 |
-RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK
#3: タンパク質 | 分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5 |
-RNA polymerase subunit ... , 4種, 4分子 EFJL
#5: タンパク質 | 分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1) (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 参照: UniProt: F2QMI1 |
-タンパク質 , 6種, 10分子 HWaebfcgdh
#8: タンパク質 | 分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273 | ||||||
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#18: タンパク質 | 分子量: 101459.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370 | ||||||
#19: タンパク質 | 分子量: 15643.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243 #20: タンパク質 | 分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805 #21: タンパク質 | 分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2AB, H2AFM, HIST1H2AE, H2AFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908 #22: タンパク質 | 分子量: 14217.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2BJ, H2BFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#13: RNA鎖 | 分子量: 5124.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#14: DNA鎖 | 分子量: 60869.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#15: DNA鎖 | 分子量: 61381.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 MV
#16: タンパク質 | 分子量: 12606.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_c121_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ45 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 12039.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R0E6 |
-非ポリマー , 2種, 11分子
#23: 化合物 | ChemComp-ZN / #24: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (intermediate conformation) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35691 / 対称性のタイプ: POINT |