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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cio | ||||||
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タイトル | RRM domain from C. elegans SUP-12 bound to GGUGUGC RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX / MUSCLE (骨格筋) / DEVELOPMENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / regulation of locomotion / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / regulation of actin cytoskeleton organization / single-stranded RNA binding / nuclear speck / ribonucleoprotein complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / ARIA1.2 | ||||||
データ登録者 | Amrane, S. / Mackereth, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014 タイトル: Backbone-Independent Nucleic Acid Binding by Splicing Factor Sup-12 Reveals Key Aspects of Molecular Recognition 著者: Amrane, S. / Rebora, K. / Zniber, I. / Dupuy, D. / Mackereth, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cio.cif.gz | 565.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cio.ent.gz | 493.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4cio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4cio | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10831.196 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM DOMAIN, RESIDUES 28-121 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) プラスミド: PET-HIS1A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSY / 参照: UniProt: O45189 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2253.379 Da / 分子数: 1 / 断片: SUP-12 BINDING MOTIF / 由来タイプ: 合成 詳細: THE HEPTAMER SEQUENCE IS DERIVED FROM THE INTRON BETWEEN EXONS 4 AND 5B FROM THE C. ELEGANS EGL-15 GENE. 由来: (合成) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) |
配列の詳細 | THE SAMPLE CONTAINS AN ADDITIONAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY USING MULTI- DIMENSIONAL NMR SPECTRSOCOPY WITH 15N-, 13C,15N-, OR 2H- LABELED SUP-12 IN COMPLEX WITH A NATURAL ABUNDANCE GGUGUGC RNA LIGAND. THE CHEMICAL SHIFTS ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY USING MULTI- DIMENSIONAL NMR SPECTRSOCOPY WITH 15N-, 13C,15N-, OR 2H- LABELED SUP-12 IN COMPLEX WITH A NATURAL ABUNDANCE GGUGUGC RNA LIGAND. THE CHEMICAL SHIFTS HAVE BEEN DEPOSITED PREVIOUSLY IN THE BMRB AS ENTRY 18846. |
-試料調製
詳細 | 内容: 100% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 300 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: ARIA1.2 / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 125 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |