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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4149 | |||||||||
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タイトル | Structure of RNA polymerase I transcribing rDNA genes | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Neyer S / Kunz M / Geiss C / Hantsche M / Hodirnau VV / Seybert A / Engel C / Scheffer MP / Cramer P / Frangakis AS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Structure of RNA polymerase I transcribing ribosomal DNA genes. 著者: Simon Neyer / Michael Kunz / Christian Geiss / Merle Hantsche / Victor-Valentin Hodirnau / Anja Seybert / Christoph Engel / Margot P Scheffer / Patrick Cramer / Achilleas S Frangakis / 要旨: RNA polymerase I (Pol I) is a highly processive enzyme that transcribes ribosomal DNA (rDNA) and regulates growth of eukaryotic cells. Crystal structures of free Pol I from the yeast Saccharomyces ...RNA polymerase I (Pol I) is a highly processive enzyme that transcribes ribosomal DNA (rDNA) and regulates growth of eukaryotic cells. Crystal structures of free Pol I from the yeast Saccharomyces cerevisiae have revealed dimers of the enzyme stabilized by a 'connector' element and an expanded cleft containing the active centre in an inactive conformation. The central bridge helix was unfolded and a Pol-I-specific 'expander' element occupied the DNA-template-binding site. The structure of Pol I in its active transcribing conformation has yet to be determined, whereas structures of Pol II and Pol III have been solved with bound DNA template and RNA transcript. Here we report structures of active transcribing Pol I from yeast solved by two different cryo-electron microscopy approaches. A single-particle structure at 3.8 Å resolution reveals a contracted active centre cleft with bound DNA and RNA, and a narrowed pore beneath the active site that no longer holds the RNA-cleavage-stimulating domain of subunit A12.2. A structure at 29 Å resolution that was determined from cryo-electron tomograms of Pol I enzymes transcribing cellular rDNA confirms contraction of the cleft and reveals that incoming and exiting rDNA enclose an angle of around 150°. The structures suggest a model for the regulation of transcription elongation in which contracted and expanded polymerase conformations are associated with active and inactive states, respectively. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4149.map.gz | 301.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4149-v30.xml emd-4149.xml | 7.6 KB 7.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4149.png | 42.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4149 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4149 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4149_validation.pdf.gz | 197.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4149_full_validation.pdf.gz | 196.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4149_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4149 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4149 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNA polymerase I
全体 | 名称: RNA polymerase I |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA polymerase I
超分子 | 名称: RNA polymerase I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 2 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 225 |
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抽出 | トモグラム数: 3 / 使用した粒子像数: 993 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |