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- EMDB-34073: Cryo-EM structure of the Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34073
タイトルCryo-EM structure of the Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16 complex
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 6セロトニン受容体
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
  • リガンド: SEROTONINセロトニン
キーワードGPCR (Gタンパク質共役受容体) / serotonin receptor (セロトニン受容体) / 5-HT6R / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / constitutive activity (受容体) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


histamine receptor activity / セロトニン受容体 / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of TOR signaling / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta ...histamine receptor activity / セロトニン受容体 / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of TOR signaling / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / 繊毛 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / シナプス / 樹状突起 / protein-containing complex binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 6 receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit ...5-Hydroxytryptamine 6 receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 6 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhao QY / Wang YF / He L / Wang S / Cong Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural insights into constitutive activity of 5-HT receptor.
著者: Licong He / Qiaoyu Zhao / Jianzhong Qi / Yifan Wang / Wenyu Han / Zhangcheng Chen / Yao Cong / Sheng Wang /
要旨: While most therapeutic research on G-protein-coupled receptors (GPCRs) focuses on receptor activation by (endogenous) agonists, significant therapeutic potential exists through agonist-independent ...While most therapeutic research on G-protein-coupled receptors (GPCRs) focuses on receptor activation by (endogenous) agonists, significant therapeutic potential exists through agonist-independent intrinsic constitutive activity that can occur in various physiological and pathophysiological settings. For example, inhibiting the constitutive activity of 5-HTR-a receptor that is found almost exclusively in the brain and mediates excitatory neurotransmission-has demonstrated a therapeutic effect on cognitive/memory impairment associated with several neuropsychiatric disorders. However, the structural basis of such constitutive activity remains unclear. Here, we present a cryo-EM structure of serotonin-bound human 5-HTR-Gs heterotrimer at 3.0-Å resolution. Detailed analyses of the structure complemented by comprehensive interrogation of signaling illuminate key structural determinants essential for constitutive 5-HTR activity. Additional structure-guided mutagenesis leads to a nanobody mimic Gαs for 5-HTR that can reduce its constitutive activity. Given the importance of 5-HTR for a large number of neuropsychiatric disorders, insights derived from these studies will accelerate the design of more effective medications, and shed light on the molecular basis of constitutive activity.
履歴
登録2022年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.093 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0016555961 - 1.7821178
平均 (標準偏差)0.0008317486 (±0.020481348)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.808 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34073_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34073_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16 complex

全体名称: Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16 complex
要素
  • 複合体: Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16 complex
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 6セロトニン受容体
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
  • リガンド: SEROTONINセロトニン

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超分子 #1: Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16 complex

超分子名称: Serotonin 6 (5-HT6) receptor-DNGs-scFv16 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 6

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.201918 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: GGSGWVAAAL CVVIALTAAA NSLLIALICT QPALRNTSNF FLVSLFTSDL MVGLVVMPPA MLNALYGRWV LARGLCLLWT AFDVMCCSA SILNLCLISL DRYLLILSPL RYKLRMTPLR ALALVLGAWS LAALASFLPL LLGWHELGHA RPPVPGQCRL L ASLPFVLV ...文字列:
GGSGWVAAAL CVVIALTAAA NSLLIALICT QPALRNTSNF FLVSLFTSDL MVGLVVMPPA MLNALYGRWV LARGLCLLWT AFDVMCCSA SILNLCLISL DRYLLILSPL RYKLRMTPLR ALALVLGAWS LAALASFLPL LLGWHELGHA RPPVPGQCRL L ASLPFVLV ASGLTFFLPS GAICFTYCRI LLAARKQAVQ VASLTTGMAS ADSRRLATKH SRKALKASLT LGILLGMFFV TW LPFFVAN IVQAVCDCIS PGLFDVLTWL GYCNSTMNPI IYPLFMRDFK RALGRFLPCP RCPRERQ

UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 6

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.385957 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQGGSSGSE LDQLRQEAEQ LKNQIRDARK ACADATLSQI TNNIDPVGRI QMRTRRTLRG HLAKIYAMHW GTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH T GYLSCCRF ...文字列:
MHHHHHHENL YFQGGSSGSE LDQLRQEAEQ LKNQIRDARK ACADATLSQI TNNIDPVGRI QMRTRRTLRG HLAKIYAMHW GTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH T GYLSCCRF LDDNQIVTSS GDTTCALWDI ETGQQTTTFT GHTGDVMSLS LAPDTRLFVS GACDASAKLW DVREGMCRQT FT GHESDIN AICFFPNGNA FATGSDDATC RLFDLRADQE LMTYSHDNII CGITSVSFSK SGRLLLAGYD DFNCNVWDAL KAD RAGVLA GHDNRVSCLG VTDDGMAVAT GSWDSFLKIW N

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.636793 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ GHHHHHHHH

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分子 #5: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...

分子名称: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.385246 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG AGESGKSTIV KQMRILHVNG FNGDSEKATK VQDIKNNLKE AIETIVAAM SNLVPPVELA NPENQFRVDY ILSVMNVPDF DFPPEFYEHA KALWEDEGVR ACYERSNEYQ LIDCAQYFLD K IDVIKQAD ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG AGESGKSTIV KQMRILHVNG FNGDSEKATK VQDIKNNLKE AIETIVAAM SNLVPPVELA NPENQFRVDY ILSVMNVPDF DFPPEFYEHA KALWEDEGVR ACYERSNEYQ LIDCAQYFLD K IDVIKQAD YVPSDQDLLR CRVLTSGIFE TKFQVDKVNF HMFDVGGQRD ERRKWIQCFN DVTAIIFVVA SSSYNMVIRE DN QTNRLQE ALNLFKSIWN NRWLRTISVI LFLNKQDLLA EKVLAGKSKI EDYFPEFARY TTPEDATPEP GEDPRVTRAK YFI RDEFLR ISTASGDGRH YCYPHFTCAV DTENIRRVFN DCRDIIQRMH LRQYELL

UniProtKB: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #6: SEROTONIN

分子名称: SEROTONIN / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SRO
分子量理論値: 176.215 Da
Chemical component information

ChemComp-SRO:
SEROTONIN / セロトニン / 神経伝達物質*YM / セロトニン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 388504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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