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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30591 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the nucleosome containing Giardia histones | |||||||||
マップデータ | Nucleosome containing G. lamblia histones | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Sato S / Takizawa Y / Kurumizaka H | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the nucleosome core particle containing Giardia lamblia histones. 著者: Shoko Sato / Yoshimasa Takizawa / Fumika Hoshikawa / Mariko Dacher / Hiroki Tanaka / Hiroaki Tachiwana / Tomoya Kujirai / Yukari Iikura / Cheng-Han Ho / Naruhiko Adachi / Indu Patwal / Andrew ...著者: Shoko Sato / Yoshimasa Takizawa / Fumika Hoshikawa / Mariko Dacher / Hiroki Tanaka / Hiroaki Tachiwana / Tomoya Kujirai / Yukari Iikura / Cheng-Han Ho / Naruhiko Adachi / Indu Patwal / Andrew Flaus / Hitoshi Kurumizaka / 要旨: Giardia lamblia is a pathogenic unicellular eukaryotic parasite that causes giardiasis. Its genome encodes the canonical histones H2A, H2B, H3, and H4, which share low amino acid sequence identity ...Giardia lamblia is a pathogenic unicellular eukaryotic parasite that causes giardiasis. Its genome encodes the canonical histones H2A, H2B, H3, and H4, which share low amino acid sequence identity with their human orthologues. We determined the structure of the G. lamblia nucleosome core particle (NCP) at 3.6 Å resolution by cryo-electron microscopy. G. lamblia histones form a characteristic NCP, in which the visible 125 base-pair region of the DNA is wrapped in a left-handed supercoil. The acidic patch on the G. lamblia octamer is deeper, due to an insertion extending the H2B α1 helix and L1 loop, and thus cannot bind the LANA acidic patch binding peptide. The DNA and histone regions near the DNA entry-exit sites could not be assigned, suggesting that these regions are asymmetrically flexible in the G. lamblia NCP. Characterization by thermal unfolding in solution revealed that both the H2A-H2B and DNA association with the G. lamblia H3-H4 were weaker than those for human H3-H4. These results demonstrate the uniformity of the histone octamer as the organizing platform for eukaryotic chromatin, but also illustrate the unrecognized capability for large scale sequence variations that enable the adaptability of histone octamer surfaces and confer internal stability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30591.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30591-v30.xml emd-30591.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30591_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30591.png | 181.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30591 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30591 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Nucleosome containing G. lamblia histones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nucleosome
全体 | 名称: Nucleosomeヌクレオソーム |
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要素 |
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-超分子 #1: Nucleosome
超分子 | 名称: Nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Histone H3
分子 | 名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) |
分子量 | 理論値: 16.639574 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMARTKHT ARKTTSATKA PRKTIARKAA RKTASSTSGI KKTGRKKQGM VAVKEIKKYQ KSTDLLIRKL PFSKLVRDIV TSGLSKSDI RFQGAAVEAL QESAENYIIS LFVDTQLCAE HAKRVTIMKP DMELATRIGK RIEPEYRKGK |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) |
分子量 | 理論値: 11.407195 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMSGKGKG KGYGKSKRHS KEKDTLGGIT KPAIRRLARR GGVKRISSTI YQQTREVLKA FLEVVLRDSL TYTEHGQRKT VTSQDVVYA LKRQGRTLYG FGI |
-分子 #3: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) |
分子量 | 理論値: 14.903089 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMSKVETK RLMKKTEAGD KGDAKRKHKR HETYATYIYK VLRSENIRSE ADTDLGISNK GMEVMNSLVN DLFERIASEA SNLAKISKR NTIGKKDIES AAKLVIPGEI GRLIRDEADK ALSKFTSSKE STKK |
-分子 #4: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) |
分子量 | 理論値: 14.188249 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMSTKPVK DNSKMKSRSA RAGISFPIGR IHRHLREGRY AERISSDAPV YLAAVLENVV AEVFREACNH RDKKSQKRIV PNHILTALR KDKELATIFA NVTIREGGVA RSAKEGREGK GSHRSQDL |
-分子 #5: 601L DNA (145-MER)
分子 | 名称: 601L DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 44.761523 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG) (DA)(DT) |
-分子 #6: 601L DNA (145-MER)
分子 | 名称: 601L DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 44.752508 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG) (DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194041 |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7d69: |