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- EMDB-29484: E. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 (50... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29484
タイトルE. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 (50S focused map)
マップデータE. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 (50S focused map)
試料
  • 複合体: E. coli 70S ribosome
    • 複合体: 50S SubunitProkaryotic large ribosomal subunit
    • 複合体: 30S SubunitProkaryotic small ribosomal subunit
キーワードMS2-tag / H98 / ribosome (リボソーム)
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Nissley AJ / Cate JHD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-200218 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2023
タイトル: Interactions between terminal ribosomal RNA helices stabilize the large ribosomal subunit.
著者: Amos J Nissley / Tammam S Kamal / Jamie H D Cate /
要旨: The ribosome is a large ribonucleoprotein assembly that uses diverse and complex molecular interactions to maintain proper folding. In vivo assembled ribosomes have been isolated using MS2 tags ...The ribosome is a large ribonucleoprotein assembly that uses diverse and complex molecular interactions to maintain proper folding. In vivo assembled ribosomes have been isolated using MS2 tags installed in either the 16S or 23S ribosomal RNAs (rRNAs), to enable studies of ribosome structure and function in vitro. RNA tags in the 50S subunit have commonly been inserted into an extended helix H98 in 23S rRNA, as this addition does not affect cellular growth or in vitro ribosome activity. Here, we find that 50S subunits with MS2 tags inserted in H98 are destabilized compared to wild-type (WT) 50S subunits. We identify the loss of RNA-RNA tertiary contacts that bridge helices H1, H94, and H98 as the cause of destabilization. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we show that this interaction is disrupted by the addition of the MS2 tag and can be restored through the insertion of a single adenosine in the extended H98 helix. This work establishes ways to improve MS2 tags in the 50S subunit that maintain ribosome stability and investigates a complex RNA tertiary structure that may be important for stability in various bacterial ribosomes.
履歴
登録2023年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年10月4日-
現状2023年10月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 (50S focused map)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8248 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.699
最小 - 最大-2.6680818 - 7.2872477
平均 (標準偏差)0.0037820083 (±0.17165117)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 369.5104 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: E. coli 70S ribosome with an improved MS2...

ファイルemd_29484_half_map_1.map
注釈E. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 (50S focused half map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E. coli 70S ribosome with an improved MS2...

ファイルemd_29484_half_map_2.map
注釈E. coli 70S ribosome with an improved MS2 tag inserted in H98 (50S focused half map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S ribosome

全体名称: E. coli 70S ribosome
要素
  • 複合体: E. coli 70S ribosome
    • 複合体: 50S SubunitProkaryotic large ribosomal subunit
    • 複合体: 30S SubunitProkaryotic small ribosomal subunit

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超分子 #1: E. coli 70S ribosome

超分子名称: E. coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: 50S Subunit

超分子名称: 50S Subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: 30S Subunit

超分子名称: 30S Subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.27 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
100.0 mMPotassium ChlorideKCl
10.0 mMMagnesium AcetateMg(CH3COO)2
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11736 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2475999
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 601617
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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