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- EMDB-2799: Cryo-EM structure of gamma-TuSC oligomers in a closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2799
タイトルCryo-EM structure of gamma-TuSC oligomers in a closed conformation
マップデータReconstruction of yeast gamma-TuSC trapped in a closed state by disulfide crosslinks
試料
  • 試料: Recombinant yeast gamma-TuSC mutant S58C/G288C
  • タンパク質・ペプチド: gamma tubulin S58C/G288C
  • タンパク質・ペプチド: GCP2GOLGA4
  • タンパク質・ペプチド: GCP3
  • タンパク質・ペプチド: Spc110 (1-220)
キーワードMicrotubule nucleation / gamma tubulin (チューブリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-tubulin complex localization to nuclear side of mitotic spindle pole body / protein localization to mitotic spindle pole body / inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle pole body ...gamma-tubulin complex localization to nuclear side of mitotic spindle pole body / protein localization to mitotic spindle pole body / inner plaque of spindle pole body / microtubule nucleation by spindle pole body / outer plaque of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / gamma-tubulin small complex / regulation of microtubule nucleation / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle pole body / equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle elongation / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / positive regulation of microtubule nucleation / microtubule nucleation / positive regulation of cytoplasmic translation / spindle pole body / gamma-tubulin binding / mitotic sister chromatid segregation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton / spindle / 紡錘体 / mitotic cell cycle / protein-containing complex assembly / 微小管 / calmodulin binding / protein-containing complex binding / GTP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Spindle pole body component 110, C-terminal / Spindle pole body component 110 C-terminal domain / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / チューブリン ...Spindle pole body component 110, C-terminal / Spindle pole body component 110 C-terminal domain / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle pole body component 110 / Spindle pole body component SPC97 / Tubulin gamma chain / Spindle pole body component SPC98
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Kollman JM / Greenberg CH / Li S / Moritz M / Zelter A / Fong K / Fernandez J-J / Sali A / Kilmartin J / Davis TN / Agard DA
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Ring closure activates yeast γTuRC for species-specific microtubule nucleation.
著者: Justin M Kollman / Charles H Greenberg / Sam Li / Michelle Moritz / Alex Zelter / Kimberly K Fong / Jose-Jesus Fernandez / Andrej Sali / John Kilmartin / Trisha N Davis / David A Agard /
要旨: The γ-tubulin ring complex (γTuRC) is the primary microtubule nucleator in cells. γTuRC is assembled from repeating γ-tubulin small complex (γTuSC) subunits and is thought to function as a ...The γ-tubulin ring complex (γTuRC) is the primary microtubule nucleator in cells. γTuRC is assembled from repeating γ-tubulin small complex (γTuSC) subunits and is thought to function as a template by presenting a γ-tubulin ring that mimics microtubule geometry. However, a previous yeast γTuRC structure showed γTuSC in an open conformation that prevents matching to microtubule symmetry. By contrast, we show here that γ-tubulin complexes are in a closed conformation when attached to microtubules. To confirm the functional importance of the closed γTuSC ring, we trapped the closed state and determined its structure, showing that the γ-tubulin ring precisely matches microtubule symmetry and providing detailed insight into γTuRC architecture. Importantly, the closed state is a stronger nucleator, thus suggesting that this conformational switch may allosterically control γTuRC activity. Finally, we demonstrate that γTuRCs have a strong preference for tubulin from the same species.
履歴
登録2014年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月22日-
マップ公開2015年1月21日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
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  • 原子モデル: PDB-5flz
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5flz
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5flz
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-2799_map...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of yeast gamma-TuSC trapped in a closed state by disulfide crosslinks
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.94397974 - 3.0450983
平均 (標準偏差)0.0 (±0.31405976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-106-106-106
サイズ212212212
Spacing212212212
セルA=B=C: 398.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.881.881.88
M x/y/z212212212
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z398.560398.560398.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-106-106-106
NC/NR/NS212212212
D min/max/mean-1.9443.0450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant yeast gamma-TuSC mutant S58C/G288C

全体名称: Recombinant yeast gamma-TuSC mutant S58C/G288C
要素
  • 試料: Recombinant yeast gamma-TuSC mutant S58C/G288C
  • タンパク質・ペプチド: gamma tubulin S58C/G288C
  • タンパク質・ペプチド: GCP2GOLGA4
  • タンパク質・ペプチド: GCP3
  • タンパク質・ペプチド: Spc110 (1-220)

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超分子 #1000: Recombinant yeast gamma-TuSC mutant S58C/G288C

超分子名称: Recombinant yeast gamma-TuSC mutant S58C/G288C / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heteropentamer / Number unique components: 4

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分子 #1: gamma tubulin S58C/G288C

分子名称: gamma tubulin S58C/G288C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tub4
詳細: Cysteine residues were introduced at positions 58 and 288 to promote crosslinking of the helical complex.
コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: spindle pole body
分子量理論値: 55 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列UniProtKB: Tubulin gamma chain

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分子 #2: GCP2

分子名称: GCP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Spc97 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: spindle pole body
分子量理論値: 97 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列UniProtKB: Spindle pole body component SPC97

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分子 #3: GCP3

分子名称: GCP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Spc98 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: spindle pole body
分子量理論値: 98 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列UniProtKB: Spindle pole body component SPC98

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分子 #4: Spc110 (1-220)

分子名称: Spc110 (1-220) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Residues 1-220 of Spc110 were expressed with an N-terminal GST tagged, which was cleaved off during purification.
コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: spindle pole body
分子量理論値: 25 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列UniProtKB: Spindle pole body component 110

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 40 mM Hepes PH 7.6, 100 mM KCl, 1 mM EGTA, 1mM MgCl2, 1 mM oxidized glutathione
グリッド詳細: 400 mesh C-FLAT 2/2 grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 2-5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 94000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.12 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism corrected at 135,000 time magnifiaction
日付2011年5月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)
実像数: 364 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 22.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 54.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: SPIDER, hsearch_lorentz, EMAN1, ctffind
詳細IHRSR was carried out in SPIDER, using hsearch_lorentz to search for helical symmetry parameters in unsymmetrized maps.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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