[日本語] English
万見
- EMDB-26344: YcaO-mediated ATP-dependent peptidase activity in ribosomal pepti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26344
タイトルYcaO-mediated ATP-dependent peptidase activity in ribosomal peptide biosynthesis
マップデータ
試料
  • 複合体: MusD
    • タンパク質・ペプチド: MusD
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / ユビキチン活性化酵素 / MusD
機能・相同性情報
生物種Desmonostoc sp. PCC 7906 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zheng Y / Nair SK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM079038 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: YcaO-mediated ATP-dependent peptidase activity in ribosomal peptide biosynthesis.
著者: Yiwu Zheng / Satish K Nair /
要旨: YcaO enzymes catalyze ATP-dependent post-translation modifications on peptides, including the installation of (ox/thi)azoline, thioamide and/or amidine moieties. Here we demonstrate that, in the ...YcaO enzymes catalyze ATP-dependent post-translation modifications on peptides, including the installation of (ox/thi)azoline, thioamide and/or amidine moieties. Here we demonstrate that, in the biosynthesis of the bis-methyloxazolic alkaloid muscoride A, the YcaO enzyme MusD carries out both ATP-dependent cyclodehydration and peptide bond cleavage, which is a mechanism unprecedented for such a reaction. YcaO-catalyzed modifications are proposed to occur through a backbone O-phosphorylated intermediate, but this mechanism remains speculative. We report, to our knowedge, the first characterization of an acyl-phosphate species consistent with the proposed mechanism for backbone amide activation. The 3.1-Å-resolution cryogenic electron microscopy structure of MusD along with biochemical analysis allow identification of residues that enable peptide cleavage reaction. Bioinformatics analysis identifies other cyanobactin pathways that may deploy bifunctional YcaO enzymes. Our structural, mutational and mechanistic studies expand the scope of modifications catalyzed by YcaO proteins to include peptide hydrolysis and provide evidence for a unifying mechanism for the catalytically diverse outcomes.
履歴
登録2022年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26344.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.1926337 - 2.479223
平均 (標準偏差)-0.0014885309 (±0.041723765)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 337.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_26344_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26344_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26344_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : MusD

全体名称: MusD
要素
  • 複合体: MusD
    • タンパク質・ペプチド: MusD
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: MusD

超分子名称: MusD / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Desmonostoc sp. PCC 7906 (バクテリア)
分子量理論値: 88.76 kDa/nm

-
分子 #1: MusD

分子名称: MusD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desmonostoc sp. PCC 7906 (バクテリア) / 株: PCC 7906
分子量理論値: 88.844805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMKILQIK PHFRAEIIEP KHVYLLSESS THALTGELYC QLIPLLNGNY TVDEIINKLQ VDPSHIDYAL ERLQARGYIT EAIPQLTPE AVAFWGLLKV EPQVAYQCLQ QTQVYVSSVV NLPTQPLITA LEEVGIKAIN WDGELQEFPP HSLLVVLTDD Y LQPQLNKI ...文字列:
SNAMKILQIK PHFRAEIIEP KHVYLLSESS THALTGELYC QLIPLLNGNY TVDEIINKLQ VDPSHIDYAL ERLQARGYIT EAIPQLTPE AVAFWGLLKV EPQVAYQCLQ QTQVYVSSVV NLPTQPLITA LEEVGIKAIN WDGELQEFPP HSLLVVLTDD Y LQPQLNKI NQIALKANQP WLLIKPVGTI LWLGPIFQPQ ITGCWECLAQ RLRVNREVEA SVLRQKNSSL QLSPSQELNS SV LQSNGNG VKSEVIECLP PPAAVIPSTL QTALHLATTE IAKWIVKQGV EDTTPFPTLE GKVITFDQRN LDLQTHILSL RPQ CPSCGN PNLLTERAFQ PLVLSSRKKQ FTSDGGHRAF SPDQTVNRYQ HLISPITGVV TSLVRASDPN DSLNHTYNAV HSFV IASNI GRMRRYLKHK SSGKGKTDSQ SKASGFCEAI ERYSGVYQGD EPRISATLAE LGEKAIHPAR CSLFSSEQYE YREEF NRRG GVFDWIPQPF DETKVIEWTP VWSLTEQTHK YIPTAYCYYG YPLPEDHEFC RANSNGDATG NTLEEAIIQG FFEIVE RDS VAIWWYNRLK RPAVDLASFN EPYLLEVQDL YRSNNRDLWV IDITADLDIP TFVAVSYLKD NKHQTILLGF GTHFDPK IA ILRAVTEVNQ IAFTCDGVEV TKEFVEMREW FKKATIENQP YLVPDSTVPA KVYQDYQQRW SDDIYEDVMT CVEISKNA G LETLVLDKTR PDIGLNVAKV IVPEMPHYWL RMGAKRIYDV PVKMGWLSTP LTEEQMNPIS VPI

-
分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: HEPES pH 7.5. 25 mM KCl.
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.33 e/Å2

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123786
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る