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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1996 | |||||||||
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タイトル | Bubblegrams reveal the inner body of bacteriophage phiKZ | |||||||||
マップデータ | This is the inner body structure of bacteriophage phiKZ. | |||||||||
試料 |
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キーワード | inner body / core protein / asymmetric reconstruction / phiKZ / protein mapping | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu W / Thomas JA / Cheng N / Black LW / Steven AC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Bubblegrams reveal the inner body of bacteriophage φKZ. 著者: Weimin Wu / Julie A Thomas / Naiqian Cheng / Lindsay W Black / Alasdair C Steven / 要旨: Dense packing of macromolecules in cellular compartments and higher-order assemblies makes it difficult to pick out even quite large components in electron micrographs, despite nominally high ...Dense packing of macromolecules in cellular compartments and higher-order assemblies makes it difficult to pick out even quite large components in electron micrographs, despite nominally high resolution. Immunogold labeling and histochemical procedures offer ways to map certain components but are limited in their applicability. Here, we present a differential mapping procedure, based on the physical principle of protein's greater sensitivity to radiation damage compared with that of nucleic acid. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1996.map.gz | 394.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1996-v30.xml emd-1996.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1996.png | 141.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1996 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1996_validation.pdf.gz | 191.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1996_full_validation.pdf.gz | 190.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1996_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1996 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the inner body structure of bacteriophage phiKZ. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 10.026 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : phiKZ mature phage
全体 | 名称: phiKZ mature phage |
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要素 |
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-超分子 #1000: phiKZ mature phage
超分子 | 名称: phiKZ mature phage / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: Inner body inside the capsid surrounding by DNA Number unique components: 5 |
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-超分子 #1: Pseudomonas phage phiKZ
超分子 | 名称: Pseudomonas phage phiKZ / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: phiKZ / NCBI-ID: 169683 / 生物種: Pseudomonas phage phiKZ / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: phiKZ |
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宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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温度 | 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: condenser and objective lens astigmatism |
詳細 | Image pairs. First low dose image, 12 electrons per angstrom squared, then high dose to get radiation damage (same dose but longer time), dose about 5-fold of low dose. |
日付 | 2011年1月20日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 95 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN 詳細: Projection match method was used to determine the unique vertex and the orientation of tail. The inner body was solved directly from 2D data without using any initial model. 使用した粒子像数: 2775 |