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- EMDB-16512: MiniCoV-ADDomer, a SARS-CoV-2 epitope presenting viral like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16512
タイトルMiniCoV-ADDomer, a SARS-CoV-2 epitope presenting viral like particle
マップデータ
試料
  • 複合体: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human Ad3 penton base protein.
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
キーワードADDomer / VLP / Viral (ウイルス性) / like / Particle (粒子) / AD3 / Penton / base / vaccine (ワクチン) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / COVID (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / MINI-COVID / Dodecahedron (十二面体) / pb / protein (タンパク質) / adenovirus (アデノウイルス) / human (ヒト) / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
機能・相同性Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Penton protein
機能・相同性情報
生物種Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Bufton JC / Capin J / Boruku U / Garzoni F / Schaffitzel C / Berger I
資金援助 英国, 8件
OrganizationGrant number国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/R511663/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Wellcome Trust202904/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206181/Z/17/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R000484/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/R013764/1 英国
Wellcome Trust210701/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust106115/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Antib Ther / 年: 2023
タイトル: generated antibodies guide thermostable ADDomer nanoparticle design for nasal vaccination and passive immunization against SARS-CoV-2.
著者: Dora Buzas / Adrian H Bunzel / Oskar Staufer / Emily J Milodowski / Grace L Edmunds / Joshua C Bufton / Beatriz V Vidana Mateo / Sathish K N Yadav / Kapil Gupta / Charlotte Fletcher / Maia K ...著者: Dora Buzas / Adrian H Bunzel / Oskar Staufer / Emily J Milodowski / Grace L Edmunds / Joshua C Bufton / Beatriz V Vidana Mateo / Sathish K N Yadav / Kapil Gupta / Charlotte Fletcher / Maia K Williamson / Alexandra Harrison / Ufuk Borucu / Julien Capin / Ore Francis / Georgia Balchin / Sophie Hall / Mirella V Vega / Fabien Durbesson / Srikanth Lingappa / Renaud Vincentelli / Joe Roe / Linda Wooldridge / Rachel Burt / Ross J L Anderson / Adrian J Mulholland / Bristol Uncover Group / Jonathan Hare / Mick Bailey / Andrew D Davidson / Adam Finn / David Morgan / Jamie Mann / Joachim Spatz / Frederic Garzoni / Christiane Schaffitzel / Imre Berger /
要旨: BACKGROUND: Due to COVID-19, pandemic preparedness emerges as a key imperative, necessitating new approaches to accelerate development of reagents against infectious pathogens.
手法: Here, we developed an integrated approach combining synthetic, computational and structural methods with antibody selection and immunization to design, produce and validate nature-inspired ...手法: Here, we developed an integrated approach combining synthetic, computational and structural methods with antibody selection and immunization to design, produce and validate nature-inspired nanoparticle-based reagents against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).
RESULTS: Our approach resulted in two innovations: (i) a thermostable nasal vaccine called ADDoCoV, displaying multiple copies of a SARS-CoV-2 receptor binding motif derived epitope and (ii) a ...RESULTS: Our approach resulted in two innovations: (i) a thermostable nasal vaccine called ADDoCoV, displaying multiple copies of a SARS-CoV-2 receptor binding motif derived epitope and (ii) a multivalent nanoparticle superbinder, called Gigabody, against SARS-CoV-2 including immune-evasive variants of concern (VOCs). generated neutralizing nanobodies and electron cryo-microscopy established authenticity and accessibility of epitopes displayed by ADDoCoV. Gigabody comprising multimerized nanobodies prevented SARS-CoV-2 virion attachment with picomolar EC. Vaccinating mice resulted in antibodies cross-reacting with VOCs including Delta and Omicron.
CONCLUSION: Our study elucidates Adenovirus-derived dodecamer (ADDomer)-based nanoparticles for use in active and passive immunization and provides a blueprint for crafting reagents to combat ...CONCLUSION: Our study elucidates Adenovirus-derived dodecamer (ADDomer)-based nanoparticles for use in active and passive immunization and provides a blueprint for crafting reagents to combat respiratory viral infections.
履歴
登録2023年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16512.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16512.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 357. Å		1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 357. Å		1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 357. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.015942328 - 0.07183091
平均 (標準偏差)0.0007413957 (±0.005724614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 356.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16512_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16512_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human...

全体名称: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human Ad3 penton base protein.
要素
  • 複合体: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human Ad3 penton base protein.
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein

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超分子 #1: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human...

超分子名称: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human Ad3 penton base protein.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 3.9930516 MDa

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分子 #1: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 66.618547 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRRRAVLGGA VVYPEGPPPS YESVMQQQAA MIQPPLEAPF VPPRYLAPTE GRNSIRYSEL SPLYDTTKLY LVDNKSADIA SLNYQNDHS NFLTTVVQNN DFTPTEASTQ TINFDERSRW GGQLKTIMHT NMPNVNEYMF SNKFKARVMV SRKAPEGEFY Q AGSTPCNG ...文字列:
MRRRAVLGGA VVYPEGPPPS YESVMQQQAA MIQPPLEAPF VPPRYLAPTE GRNSIRYSEL SPLYDTTKLY LVDNKSADIA SLNYQNDHS NFLTTVVQNN DFTPTEASTQ TINFDERSRW GGQLKTIMHT NMPNVNEYMF SNKFKARVMV SRKAPEGEFY Q AGSTPCNG VEGFNCYFPL QSYGFQPTNG VGYGPVNDTY DHKEDILKYE WFEFILPEGN FSATMTIDLM NNAIIDNYLE IG RQNGVLE SDIGVKFDTR NFRLGWDPET KLIMPGVYTY EAFHPDIVLL PGCGVDFTES RLSNLLGIRK RHPFQEGFKI MYE DLEGGN IPALLDVTAY EESKKDTTTA RETTTLAVAE ETSEDVDDDI TRGDTYITEL EKQKREAAAA EVSRKKELKI QPLE KDSKS RSYNVLEDKI NTAYRSWYLS YNYGNPEKGI RSWTLLTTSD VTCGAEQVYW SLPDMMQDPV TFRSTRQVNN YPVVG AELM PVFSKSFYNE QAVYSQQLRQ ATSLTHVFNR FPENQILIRP PAPTITTVSE NVPALTDHGT LPLRSSIRGV QRVTVT DAR RRTCPYVYKA LGIVAPRVLS SRTF

UniProtKB: Penton protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.1 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 96546
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6hcr

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 32227
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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