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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1569 | |||||||||
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タイトル | Keyhole limpet hemocyanin (KLH): 9A cryoEM structure and molecular model of the didecamer reveal the interfaces and intricate topology of the 160 functional units | |||||||||
マップデータ | Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | keyhole limpet hemocyanin / KLH / Gastropoda / Megathura crenulata / oxygen carrier | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Megathura crenulata (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Gatsogiannis C / Markl J | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009 タイトル: Keyhole limpet hemocyanin: 9-A CryoEM structure and molecular model of the KLH1 didecamer reveal the interfaces and intricate topology of the 160 functional units. 著者: Christos Gatsogiannis / Jürgen Markl / 要旨: Hemocyanins are blue copper-containing respiratory proteins in the hemolymph of many arthropods and molluscs. Molluscan hemocyanins are decamers, didecamers, or multidecamers of a 340- to 400-kDa ...Hemocyanins are blue copper-containing respiratory proteins in the hemolymph of many arthropods and molluscs. Molluscan hemocyanins are decamers, didecamers, or multidecamers of a 340- to 400-kDa polypeptide subunit containing seven or eight globular functional units (FUs; FU-a to FU-h), each with an oxygen-binding site. The decamers are short 35-nm hollow cylinders, with their lumen narrowed by a collar complex. Our recently published 9-A cryo-electron microscopy/crystal structure hybrid model of a 3.4-MDa cephalopod hemocyanin decamer [Nautilus pompilius hemocyanin (NpH)] revealed the pathway of the seven-FU subunit (340 kDa), 15 types of inter-FU interface, and an asymmetric collar consisting of five "arcs" (FU-g pairs). We now present a comparable hybrid model of an 8-MDa gastropod hemocyanin didecamer assembled from two asymmetric decamers [isoform keyhole limpet hemocyanin (KLH) 1 of the established immunogen KLH]. Compared to NpH, the KLH1 subunit (400 kDa) is C-terminally elongated by FU-h, which is further extended by a unique tail domain. We have found that the wall-and-arc structure of the KLH1 decamer is very similar to that of NpH. We have traced the subunit pathway and how it continues from KLH1-g to KLH1-h to form an annulus of five "slabs" (FU-h pairs) at one cylinder edge. The 15 types of inter-FU interface detected in NpH are also present in KLH1. Moreover, we have identified one arc/slab interface, two slab/slab interfaces, five slab/wall interfaces, and four decamer/decamer interfaces. The 27 interfaces are described on the basis of two subunit conformers, yielding an asymmetric homodimer. Six protrusions from the cryo-electron microscopy structure per subunit are associated with putative attachment sites for N-linked glycans, indicating a total of 120 sugar trees in KLH1. Also, putative binding sites for divalent cations have been detected. In conclusion, the present 9-A data on KLH1 confirm and substantially broaden our recent analysis of the smaller cephalopod hemocyanin and essentially solve the gastropod hemocyanin structure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1569.map.gz | 54.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1569-v30.xml emd-1569.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1569.png | 860.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1569 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1569 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1569_validation.pdf.gz | 264.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1569_full_validation.pdf.gz | 263.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1569_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1569 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1569 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 339.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1)
全体 | 名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1)
超分子 | 名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1) / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: KLH1 is a didecamer of a 400 kDa subunit. Each subunit is composed by 8 paralogous O2 binding functional units Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 8 MDa |
-分子 #1: Keyhole Limpet hemocyanin Isoform 1
分子 | 名称: Keyhole Limpet hemocyanin Isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: KLH1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Megathura crenulata (無脊椎動物) |
分子量 | 理論値: 8 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-Hcl, 150 mM NaCl, 5mM CaCl, 5mM MgCl2 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryoEM, no stain |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 86 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Home made. Vitrification carried out in 25 percent oxygen atmosphere 手法: Single side blotting and rapid plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 平均: 86 K |
日付 | 2007年7月25日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.24 µm / 実像数: 98 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan single-tilt cryoholde / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 and TRANSFER, IMAGIC 5 |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 / 使用した粒子像数: 4762 |