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万見
- SASDAR4: PTB full (Polypyrimidine tract-binding protein 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAR4
試料PTB full
  • Polypyrimidine tract-binding protein 1 (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle cell differentiation / poly-pyrimidine tract binding / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / pre-mRNA binding / negative regulation of RNA splicing / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of cell differentiation / regulation of RNA splicing ...negative regulation of muscle cell differentiation / poly-pyrimidine tract binding / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / pre-mRNA binding / negative regulation of RNA splicing / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of cell differentiation / regulation of RNA splicing / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA processing / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
PTBP1, RNA recognition motif 1 / PTBP1, RNA recognition motif 3 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...PTBP1, RNA recognition motif 1 / PTBP1, RNA recognition motif 3 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polypyrimidine tract-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Conformation of polypyrimidine tract binding protein in solution.
著者: Maxim V Petoukhov / Tom P Monie / Frédéric H-T Allain / Stephen Matthews / Stephen Curry / Dmitri I Svergun /
要旨: The polypyrimidine tract binding protein (PTB) is an RNA binding protein that normally functions as a regulator of alternative splicing but can also be recruited to stimulate translation initiation ...The polypyrimidine tract binding protein (PTB) is an RNA binding protein that normally functions as a regulator of alternative splicing but can also be recruited to stimulate translation initiation by certain picornaviruses. High-resolution structures of the four RNA recognition motifs (RRMs) that make up PTB have previously been determined by NMR. Here, we have used small-angle X-ray scattering to determine the low-resolution structure of the entire protein. Scattering patterns from full-length PTB and deletion mutants containing all possible sequential combinations of the RRMs were collected. All constructs were found to be monomeric in solution. Ab initio analysis and rigid-body modeling utilizing the high-resolution models of the RRMs yielded a consistent low-resolution model of the spatial organization of domains in PTB. Domains 3 and 4 were found to be in close contact, whereas domains 2 and especially 1 had loose contacts with the rest of the protein.
登録者
  • Maxim Petoukhov (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #76
タイプ: mix / ソフトウェア: Bunch / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.1664
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: PTB full / Sample MW: 57.22 kDa / 試料濃度: 6.40-20.40
バッファ名称: 25 mM Tris / pH: 7.2 / 組成: 100 mM NaCl, 5.0 mM DTT
要素 #65タイプ: protein / 記述: Polypyrimidine tract-binding protein 1 / 分子量: 57.22 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P26599
配列: MDGIVPDIAV GTKRGSDELF STCVTNGPFI MSSNSASAAN GNDSKKFKGD SRSAGVPSRV IHIRKLPIDV TEGEVISLGL PFGKVTNLLM LKGKNQAFIE MNTEEAANTM VNYYTSVTPV LRGQPIYIQF SNHKELKTDS SPNQARAQAA LQAVNSVQSG NLALAASAAA ...配列:
MDGIVPDIAV GTKRGSDELF STCVTNGPFI MSSNSASAAN GNDSKKFKGD SRSAGVPSRV IHIRKLPIDV TEGEVISLGL PFGKVTNLLM LKGKNQAFIE MNTEEAANTM VNYYTSVTPV LRGQPIYIQF SNHKELKTDS SPNQARAQAA LQAVNSVQSG NLALAASAAA VDAGMAMAGQ SPVLRIIVEN LFYPVTLDVL HQIFSKFGTV LKIITFTKNN QFQALLQYAD PVSAQHAKLS LDGQNIYNAC CTLRIDFSKL TSLNVKYNND KSRDYTRPDL PSGDSQPSLD QTMAAAFGLS VPNVHGALAP LAIPSAAAAA AAAGRIAIPG LAGAGNSVLL VSNLNPERVT PQSLFILFGV YGDVQRVKIL FNKKENALVQ MADGNQAQLA MSHLNGHKLH GKPIRITLSK HQNVQLPREG QEDQGLTKDY GNSPLHRFKK PGSKNFQNIF PPSATLHLSN IPPSVSEEDL KVLFSSNGGV VKGFKFFQKD RKMALIQMGS VEEAVQALID LHNHDLGENH HLRVSFSKST I

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: 1D Gas detector
スキャン
タイトル: PTB full / 測定日: 2004年2月11日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1441 3.2532
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 355 /
MinMax
Q0.01551 0.2012
P(R) point2 356
R0 165
結果
Experimental MW: 60 kDa / カーブのタイプ: merged
GuinierP(R)
前方散乱 I0206 -
慣性半径, Rg 3.97 nm4.4 nm

MinMax
D-16.5
Guinier point2 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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