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万見
- SASDB45: Trimeric periplasmic holdase chaperone protein Skp -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB45
試料Trimeric periplasmic holdase chaperone protein Skp
  • Periplasmic holdase chaperone protein Skp (protein), Skp, Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into membrane from inner side / : / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / : / lipopolysaccharide binding / unfolded protein binding / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperone protein Skp / Skp domain superfamily / Outer membrane protein (OmpH-like) / Outer membrane protein (OmpH-like)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein Skp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用日付: 2017 Jun
タイトル: A Spring-Loaded Mechanism Governs the Clamp-like Dynamics of the Skp Chaperone
著者: Holdbrook D / Burmann B / Huber R / Petoukhov M / Svergun D / Hiller S
登録者
  • Maxim Petoukhov (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #551
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P3
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #552
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P3
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #553
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P3
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Trimeric periplasmic holdase chaperone protein Skp / 試料濃度: 0.58-5.82
バッファ名称: 25 mM HEPES 150 mM NaCl 1 mM DTT / 濃度: 25.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl, 1 mM DTT
要素 #354名称: Skp / タイプ: protein / 記述: Periplasmic holdase chaperone protein Skp / 分子量: 15.692 / 分子数: 3 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: P0AEU7
配列:
ADKIAIVNMG SLFQQVAQKT GVSNTLENEF KGRASELQRM ETDLQAKMKK LQSMKAGSDR TKLEKDVMAQ RQTFAQKAQA FEQDRARRSN EERGKLVTRI QTAVKSVANS QDIDLVVDAN AVAYNSSDVK DITADVLKQV K

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Trimeric periplasmic holdase chaperone protein Skp
測定日: 2013年9月24日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0969 4.4372
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 828 /
MinMax
Q0.110109 2.28684
P(R) point1 828
R0 12.8
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: The models presented above are representatives from the trimeric ensemble state(s) of Skp as determined using Ensemble Optimization Method (EOM). The Rg and size distributions obtained ...コメント: The models presented above are representatives from the trimeric ensemble state(s) of Skp as determined using Ensemble Optimization Method (EOM). The Rg and size distributions obtained from EOM modelling are included in the full entry zip archive.
実験値Porod
分子量35 kDa100 kDa
体積-168 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I04369 29.7 4451.7 54.4
慣性半径, Rg 3.57 nm0.02 3.57 nm0.07

MinMax
D-12.8
Guinier point1 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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