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万見
- SASDBD3: Leishmania braziliensis heat shock protein 90 (Hsp90). -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBD3
試料Leishmania braziliensis heat shock protein 90 (Hsp90).
  • Leishmania braziliensis heat shock protein 90 (Hsp90) (protein), L. brazilien.Hsp90, Leishmania braziliensis
生物種Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア)
登録者
  • Júlio Borges
  • Thiago Seraphim
  • Kelly Silva
  • Paulo Dores-Silva
  • Leandro Barbosa

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #444
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.892
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Leishmania braziliensis heat shock protein 90 (Hsp90).
バッファ名称: Tris / 濃度: 25.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 100 mM NaCl, 1 mM 2-mercaptoethanol
要素 #293名称: L. brazilien.Hsp90 / タイプ: protein
記述: Leishmania braziliensis heat shock protein 90 (Hsp90)
分子量: 82.8 / 分子数: 2 / 由来: Leishmania braziliensis
配列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTETFAFQAE INQLMSLIIN TFYSNKEIFL RELISNASDA CDKIRYQSLT DPSVLGEETH LRVRVVPDKA NKTLTVEDNG IGMTKADLVN NLGTIARSGT KAFMEALEAG GDMSMIGQFG VGFYSAYLVA DRVTVVSKNN SDEAYVWESS ...配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTETFAFQAE INQLMSLIIN TFYSNKEIFL RELISNASDA CDKIRYQSLT DPSVLGEETH LRVRVVPDKA NKTLTVEDNG IGMTKADLVN NLGTIARSGT KAFMEALEAG GDMSMIGQFG VGFYSAYLVA DRVTVVSKNN SDEAYVWESS AGGTFTITSV PESDMKRGTR ITLHLKEDQQ EYLEERRVKE LIKKHSEFIG YDIELMVEKT AEKEVTDEDE EEDESKKKSC GDEGEPKVEE VTEGGEDKKK KTKKVKEVTK TYEVQNKHKP LWTRDPKDVT KEEYAAFYKA ISNDWEDPAA TKHFSVEGQL EFRAIAFVPK RAPFDMFEPN KKRNNIKLYV RRVFIMDNCE DLCPDWLGFV KGVVDSEDLP LNISRENLQQ NKILKVIRKN IVKKCLELFE EMAENKEDYK QFYEQFGKNI KLGIHEDTAN RKKLMELLRF YSTESGEEMT TLKDYVTRMK PEQKSIYYIT GDSKKKLESS PFIEKARRCG LEVLFMTEPI DEYVMQQVKD FEDKKFACLT KEGVHFEESE EEKKQREEKK AACEKLCKTM KEVLGDKVEK VTVSERLSTS PCILVTSEFG WSAHMEQIMR NQALRDSSMA QYMVSKKTME VNPDHPIIKE LRRRVEADEN DKAVKDLVFL LFDTSLLTSG FQLDDPTGYA ERINRMIKLG LSLDEEDEEV AEAPPAEAAP AEVTAGTSSM EQVD

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実験情報

ビーム設備名称: Brazilian Synchrotron Light Laboratory SAXS2 Beamline
地域: Campinas / 国: Brazil / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: L. braziliensis heat shock protein 90 (Hsp90).
測定日: 2011年9月1日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1621 3.294
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 244 /
MinMax
Q0.01621 0.3294
P(R) point1 244
R0 210
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量190 kDa-
体積-380 nm3

P(R)P(R) errorGuinier
前方散乱 I00.3825 0.113 0.37
慣性半径, Rg 5.56 nm0.023 5.32 nm

MinMax
D-21
Guinier point1 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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