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基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDGD5 |
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![]() | The PDZ1-2 domain of postsynaptic density protein 95 (PSD-95) bound to RRESEI peptide (Paused SEC)
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機能・相同性 | ![]() LGI-ADAM interactions / P2Y1 nucleotide receptor binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 |
生物種 | ![]() ![]() |
![]() | ![]() タイトル: How the dual PDZ domain from Postsynaptic density protein 95 clusters ion channels and receptors 著者: Rodzli N / Lockhart-Cairns M / Levy C / Chipperfield J / Bird L / Baldock C |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #3729 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
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モデル #3730 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3731 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3732 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3733 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3734 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3735 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3736 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3737 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
モデル #3738 | ![]() タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.71 ![]() |
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試料
![]() | 名称: The PDZ1-2 domain of postsynaptic density protein 95 (PSD-95) bound to RRESEI peptide (Paused SEC) 試料濃度: 15 mg/ml |
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バッファ | 名称: 20 mM TRIS/HCl, 150 mM NaCl + 10 mM RRESEI / pH: 8.5 / コメント: standard buffer plus 10mM ligand peptide |
要素 #1889 | 名称: PDZ1-2 / タイプ: protein / 記述: PDZ1-2 fragment of PSD-95/Disks large homolog 4 / 分子量: 20.8 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P78352 配列: GPGTEGEMEY EEITLERGNS GLGFSIAGGT DNPHIGDDPS IFITKIIPGG AAAQDGRLRV NDSILFVNEV DVREVTHSAA VEALKEAGSI VRLYVMRRKP PAEKVMEIKL IKGPKGLGFS IAGGVGNQHI PGDNSIYVTK IIEGGAAHKD GRLQIGDKIL AVNSVGLEDV ...配列: GPGTEGEMEY EEITLERGNS GLGFSIAGGT DNPHIGDDPS IFITKIIPGG AAAQDGRLRV NDSILFVNEV DVREVTHSAA VEALKEAGSI VRLYVMRRKP PAEKVMEIKL IKGPKGLGFS IAGGVGNQHI PGDNSIYVTK IIEGGAAHKD GRLQIGDKIL AVNSVGLEDV MHEDAVAALK NTYDVVYLKV AKPSNA |
-実験情報
ビーム | 設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Didcot / 国: UK ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | ||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | 測定日: 2016年1月26日 / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 69 / 単位: 1/A /
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距離分布関数 P(R) |
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結果 | コメント: Scattering data are fitted using the ATSAS OLIGOMER program using a suite of models. The ATSAS program FFMAKER was used to generate form factors for each model in the suite. Each model ...コメント: Scattering data are fitted using the ATSAS OLIGOMER program using a suite of models. The ATSAS program FFMAKER was used to generate form factors for each model in the suite. Each model is assigned a volume fraction to fit the observed scattering profile. 3 monomer models are included, the first is a compact conformation of PDZ1-2 similar to PDB entries 6spv/6spz; the other two are domain models obtained from a representative run of the ATSAS EOM program with data projected to infinite dilution. Multimeric models are drawn from a "clustering Spacegroup", unit cell 14.8nm symmetry I2(1)3, and consist of identical copies of an extended conformation of PDZ1-2 (similar to PDB entry 3zrt) assembled by symmetry operations. In the order of deposition: Model number; Stoichiometry; MW (kDa); source; Volume fraction. 1; 1; 21; Crystal Structure; 0.381. 2; 1; 21; EOM; 0.091. 3; 1; 21; EOM; 0.470. 4; 2; 42; clustering Spacegroup; 0.042. 5; 4; 84; clustering Spacegroup; 0.015. 6; 8; 168; clustering Spacegroup; 0.000. 7; 12, 252; clustering Spacegroup; 0.001. 8; 16, 336, clustering Spacegroup; 0.000. 9; 20, 420, clustering Spacegroup; 0.000. 10; 24, 504, clustering Spacegroup; 0.001.
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