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万見
- SASDFF4: Condensin complex subunit 3-like protein, Ycg1, at 5mg/ml -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFF4
試料Condensin complex subunit 3-like protein, Ycg1, at 5mg/ml
  • Condensin complex subunit 3-like protein (protein), Ycg1, Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
  • Condensin complex subunit 3-like protein (protein), Ycg1, Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
機能・相同性Nuclear condensin complex subunit 3, C-terminal domain / Condensin complex subunit 3 / Nuclear condensing complex subunits, C-term domain / condensin complex / mitotic chromosome condensation / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / cell division / Condensin complex subunit 3-like protein
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
登録者
  • Karen Manalastas-Cantos (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2910
タイプ: atomic / 対称性: P2 / コメント: Tetramer is 34% in solution / カイ2乗値: 1.65
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モデル #2911
タイプ: atomic / 対称性: P2 / コメント: Dimer is 66% in solution / カイ2乗値: 1.65
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Condensin complex subunit 3-like protein, Ycg1, at 5mg/ml
試料濃度: 4.85 mg/ml / Entity id: 1565 / 1566
バッファ名称: 25 mM Tris 300 mM NaCl 1mM DTT / pH: 7.5
要素 #1565名称: Ycg1 / タイプ: protein / 記述: Condensin complex subunit 3-like protein / 分子量: 108.3 / 分子数: 4
由来: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
参照: UniProt: G0SHK2
配列: PDNALRTQVT TVFREAQRTT ASHRKLVVTL RKIQEACCYE PATGQKQSGA AAALSEFDED DFNTEFVRCA LRILPVKKSE GVGEKTVRFV SLFLRHAIEK DNELLGDTQM DEDDADNSTM PETPSTRLTS HLMETILPML MAKDKFVRYR AAQLLAHIVN SLDAIDDDLY ...配列:
PDNALRTQVT TVFREAQRTT ASHRKLVVTL RKIQEACCYE PATGQKQSGA AAALSEFDED DFNTEFVRCA LRILPVKKSE GVGEKTVRFV SLFLRHAIEK DNELLGDTQM DEDDADNSTM PETPSTRLTS HLMETILPML MAKDKFVRYR AAQLLAHIVN SLDAIDDDLY QKLRAGLLRR IHDKEPMVRA QAVLGLGRLA GNALDEEPGA GDSDLDGDDD GPGGASGVSL MDKLMDVMKN DPSADVRRTL LVNLPITPKT LPSLLERARD QDPATRRAVY SRLLPALGDF RHLSLSMREK LLRWGLRDRD ENVRKAAARL FRERWIEDCA GTPRPEPGQP IELSPPNMDA LLELLERIDV VNSGGENGIA LEAMRGFWEG RPDYRDAMVF DDHFFETLSA ESVFALRTFN DFCRNEAGGK YEALIEEKLP EVTKLAFYLE RYIKVLIDAI KRAEEQGEEE EEDTAEQEFI VEQLLHIALT LDYADEVGRR KMFALLRQTL SIPELPEECT KLTVMVLRDL CAPDAAGEKE FTSVVLEAVA DVHDTIVDED DDDANVPAED DESFVSARSE VSRESTPAPG GGEGGGSNSR KRGRSPTPKM TEEEAAAKAI REIMINMKCL HIVQCMLQNV QGQLQSNDNL ISMLNNLVVP AVRSHEAPVR ERGLVCLGLC ALLDRSLAEE NLTLFIHFFA KGHTALQITA LHILTDILVV HGAQLLSANP TLLKVYVKAL RSGAKHPELQ AVAVVAASKL LLGRVVSDRD VAAELLKTLV VAYFEPASAG NQSVRQALNY FLPVFCYSRA ENQDLMRRVA LDALHTLYNV REGFDDDDAD IDDEMVSLAT IGACLVDWTD PRKVYTPDAG GLQAEKHVNA DVHLDFAKAI LERLEGNVPR EEKKVLASLL SKLYISPASS PDKTRETYRV VSAAVDTNLL PDTTSRNALY KIHVSLGKIV NALDGAVPSV ETASVAGSTG TGIGTTTTAA TGR
要素 #1566名称: Ycg1 / タイプ: protein / 記述: Condensin complex subunit 3-like protein / 分子量: 108.3 / 分子数: 2
由来: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
参照: UniProt: G0SHK2
配列: PDNALRTQVT TVFREAQRTT ASHRKLVVTL RKIQEACCYE PATGQKQSGA AAALSEFDED DFNTEFVRCA LRILPVKKSE GVGEKTVRFV SLFLRHAIEK DNELLGDTQM DEDDADNSTM PETPSTRLTS HLMETILPML MAKDKFVRYR AAQLLAHIVN SLDAIDDDLY ...配列:
PDNALRTQVT TVFREAQRTT ASHRKLVVTL RKIQEACCYE PATGQKQSGA AAALSEFDED DFNTEFVRCA LRILPVKKSE GVGEKTVRFV SLFLRHAIEK DNELLGDTQM DEDDADNSTM PETPSTRLTS HLMETILPML MAKDKFVRYR AAQLLAHIVN SLDAIDDDLY QKLRAGLLRR IHDKEPMVRA QAVLGLGRLA GNALDEEPGA GDSDLDGDDD GPGGASGVSL MDKLMDVMKN DPSADVRRTL LVNLPITPKT LPSLLERARD QDPATRRAVY SRLLPALGDF RHLSLSMREK LLRWGLRDRD ENVRKAAARL FRERWIEDCA GTPRPEPGQP IELSPPNMDA LLELLERIDV VNSGGENGIA LEAMRGFWEG RPDYRDAMVF DDHFFETLSA ESVFALRTFN DFCRNEAGGK YEALIEEKLP EVTKLAFYLE RYIKVLIDAI KRAEEQGEEE EEDTAEQEFI VEQLLHIALT LDYADEVGRR KMFALLRQTL SIPELPEECT KLTVMVLRDL CAPDAAGEKE FTSVVLEAVA DVHDTIVDED DDDANVPAED DESFVSARSE VSRESTPAPG GGEGGGSNSR KRGRSPTPKM TEEEAAAKAI REIMINMKCL HIVQCMLQNV QGQLQSNDNL ISMLNNLVVP AVRSHEAPVR ERGLVCLGLC ALLDRSLAEE NLTLFIHFFA KGHTALQITA LHILTDILVV HGAQLLSANP TLLKVYVKAL RSGAKHPELQ AVAVVAASKL LLGRVVSDRD VAAELLKTLV VAYFEPASAG NQSVRQALNY FLPVFCYSRA ENQDLMRRVA LDALHTLYNV REGFDDDDAD IDDEMVSLAT IGACLVDWTD PRKVYTPDAG GLQAEKHVNA DVHLDFAKAI LERLEGNVPR EEKKVLASLL SKLYISPASS PDKTRETYRV VSAAVDTNLL PDTTSRNALY KIHVSLGKIV NALDGAVPSV ETASVAGSTG TGIGTTTTAA TGR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Condensin complex subunit 3-like protein, Ycg1, at 5mg/ml
測定日: 2016年10月20日 / 保管温度: 13.2 °C / セル温度: 10.2 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0492 2.5149
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 537 /
MinMax
Q0.0700513 1.18532
P(R) point1 537
R0 29.82
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Ycg1 at 5 mg/ml was modeled as a volume-fraction weighted mixture consisting of 66% dimers and 34% tetramers
実験値StandardPorod
分子量318 kDa279 kDa450 kDa
体積--720 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I021740 21563 47
慣性半径, Rg 7.132 nm6.75 nm0.23

MinMax
D-29.82
Guinier point11 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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