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万見
- SASDCZ4: RNase E 603-850/ATP-dependent RNA helicase (RhlB) binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCZ4
試料RNase E 603-850/ATP-dependent RNA helicase (RhlB) binary complex
  • RNase E 603-850 (protein), RNase E 603-850, Escherichia coli
  • ATP-dependent RNA helicase RhlB (protein), RhlB, Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNA catabolic process / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase RhlB type / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...ATP-dependent RNA helicase RhlB type / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNase E / ATP-dependent RNA helicase RhlB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用日付: 2017 Nov 9
タイトル: Analysis of the natively unstructured RNA/protein-recognition core in the Escherichia coli RNA degradosome and its interactions with regulatory RNA/Hfq complexes
著者: Bruce H / Du D / Matak-Vinkovic D / Bandyra K / Broadhurst R / Martin E / Sobott F / Shkumatov A
登録者
  • Alexander Shkumatov (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1313
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.3i r9450) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Best fitting model out of 10 independent reconstructions
カイ2乗値: 16.39 / P-value: 0.000001
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: RNase E 603-850/ATP-dependent RNA helicase (RhlB) binary complex
試料濃度: 22.3 mg/ml / Entity id: 697 / 698
バッファ名称: 50 mM Tris HCl, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 10 mM DTT and 5 % glycerol (v/v)
pH: 7.5
要素 #697名称: RNase E 603-850 / タイプ: protein / 記述: RNase E 603-850 / 分子量: 30.127 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: Q46977
配列: ERQQDRRKPR QNNRRDRNER RDTRSERTEG SDNREENRRN RRQAQQQTAE TRESRQQAEV TEKARTADEQ QAPRRERSRR RNDDKRQAQQ EAKALNVEEQ SVQETEQEER VRPVQPRRKQ RQLNQKVRYE QSVAEEAVVA PVVEETVAAE PIVQEAPAPR TELVKVPLPV ...配列:
ERQQDRRKPR QNNRRDRNER RDTRSERTEG SDNREENRRN RRQAQQQTAE TRESRQQAEV TEKARTADEQ QAPRRERSRR RNDDKRQAQQ EAKALNVEEQ SVQETEQEER VRPVQPRRKQ RQLNQKVRYE QSVAEEAVVA PVVEETVAAE PIVQEAPAPR TELVKVPLPV VAQTAPEQQE ENNADNRDNG GMPRRSRRSP RHLRVSGQRR RRYRDERYPT QSPMPLTVAC ASPELASGKV WIRYPIVRHH HHHH
要素 #698名称: RhlB / タイプ: protein / 記述: ATP-dependent RNA helicase RhlB / 分子量: 47.125 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: W8ZZD4
配列: MSKTHLTEQK FSDFALHPKV VEALEKKGFH NCTPIQALAL PLTLAGRDVA GQAQTGTGKT MAFLTSTFHY LLSHPAIADR KVNQPRALIM APTRELAVQI HADAEPLAEA TGLKLGLAYG GDGYDKQLKV LESGVDILIG TTGRLIDYAK QNHINLGAIQ VVVLDEADRM ...配列:
MSKTHLTEQK FSDFALHPKV VEALEKKGFH NCTPIQALAL PLTLAGRDVA GQAQTGTGKT MAFLTSTFHY LLSHPAIADR KVNQPRALIM APTRELAVQI HADAEPLAEA TGLKLGLAYG GDGYDKQLKV LESGVDILIG TTGRLIDYAK QNHINLGAIQ VVVLDEADRM YDLGFIKDIR WLFRRMPPAN QRLNMLFSAT LSYRVRELAF EQMNNAEYIE VEPEQKTGHR IKEELFYPSN EEKMRLLQTL IEEEWPDRAI IFANTKHRCE EIWGHLAADG HRVGLLTGDV AQKKRLRILD EFTRGDLDIL VATDVAARGL HIPAVTHVFN YDLPDDCEDY VHRIGRTGRA GASGHSISLA CEEYALNLPA IETYIGHSIP VSKYNPDALM TDLPKPLRLT RPRTGNGPRR TGAPRNRRRS G

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1022 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.79 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: RNase E 603-850/ATP-dependent RNA helicase (RhlB) binary complex
測定日: 2016年2月11日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1.5 sec. / フレーム数: 250 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0062 0.6139
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 875 /
MinMax
Q0.0090467 0.501936
P(R) point1 875
R0 295
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量139 kDa107.7 kDa
体積-183 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.217258 0.01 0.2172 0.01
慣性半径, Rg 5.875 nm0.015 5.375 nm0.071

MinMaxError
D-29.5 1
Guinier point8 25 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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