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- PDB-9zll: Complex of N-terminal BrxC walker B, BrxB, and N-termianl PglZ fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9zll
タイトルComplex of N-terminal BrxC walker B, BrxB, and N-termianl PglZ from the Acinetobacter BREX system
要素
  • BREX-1 system phosphatase PglZ type A
  • DUF1788 domain-containing protein
  • Putative conjugative transfer protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Restriction / Bacteriophage / Defense / AlphaFold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / BREX ATP-binding protein BrxC winged helix-turn-helix domain / BREX ATP-binding protein BrxC alpha helical domain / BREX ATP-binding protein BrxC 4th domain with six-stranded beta sheet / Alkaline phosphatase-like protein PglZ / BREX protein BrxB / BREX protein BrxB / BREX system PglZ alkaline phosphatase-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Putative conjugative transfer protein / DUF1788 domain-containing protein / BREX-1 system phosphatase PglZ type A
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Doyle, L.A. / Stoddard, B.L. / Kaiser, B. / Kaiser, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM148166 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15 GM140375 米国
Other privateNew England Biolabs
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Competing forms of protein-protein association and DNA binding exhibited by BrxC from the BREX phage restriction system
著者: Doyle, L.A.
履歴
登録2025年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative conjugative transfer protein
B: Putative conjugative transfer protein
C: Putative conjugative transfer protein
D: Putative conjugative transfer protein
E: DUF1788 domain-containing protein
F: BREX-1 system phosphatase PglZ type A
G: DUF1788 domain-containing protein
H: BREX-1 system phosphatase PglZ type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,68821
ポリマ－324,3358
非ポリマー2,35313
水6,017334
1
A: Putative conjugative transfer protein
B: Putative conjugative transfer protein
G: DUF1788 domain-containing protein
H: BREX-1 system phosphatase PglZ type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,37811
ポリマ－162,1684
非ポリマー1,2107
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Putative conjugative transfer protein
D: Putative conjugative transfer protein
E: DUF1788 domain-containing protein
F: BREX-1 system phosphatase PglZ type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,31110
ポリマ－162,1684
非ポリマー1,1436
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.248, 114.986, 194.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.034, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 8 or (resid 9...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 56 or (resid 57...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 5 through 8 or (resid 9...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 5 through 8 or (resid 9...
d_1ens_2(chain "E" and ((resid 3 and (name N or name...
d_2ens_2(chain "G" and (resid 3 through 57 or (resid 58...
d_1ens_3(chain "F" and ((resid 3 through 6 and (name N...
d_2ens_3chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLULYSLYSAA5 - 1126 - 113
d_12ens_1HISHISSERSERAA129 - 317130 - 318
d_13ens_1ALAALAARGARGAA328 - 416329 - 417
d_14ens_1LEULEUGLUGLUAA425 - 538426 - 539
d_15ens_1ILEILEPHEPHEAA541 - 550542 - 551
d_21ens_1GLUGLUSERSERBB5 - 3176 - 318
d_22ens_1ALAALAARGARGBB328 - 416329 - 417
d_23ens_1LEULEUPHEPHEBB425 - 550426 - 551
d_31ens_1GLUGLULYSLYSCC5 - 1126 - 113
d_32ens_1HISHISGLUGLUCC129 - 538130 - 539
d_33ens_1ILEILEPHEPHECC541 - 550542 - 551
d_41ens_1GLUGLULYSLYSDD5 - 1126 - 113
d_42ens_1HISHISSERSERDD129 - 317130 - 318
d_43ens_1ALAALAARGARGDD328 - 416329 - 417
d_44ens_1LEULEUGLUGLUDD425 - 538426 - 539
d_45ens_1ILEILEPHEPHEDD541 - 550542 - 551
d_11ens_2GLNGLNPROPROEE3 - 1914 - 192
d_21ens_2GLNGLNPROPROGG3 - 1914 - 192
d_11ens_3LEULEUALAALAFF3 - 374 - 38
d_12ens_3ILEILEPHEPHEFF45 - 9546 - 96
d_21ens_3LEULEUPHEPHEHH3 - 954 - 96

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.830334530642, -0.472383921323, 0.295631524198), (0.494085586524, 0.378708314804, -0.782597882369), (0.25772854016, 0.795885320366, 0.547852677654)21.21586231, -5.94884861945, -20.0132109765
2given(0.860994217619, 0.000726213557796, 0.50861422497), (0.0202995349026, -0.999251268564, -0.0329367751238), (0.508209490378, 0.0386830051403, -0.860364305979)-8.23693924825, 103.304499543, 18.5451665407
3given(0.877503559078, 0.0466432209592, 0.477296463159), (-0.400593216353, -0.475870344321, 0.782989457405), (0.263652382537, -0.878277760924, -0.398892962896)-4.48519304943, 115.461442232, 43.5384514706
4given(0.883227541134, 0.114799035846, 0.454676029665), (0.0545272945583, -0.988137059658, 0.143568539304), (0.46576376494, -0.102011434155, -0.879009546348)-7.6206565919, 101.64944213, 26.1323540158
5given(0.905837242851, 0.0665747923328, 0.418361908507), (0.019349163037, -0.993045468533, 0.116130561506), (0.423183765466, -0.0971004348692, -0.900825735753)-0.236370464411, 100.39078287, 23.0669267805

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要素

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タンパク質 , 3種, 8分子 ABCDEGFH

#1: タンパク質
Putative conjugative transfer protein


分子量: 63922.598 Da / 分子数: 4 / 変異: E269Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BrxC containing the E269Q Walker B mutation and truncated to residues 1-551
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
遺伝子: ABAC_0086 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J0HS39
#2: タンパク質 DUF1788 domain-containing protein


分子量: 21901.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BrxB
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
遺伝子: AhaeAN43_17405, J5N55_15600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L6KSM0
#3: タンパク質 BREX-1 system phosphatase PglZ type A


分子量: 12420.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PglZ truncated to residues 1-98
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
遺伝子: pglZ, FPV60_17765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A558EY06

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非ポリマー , 5種, 347分子

#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 250 mM NaCl, 100 mM HEPES pH 8.5, 21% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年10月15日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 77820 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 59.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5362 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.84 / Χ2: 0.79 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286+SVN精密化
BOSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→49.68 Å / SU ML: 0.3588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.4027
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 1889 2.43 %
Rwork0.2058 75931 -
obs0.2068 77820 94.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20646 0 133 334 21113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003121215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.679428828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04723217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00483760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.18617434
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.62213552769
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.17264402791
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.36675809049
ens_2d_2EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05236456148
ens_3d_2FFX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.28056527387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.810.34641310.2855231X-RAY DIFFRACTION85.92
2.81-2.90.34851290.26775373X-RAY DIFFRACTION87.72
2.9-2.990.30951400.25265522X-RAY DIFFRACTION90.32
2.99-3.10.29031320.24065657X-RAY DIFFRACTION91.79
3.1-3.220.25151430.23785720X-RAY DIFFRACTION93.55
3.22-3.370.29321450.23035867X-RAY DIFFRACTION95.2
3.37-3.550.29021570.22375896X-RAY DIFFRACTION96.59
3.55-3.770.28311510.20666039X-RAY DIFFRACTION97.73
3.77-4.060.26871490.19376026X-RAY DIFFRACTION98.33
4.06-4.470.21921520.18116055X-RAY DIFFRACTION98.6
4.47-5.110.19171510.17796128X-RAY DIFFRACTION98.94
5.11-6.440.25421560.21636149X-RAY DIFFRACTION99.35
6.44-49.680.20191530.18496268X-RAY DIFFRACTION99.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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