PDB-9zk5: Crystal structure of a calcium bound C2 domain containing protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9zk5

タイトル

Crystal structure of a calcium bound C2 domain containing protein from Trichomonas vaginalis (P61 form)

要素

C2 domain containing protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / C2 domain

機能・相同性

Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / calcium ion binding / membrane / C2 domain containing protein

機能・相同性情報

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a calcium bound C2 domain containing protein from Trichomonas vaginalis (P61 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Buchko, G.W.

履歴

登録	2025年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9zk5.cif.gz	79.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9zk5.ent.gz	56.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9zk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9zk5_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9zk5_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9zk5_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	9zk5_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/9zk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/9zk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: C2 domain containing protein

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.280, 72.280, 76.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	C2 domain containing protein 分子量: 16382.914 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-135 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_002900 / プラスミド: TrvaA.01422.c.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2EZR3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Berkeley C3: 100 mM CaCl2, 20% PEG 3350. TrvaA.01422.c.B2.PB00149 at 20 mg/mL. plate 20299 C3 drop 1, Puck: PSL-0312, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年9月20日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→48.36 Å / Num. obs: 33479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 23.5 / Num. measured all: 690569
反射シェル	解像度: 1.54→1.58 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / R_merge(I) obs: 1.913 / Num. measured all: 51663 / Num. unique obs: 2452 / CC_1/2: 0.822 / R_pim(I) all: 0.427 / R_rim(I) all: 1.96 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5765: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→36.14 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1955	1696	5.07 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.1741	33421	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→36.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1112	0	31	187	1330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	1569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.019	446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	178
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.59	0.3084	154	0.277	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.64	0.2703	116	0.2376	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.7	0.2444	155	0.2271	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.2493	172	0.2405	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.84	0.2712	138	0.2082	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.94	0.1933	125	0.1672	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.06	0.1857	149	0.1728	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.22	0.1779	137	0.1655	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.44	0.1912	138	0.1756	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.8	0.1878	156	0.1838	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.52	0.2132	125	0.1779	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-36.14	0.1692	131	0.1504	2714	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6884	0.3824	-0.0085	0.9005	0.1874	0.7395	-0.1965	0.2831	-0.2376	-0.2977	0.1043	0.0573	0.6421	-0.3479	0.109	0.569	-0.0634	0.0301	0.3265	-0.0393	0.3346	-26.1479	-15.2099	-4.7886
2	0.4662	0.1667	0.4767	1.0339	-0.5212	0.9153	-0.112	-0.1086	-0.0123	0.1134	0.1305	-0.031	0.0172	0.0176	-0	0.2931	0.0135	0.0219	0.2393	-0.0114	0.2411	-26.2498	4.8272	8.5125
3	0.1172	0.0468	-0.057	0.0238	-0.0211	0.0222	0.1655	0.7849	0.2081	-0.5915	-0.0969	-0.1166	0.1404	-0.1333	-0	0.5287	0.0147	0.1025	0.4599	-0.0163	0.309	-20.6893	-2.5919	-8.5286
4	0.3396	-0.0004	-0.286	0.1829	-0.0805	0.2696	-0.0485	-0.0486	0.0695	-0.0137	0.182	0.5621	-0.1586	-0.5065	-0	0.2862	0.0088	0.0118	0.3133	0.044	0.3225	-33.7637	1.65	7.0992
5	0.0626	0.0424	0.0088	0.4658	-0.214	0.5881	0.2395	0.5982	-0.021	-0.7744	-0.1219	0.004	0.266	0.0424	-0.0029	0.5617	0.0313	0.0168	0.3813	-0.086	0.3859	-22.4661	-12.7456	-7.058
6	0.3902	0.3968	-0.2975	0.3878	-0.2908	0.2129	-0.0103	0.0107	0.0383	-0.2062	0.0966	0.0559	-0.0018	-0.0618	-0	0.3104	-0	0.0305	0.2794	0.0051	0.2949	-23.5389	5.1929	2.7336
7	0.4502	-0.1497	0.5339	0.1117	-0.1592	0.6157	-0.0066	0.1339	-0.0291	-0.2836	0.1797	-0.471	0.1263	0.1284	0	0.3399	-0.0035	0.0574	0.2771	-0.0453	0.3821	-18.0377	-6.8623	3.9401
8	1.7334	0.148	0.0702	0.0213	0.0575	0.5023	-0.0154	-0.3848	-0.3611	-0.0568	0.0173	0.3251	0.3674	-0.1628	0.0952	0.3589	-0.0167	-0.0235	0.1957	0.0261	0.3171	-25.5853	-17.272	5.0826
9	0.0998	-0.0396	-0.003	0.0265	0.0296	0.1929	-0.0957	-0.172	0.0682	0.4646	0.1195	-0.5829	-0.2128	0.251	0	0.3458	-0.0256	-0.0385	0.3175	-0.0261	0.3976	-17.3547	1.8077	12.979
10	1.2199	-0.6135	0.511	1.2462	-0.707	0.4155	0.0622	0.0233	-0.3325	-0.6475	-0.0132	0.431	0.1498	-0.321	0.1068	0.4474	-0.0802	-0.0761	0.2575	-0.0195	0.3815	-30.3916	-18.1641	-1.9199

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 39 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 52 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 53 through 65 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 66 through 80 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 81 through 92 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 93 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 105 through 115 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 116 through 135 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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