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Yorodumi- PDB-9zk1: Crystal structure of a calcium bound C2 domain containing protein... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9zk1 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a calcium bound C2 domain containing protein from Trichomonas vaginalis (P21 form) | |||||||||
Components | C2 domain containing protein | |||||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / C2 domain | |||||||||
| Function / homology | Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / calcium ion binding / membrane / C2 domain containing protein Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Trichomonas vaginalis G3 (eukaryote) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of a calcium bound C2 domain containing protein from Trichomonas vaginalis (P21 form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Buchko, G.W. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9zk1.cif.gz | 242.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9zk1.ent.gz | 192.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9zk1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/9zk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/9zk1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 16382.914 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 1-135 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trichomonas vaginalis G3 (eukaryote) / Gene: TVAG_002900 / Plasmid: TrvaA.01422.c.B2 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 508 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-PG4 / | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-MES / | #5: Chemical | ChemComp-1PE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.61 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: Proplex A9: 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 6.0, 20% PEG2000 MME. TrvaA.01422.c.B2.PB00149 at 20 mg/mL. cocrystallization with 3.3 mM CaCl2. plate 20301 A9 drop 2, Puck: PSL-0105, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 20, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.51→48.59 Å / Num. obs: 93813 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 650542 |
| Reflection shell | Resolution: 1.51→1.55 Å / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Num. measured all: 49774 / Num. unique obs: 6879 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.378 / Rrim(I) all: 1.029 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51→44.03 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.96 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→44.03 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Trichomonas vaginalis G3 (eukaryote)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation
PDBj







