PDB-9zig: Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9zig

タイトル

Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 8

要素

RNase P RNA (417-MER)
Ribonuclease P protein component

キーワード

RNA/HYDROLASE / ribozyme / RNA / RNase P / RNA-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å

データ登録者

Frazao de Souza Degenhardt, M. / Stagno, J. / Wang, Y.-X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in 1 mM Mg2+, conformer 8
著者: Frazao de Souza Degenhardt, M. / Stagno, J. / Wang, Y.-X.

履歴

登録	2025年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年5月13日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年5月13日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年5月13日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年5月13日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年5月13日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年5月13日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9zig.cif.gz	237.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9zig.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9zig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/9zig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/9zig	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
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#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNase P RNA (417-MER)

B: Ribonuclease P protein component

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: RNA鎖	RNase P RNA (417-MER) 分子量: 135305.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) 参照: GenBank: 143442
#2: タンパク質	Ribonuclease P protein component / RNase P protein / RNaseP protein / Protein C5 分子量: 13456.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: rnpA, B4114_2986 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A150N245, ribonuclease P
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: RNase P RNA and protein components in 1 mM Mg2+ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	値: 0.1494 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 2.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 54 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.7	粒子像選択
9	PHENIX	1.21.2_5419	モデル精密化
13	cryoSPARC	4.7	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49662 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient

原子モデル構築

PDB-ID: 9OWS

9ows

Accession code: 9OWS / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

最高解像度: 3.44 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	11000
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.565	16944
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	24.529	6337
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.029	2221
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	581

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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