[日本語] English
万見
- PDB-9z4x: MENIN IN COMPLEX WITH JNJ-75276617 (Bleximenib) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9z4x
タイトルMENIN IN COMPLEX WITH JNJ-75276617 (Bleximenib)
要素Menin
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / MENIN / MEN1 / MLL / TRANSCRIPTION / INHIBITOR COMPLEX / Bleximenib / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / histone methyltransferase complex ...negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / histone methyltransferase complex / negative regulation of cell cycle / R-SMAD binding / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / : / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / response to gamma radiation / Post-translational protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / phosphoprotein binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BETA-MERCAPTOETHANOL / Menin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Shaffer, P.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Blood / 年: 2024
タイトル: Preclinical efficacy of the potent, selective menin-KMT2A inhibitor JNJ-75276617 (bleximenib) in KMT2A- and NPM1-altered leukemias.
著者: Kwon, M.C. / Thuring, J.W. / Querolle, O. / Dai, X. / Verhulst, T. / Pande, V. / Marien, A. / Goffin, D. / Wenge, D.V. / Yue, H. / Cutler, J.A. / Jin, C. / Perner, F. / Hogeling, S.M. / ...著者: Kwon, M.C. / Thuring, J.W. / Querolle, O. / Dai, X. / Verhulst, T. / Pande, V. / Marien, A. / Goffin, D. / Wenge, D.V. / Yue, H. / Cutler, J.A. / Jin, C. / Perner, F. / Hogeling, S.M. / Shaffer, P.L. / Jacobs, F. / Vinken, P. / Cai, W. / Keersmaekers, V. / Eyassu, F. / Bhogal, B. / Verstraeten, K. / El Ashkar, S. / Perry, J.A. / Jayaguru, P. / Barreyro, L. / Kuchnio, A. / Darville, N. / Krosky, D. / Urbanietz, G. / Verbist, B. / Edwards, J.P. / Cowley, G.S. / Kirkpatrick, R. / Steele, R. / Ferrante, L. / Guttke, C. / Daskalakis, N. / Pietsch, E.C. / Wilson, D.M. / Attar, R. / Elsayed, Y. / Fischer, E.S. / Schuringa, J.J. / Armstrong, S.A. / Packman, K. / Philippar, U.
履歴
登録2025年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Menin
B: Menin
C: Menin
D: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,18018
ポリマ－239,1604
非ポリマー3,02014
水1,51384
1
A: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6796
ポリマ－59,7901
非ポリマー8895
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6756
ポリマ－59,7901
非ポリマー8855
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4133
ポリマ－59,7901
非ポリマー6232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4133
ポリマ－59,7901
非ポリマー6232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.372, 70.486, 145.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Menin


分子量: 59789.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

-
非ポリマー , 6種, 98分子

#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物
ChemComp-9N6 / N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide


分子量: 599.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H50FN7O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM Tris pH 6.75 , 5 M NaCl , 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→145.5 Å / Num. obs: 40857 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rrim(I) all: 0.185 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.96→3.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2044 / Rrim(I) all: 0.998 / Rsym value: 0.849 / % possible all: 51.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION Jan 26データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→145.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU ML: 0.508 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.633 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29695 2014 4.9 %RANDOM
Rwork0.23333 ---
obs0.23659 38841 89.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.77 Å20 Å2-0.95 Å2
2--2.45 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→145.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15264 0 199 84 15547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01915184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0971.96720681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.889332150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48551921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12623.602633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88215.1242260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1711584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.22320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02117294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5437.2057729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5437.2057728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.79912.1399635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.79812.1399636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3527.4917455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.357.4917451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.48312.53711033
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.99932.02616723
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.99832.02616721
LS精密化 シェル解像度: 2.955→3.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 3 -
Rwork0.275 118 -
obs--2.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0211.4970.46465.30441.19292.4120.0297-0.2873-0.06090.20690.0810.05690.18740.0296-0.11080.11280.03330.00840.07660.04670.108259.6825.1933.279
24.4297-1.00081.88284.75420.37783.2416-0.0629-0.18-0.72360.36510.04760.26960.3688-0.29610.01530.28620.03490.06550.09940.03840.187745.277-7.19919.454
34.15860.83810.88880.22750.50352.2675-0.05090.17920.4292-0.07450.01150.0887-0.291-0.16970.03940.26740.08350.08660.07050.08510.137146.35313.63515.493
44.3339-0.69770.90262.48721.39712.4834-0.07680.19980.3699-0.201-0.00870.5311-0.3474-0.51210.08540.38360.13870.0760.30890.14130.401919.94512.5189.993
52.9513-1.1729-0.07373.2355-0.96131.9383-0.08920.15630.1926-0.02070.0672-0.0953-0.1410.23350.0220.1543-0.01620.04750.07650.05070.141425.2163.0448.137
66.8864-0.17961.25215.87111.76715.8492-0.12760.58360.2289-0.42930.3793-0.3685-0.57080.3081-0.25180.22920.00580.10270.10230.04360.17674.86113.70142.812
73.3505-0.52950.42751.669-0.84821.67950.23640.0017-0.4768-0.1567-0.30260.26330.2119-0.12250.06630.20390.01460.07430.1193-0.07290.18973.862-7.48245.458
83.0645-0.97980.50312.31920.26861.92010.21210.5801-0.5541-0.8811-0.17640.37510.1517-0.2976-0.03580.57410.1182-0.03830.4951-0.24950.3955-14.111-7.53125.462
92.77360.3435-0.13943.6648-1.32813.27610.0585-0.33020.07870.12530.0241-0.0478-0.14440.0586-0.08250.1455-0.0360.04160.0501-0.02760.040822.151-15.26898.277
100.8567-0.3897-2.10394.26920.75386.0849-0.0483-0.13830.10880.3612-0.1327-0.4766-0.15030.5030.1810.2612-0.053-0.08670.06610.07280.292729.584-3.74879.076
111.67730.21810.38710.3228-0.54283.39660.05410.2273-0.4069-0.1141-0.0565-0.18540.4969-0.00150.00250.19250.0279-0.01030.0829-0.00620.196826.745-24.57276.619
123.1423-2.1148-0.85032.5414-0.65741.91390.0954-0.34860.2849-0.3291-0.0782-0.63510.31340.82-0.01720.3780.19220.14780.7398-0.310.812448.055-23.74760.111
132.9332-0.7481-0.76933.94791.67583.4743-0.0569-0.1912-0.2465-0.13330.16930.42180.0464-0.5058-0.11230.1534-0.06350.05540.16420.07670.132332.51-14.617134.82
147.71371.4060.53582.378-0.54673.552-0.25640.1887-0.6816-0.27090.23460.1730.7371-0.07510.02190.2686-0.03320.09520.02440.01750.245749.424-23.978121.398
152.52810.3293-1.53090.58560.64253.14660.08310.05840.5232-0.10620.05460.018-0.50550.2122-0.13770.1768-0.0576-0.01270.03890.05840.204850.447-3.052123.959
163.4244-0.4067-1.44423.4629-0.73552.72960.05770.50720.3483-0.5826-0.1192-0.1021-0.152-0.07010.06160.3604-0.1-0.03110.17550.08970.245759.239-1.94598.37
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2A171 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3A230 - 354
4X-RAY DIFFRACTION4A355 - 459
5X-RAY DIFFRACTION4A548 - 582
6X-RAY DIFFRACTION4A701
7X-RAY DIFFRACTION5B2 - 170
8X-RAY DIFFRACTION6B171 - 229
9X-RAY DIFFRACTION7B230 - 354
10X-RAY DIFFRACTION8B355 - 459
11X-RAY DIFFRACTION8B548 - 582
12X-RAY DIFFRACTION8B701
13X-RAY DIFFRACTION9C2 - 170
14X-RAY DIFFRACTION10C171 - 229
15X-RAY DIFFRACTION11C230 - 354
16X-RAY DIFFRACTION12C355 - 459
17X-RAY DIFFRACTION12C548 - 582
18X-RAY DIFFRACTION13D2 - 170
19X-RAY DIFFRACTION14D171 - 229
20X-RAY DIFFRACTION15D230 - 354
21X-RAY DIFFRACTION16D355 - 459
22X-RAY DIFFRACTION16D547 - 582

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る