PDB-9z4d: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9z4d

タイトル

Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum (Hexagonal P form)

要素

Cysteine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / apicoplast / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum (Hexagonal form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9z4d.cif.gz	361.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9z4d.ent.gz	298.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9z4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9z4d_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9z4d_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9z4d_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	9z4d_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/9z4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/9z4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine--tRNA ligase

B: Cysteine--tRNA ligase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.174, 120.174, 363.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase 分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. Crystals were obtained as the GSU complex and soaked for 2 weeks with 10 mM Histidine in cryoprotectant. This displaced ...詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. Crystals were obtained as the GSU complex and soaked for 2 weeks with 10 mM Histidine in cryoprotectant. This displaced the GSU ligand resulting in an apo structure. Histidine was not bound. plate Liu-S-192 H8 , Puck: PSL-0115, Cryo: 3.4M sodium malonate

結晶

マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.56 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. Crystals were obtained as the GSU complex and soaked for 2 weeks with 10 mM Histidine in cryoprotectant. This displaced ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年11月1日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→50.02 Å / Num. obs: 36614 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.23 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.233 / Χ²: 1.21 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 1420633
反射シェル	解像度: 2.87→2.94 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.9 % / R_merge(I) obs: 3.959 / Num. measured all: 110623 / Num. unique obs: 2643 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.611 / R_rim(I) all: 4.006 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5765: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.87→47.81 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	1738	4.76 %
R_work	0.2154	-	-
obs	0.2164	36503	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→47.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7045	0	8	2	7055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.563	9803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.446	2609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1050
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1236

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.87-2.95	0.3692	149	0.3585	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.05	0.3386	141	0.3075	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.16	0.3123	135	0.2869	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.29	0.3051	153	0.2799	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.43	0.3184	140	0.2916	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.62	0.2779	123	0.2425	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.84	0.2185	118	0.2093	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.14	0.2302	147	0.2022	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.55	0.1993	147	0.1765	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.21	0.2022	168	0.1717	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-6.56	0.2519	141	0.2123	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
6.57-47.81	0.207	176	0.2004	3162	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0671	-0.1665	0.0556	1.9067	-0.0992	0.5819	0.1017	0.0832	0.1496	-0.3827	-0.2347	-0.2178	0.1141	0.0012	-0.0013	0.8533	0.0273	-0.0113	0.4984	0.0748	0.6895	30.2947	-30.8922	0.1573
2	0.5285	-0.2183	0.0612	1.2286	-0.8067	0.891	0.0628	0.3784	0.0985	-0.4016	-0.1895	-0.0866	0.135	-0.1478	-0	1.1282	0.072	0.0893	0.6565	0.1912	0.6919	27.8734	-21.381	-14.2203
3	0.4752	-0.1133	0.4338	0.2056	0.0922	0.597	-0.2944	0.0027	0.2948	0.0974	0.0038	0.2053	-0.2713	-0.1176	0	0.8006	-0.0024	-0.1239	0.6292	0.0533	0.6671	16.3657	-32.073	12.7391
4	0.9326	-1.1063	0.0548	2.5483	-0.4437	0.6717	-0.1498	-0.1183	-0.2566	-0.2414	0.1658	0.3422	0.1654	-0.236	0	0.8094	-0.0377	-0.0078	0.5727	0.0658	0.6422	27.4306	-55.4343	16.0175
5	1.463	-0.5525	-0.2846	1.1075	-0.264	0.3759	0.0754	0.086	-0.0024	-0.2823	-0.082	-0.2081	0.2068	0.0324	0	0.883	0.1229	0.1292	0.5369	0.0944	0.6926	50.5505	-71.6732	15.3284
6	1.6709	-1.1997	0.2659	1.2697	-0.2037	0.025	0.1293	0.2119	-0.1083	-0.1168	-0.0431	-0.0688	-0.0196	0.0467	-0	1.0877	0.0972	0.1502	0.6305	0.0063	0.7683	54.6456	-84.6664	13.2189
7	1.7691	-0.6067	-0.0123	0.7104	-0.2444	0.6297	0.0041	0.1352	0.1268	-0.13	-0.1103	-0.6746	0.2606	0.0404	-0	0.954	0.0799	0.1372	0.6483	0.1498	0.8891	60.8074	-64.7487	15.4073
8	0.0956	0.1309	0.1433	0.1935	0.2012	0.2094	-0.0491	-0.4526	0.0936	-0.427	0.4182	-0.2815	-0.2198	-0.3683	0	0.7387	-0.0366	0.0071	0.6501	0.1056	1.197	56.7776	-37.1099	18.3514
9	-0.0102	-0.0111	0.0009	0.657	-0.7713	0.883	0.0492	0.319	0.5536	-0.2423	-0.2868	-1.0225	0.094	0.129	-0	0.9087	0.0222	0.1588	0.6536	0.2729	1.2087	51.7807	-35.7227	3.8372
10	0.4938	0.1591	-0.2168	0.0672	0.0139	0.4784	-0.2003	-0.2965	0.4528	-0.0032	-0.1158	-0.6383	0.2143	-0.3504	-0.0197	0.8438	0.0269	0.1035	0.5891	0.1773	1.0834	47.8621	-37.4265	10.7081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 146 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 147 through 302 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 303 through 335 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 336 through 458 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 13 through 174 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 175 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 273 through 348 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 349 through 374 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 375 through 431 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 432 through 458 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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