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万見
- PDB-9z0m: Human CD300c extracellular domain pH 7.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9z0m
タイトルHuman CD300c extracellular domain pH 7.5
要素CMRF35-like molecule 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD300c / IGV-like domain / lipid binding protein / myeloid receptor / CMRF-35-like molecule-6 / CLM-6 / CMRF-35 / CMRF35-A1 / IgSF16
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of innate immune response / immune system process / cellular defense response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CMRF35-like molecule 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tennant, L. / Littler, D.R. / Rossjohn, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ligand recognition in the CD300c extracellular domain
著者: Tennant, L. / Littler, D.R. / Rossjohn, J.
履歴
登録2025年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMRF35-like molecule 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5791
ポリマ－12,5791
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.329, 38.207, 82.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 CMRF35-like molecule 6 / CLM-6 / CD300 antigen-like family member C / CMRF35-A1 / CMRF-35 / Immunoglobulin superfamily ...CLM-6 / CD300 antigen-like family member C / CMRF35-A1 / CMRF-35 / Immunoglobulin superfamily member 16 / IgSF16


分子量: 12579.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD300C, CMRF35, CMRF35A, CMRF35A1, IGSF16 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08708
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG1500, 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.18 Å / Num. obs: 11124 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 574 / CC1/2: 0.459 / Rpim(I) all: 0.669

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX2.0_5761精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→41.18 Å / SU ML: 0.1459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9241
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2393 556 5.01 %
Rwork0.2017 10534 -
obs0.2036 11090 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数855 0 0 49 904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075879
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97321196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3126324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.870.25781300.25152579X-RAY DIFFRACTION100
1.87-2.140.3091460.21642576X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.70.28731370.24412618X-RAY DIFFRACTION100
2.7-41.180.20731430.18072761X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33091999677672.08481026900680.298535277346223.59617185371971.41498230001762.80163608404470.0247164109541320.019542918193027-0.57385115236743-0.846358932401450.075168219566004-0.598989396950890.0144577372673520.479066758320240.0652552783437780.490656748913740.0079174975989660.0463622882342370.393080038472350.218481161264290.23737864215204-13.310810972382.69381374515123.5414683414559
24.2407794645944-1.0982280889760.689949085486955.6378428572287-1.29455479710193.9318915374430.144790773325570.2998689491898-0.12455682455867-0.23368473627344-0.062562014990437-0.595483244617820.569380844641990.13404066092796-0.0684678607963260.285531388843640.019466353051242-0.021491593317080.2512724170905-0.0457926800881470.31168414234144-7.2554453218502-12.9964854978987.1268811583716
32.43174220475461.64432265428521.31674517328841.41767966537691.00701399572531.7335635028659-0.086056133594648-0.344446607761340.431595188823420.207217410258660.1151852967645-0.2548393653109-0.093375450740582-0.1275413217266-0.00800669402936640.24514307454030.015251183379665-0.0686238842019020.2625020568823-0.0487532310957360.29573138059435-9.0432311207341-3.108041737461418.855289314746
45.2554855919887-1.35525461789330.779639978723995.82366833000410.127428765954825.00397536900790.25396673803338-0.437029614669030.0221747317867190.31277907970868-0.39383020046072-0.0272194262006040.34569679065486-0.43923541610270.190083746816960.20618240121007-0.0777638518510060.037981771641380.35785542342580.0597797768788370.26677507340165-19.36443710682-8.149190005389517.093197156818
54.3989851149136-4.8637242234022-4.49463233180036.51130917756816.39154775057646.51236454321630.494106238524370.73696961705238-0.37594490397978-0.39220856323937-0.547960441612160.065347354030590.47099746986233-0.620988472607880.00670774271305120.332577584023410.015655296166835-0.0637584955367990.29162295104421-0.043536167765730.23976495228353-15.123156549667-13.0056962900387.7132368153497
62.6345403354412-1.09422269769481.47321963031123.7462852939284-1.40965156549843.1472744369158-0.0695624025996330.000538675203458010.229031997030590.19036360082370.057614180795175-0.2312441180815-0.26221226357634-0.248351437031190.0190820806959070.222460571227450.012890127435642-0.0248195848375490.23218270732225-0.00686968597217880.2440760007319-14.102215469456-1.045835328622810.356114097045
70.167481778303520.17792675751184-0.229030212205891.4640928852343-0.173804770398470.317105659241760.09840148896437-0.706938267326960.0616065033713410.391035848597720.038464897457247-0.530934480739740.032699951391790.12782038428298-0.105470050014630.338342706879150.038796112234111-0.13052717235510.424358566355590.0728920451083690.45160381105776-1.3390554663403-11.26253776546722.704376142368
86.1044590850706-5.12323353573121.58829714357488.2185609402545-1.32171220460924.64994046321630.182863284964120.832897039411650.56676696257827-0.67942280346694-0.15337516660555-0.3769475814818-0.678836978798930.126371574870560.0505411651258070.43643610518199-0.0406872046330690.055610133079680.35710120845220.0956485568548550.44296519648355-11.6821262123394.50210158742665.6035165603617
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 13 )2 - 131 - 12
22chain 'A' and (resid 14 through 27 )14 - 2713 - 26
33chain 'A' and (resid 28 through 45 )28 - 4527 - 44
44chain 'A' and (resid 46 through 56 )46 - 5645 - 55
55chain 'A' and (resid 57 through 65 )57 - 6556 - 64
66chain 'A' and (resid 66 through 88 )66 - 8865 - 87
77chain 'A' and (resid 89 through 97 )89 - 9788 - 96
88chain 'A' and (resid 98 through 110 )98 - 11097 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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