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Yorodumi- PDB-9ywi: Crystal structure of a Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase f... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9ywi | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (monoclinic P form) | |||||||||
Components | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationOxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Bordetella pertussis Tohama I (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of a Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (monoclinic P form) Authors: Ung, A.R. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9ywi.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9ywi.ent.gz | 869.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9ywi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9ywi_validation.pdf.gz | 536.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9ywi_full_validation.pdf.gz | 548.9 KB | Display | |
| Data in XML | 9ywi_validation.xml.gz | 129.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 9ywi_validation.cif.gz | 168.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/9ywi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/9ywi | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 37360.496 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis Tohama I (bacteria)Gene: gap, hexC, BP1000 / Plasmid: BopeA.00052.a.B2 / Production host: ![]() References: UniProt: Q7VZB9, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 1817 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-PGE / #4: Chemical | ChemComp-PG4 / #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | ChemComp-TRS / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.26 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Index H1: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride, 25% w/v PEG-3350. BopeA.00156.a.B2.PW39373 at 14.3 mg/mL. Adron Plate_4B_25-015 drop A8, Puck: PSL2312, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 30, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→49.08 Å / Num. obs: 199685 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 1144672 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.977 / Num. measured all: 57934 / Num. unique obs: 9909 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.442 / Rrim(I) all: 1.074 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→49.08 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.09 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→49.08 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bordetella pertussis Tohama I (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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