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- PDB-9yvv: Cocrystallized structure of Bmp7 in complex with 2,4-dibromophenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yvv
タイトルCocrystallized structure of Bmp7 in complex with 2,4-dibromophenol
要素Polybrominated aromatic compounds synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 enzyme / biaryl coupling
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2電子酸化により分子状酸素が還元され二分子の水分子になる / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / hormone biosynthetic process / progesterone metabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 2,4-bis(bromanyl)phenol / Polybrominated aromatic compounds synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Marinomonas mediterranea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Nolan, K. / Wang, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM147510 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128742 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2026
タイトル: Bacterial cytochrome P450 for oxidative halogenated biaryl coupling.
著者: Petriti, V. / Nolan, K. / Xu, W. / Tsai, S. / Wang, X. / Xie, W.J. / Zheng, G. / Wang, Y. / Ding, Y.
履歴
登録2025年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polybrominated aromatic compounds synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9188
ポリマ－56,4861
非ポリマー1,4327
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.220, 101.220, 159.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polybrominated aromatic compounds synthase / CYP450 Bmp7


分子量: 56486.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas mediterranea (バクテリア)
遺伝子: bmp7, Marme_4095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F2K081, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: F2K081, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2電子酸化により分子状酸素が還元され二分子の水分子になる

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非ポリマー , 5種, 227分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-Y8I / 2,4-bis(bromanyl)phenol


分子量: 251.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4Br2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.62 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M of sodium citrate tribasic dihydrate. Enzyme was premixed with 2.5 eq substrate before wells were set.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 40817 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 0.645 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 187795
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.32-2.363.10.78216610.8470.9580.4490.9070.49179.9
2.36-2.43.20.87818190.8140.9470.4971.0150.46787.6
2.4-2.453.40.89419150.8090.9460.51.030.47595
2.45-2.53.80.78520500.8550.960.4290.8990.47598.4
2.5-2.554.20.84320250.8660.9630.4490.9590.47298.2
2.55-2.614.60.75620600.90.9730.3850.8510.47299.5
2.61-2.684.90.68120570.9350.9830.3380.7620.48399.9
2.68-2.7550.63320820.9220.980.3120.7080.482100
2.75-2.835.10.49920840.9540.9880.2420.5560.494100
2.83-2.9250.43220640.9670.9920.2120.4830.51799.9
2.92-3.0350.34520670.9680.9920.170.3860.524100
3.03-3.154.90.25121000.9810.9950.1240.2810.568100
3.15-3.294.90.2120760.9830.9960.1050.2360.573100
3.29-3.474.80.16120700.9890.9970.0810.180.63299.7
3.47-3.684.80.11720700.9930.9980.0590.1310.67998.5
3.68-3.974.70.08120970.9950.9990.0420.0920.77999.4
3.97-4.3750.0721080.9940.9990.0350.0780.86599.7
4.37-550.06321200.9960.9990.0310.070.93499.3
5-6.294.90.06321340.9970.9990.0310.0710.92998.7
6.29-504.80.0521580.9970.9990.0250.0561.22495.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→45.55 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 1989 4.92 %
Rwork0.1927 --
obs0.1946 40455 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3799 0 80 220 4099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8485399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.629523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.370.3581100.31852217X-RAY DIFFRACTION79
2.38-2.440.3581320.31152569X-RAY DIFFRACTION91
2.44-2.510.33271390.29912697X-RAY DIFFRACTION97
2.51-2.590.30311420.2752742X-RAY DIFFRACTION97
2.59-2.680.27631410.24772740X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.790.29841490.23932795X-RAY DIFFRACTION99
2.79-2.920.27371430.22252788X-RAY DIFFRACTION99
2.92-3.070.25041470.22922810X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.270.27331490.21032827X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.520.2651430.19562800X-RAY DIFFRACTION99
3.52-3.870.20161430.16492822X-RAY DIFFRACTION99
3.87-4.430.17851500.14172865X-RAY DIFFRACTION100
4.43-5.580.16581520.14832886X-RAY DIFFRACTION99
5.59-45.550.20481490.16812908X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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